В 1901 г. он пишет книгу «Мистика на заре современной духовной жизни Нового времени», в которой доказывает, что мистический способ постижения мира ни в коей мере не противоречит современным знаниям о природе, а, напротив, значительно дополняет их.
В октябре 1902 г., по предложению графа и графини Брокдорф, Штейнер стал во главе немецкого отделения Теософского общества. Много времени он проводил в поездках, объезжая за год около сорока немецких городов, в которых действовали теософские кружки. В некоторые Штейнер ездил по несколько раз. Как правило, при этом он читал лекции, собиравшие все больше и больше народа.
Надо отметить, что именно в лекционных курсах, в живом общении со слушателями Штейнер нашел наилучшую для себя форму самовыражения. За свою жизнь он прочел бесчисленное количество лекций на самые разные темы, разъясняя и углубляя свое учение. С каждым годом оно становилось все более универсальным, вбирая в себя все новые и новые направления. Кажется, нет таких вопросов, каких бы он не коснулся в своих курсах будь то проблемы религии, современного политического положения, социологии, космологии, мифологии, искусства, философии, медицины, педагогики, сельского хозяйства и т. д. Поначалу Штейнер не придавал своим докладам большого значения. Но когда выяснилось, что конспекты его лекций вызывают большой интерес в обществе, переписываются и ходят по рукам, его последователи стали приглашать стенографистов. Расшифровки стенограмм потом просматривались Штейнером и издавались отдельными книгами. Благодаря этим курсам наследие Штейнера и оказалось столь значительно — 500 полновесных томов!
Теософское движение обрело в лице Штейнера яркого и оригинального мыслителя, обладавшего к тому же энциклопедическими познаниями в области естественных наук, философии и психологии. Он сам писал позже: «Годы с 1901 по 1907 или 1908 были для меня временем, когда все силы моей души были поглощены впечатлениями фактов и сущностей духовного мира». В короткое время в своих докладах, книгах и статьях Штейнер сумел развить, поправить и уточнить многие положения, высказанные Блаватской и ее последователями. В 1904 г. появилось фундаментальное исследование Штейнера «Теософия», в котором он обобщает и развивает ортодоксальное теософское учение о человеке. Однако выход в 1910 г. «Очерка тайноведения» (задуманного как учебник для развития новых форм мышления) ознаменовал собой начало новой эпохи как в мировом теософском движении, так и в мировоззрении самого Штейнера. С этого момента берет начало его собственное учение, получившее вскоре название антропософии. Многие его выводы и положения расходились с ортодоксальной теософией. Идейные разногласия привели в конце концов и к организационному обособлению. Не разделяя некоторые идеи Блаватской, Штейнер был часто не согласен и с той политикой, которую проводило руководство общества. В 1907 г., после смерти первого президента полковника Олкотта, во главе Теософского общества встали Анни Безант и Чарлз Ледбитер. Они считали, что задача теософского движения заключается не в тех принципах, что были провозглашены при его создании, а в подготовке человечества к приходу нового мирового Учителя и Спасителя. В 1909 г. в Адьяре, где находилась штаб-квартира общества, Лебдитер обнаружил индусского мальчика Кришнамурти, которого в 1910 г. провозгласил новым Христом для Запада и Буддой Майтрейей для Востока. Штейнер осудил эту затею, предвидя, что она принесет обществу одни неприятности. Большинство немецких теософов, находившихся под его влиянием, разделяли эту точку зрения.
Отношения с Анни Безант становились все более натянутыми. Наконец, в начале 1913 г произошел полный разрыв. Немецкую секцию исключили из Теософского общества, и вскоре она практически целиком вошла в основанное Штейнером Антропософское общество. Его штаб-квартирой стал построенный в швейцарском Дорнахе по проекту самого Штейнера Гётенаум — величественное здание, имевшее в своем комплексе театр.
Этот первый Гётенаум сгорел дотла в новогоднюю ночь 1922/23 гг., но потом был отстроен заново.
Учение Штейнера комплексно и чрезвычайно интересно. Его отдельные части находятся в сложном многоуровневом единстве, так что, к примеру, физиология человека оказывается тесно увязана с космологией, а педагогика — с мифологией.
Поэтому написать краткий очерк об антропософии практически невозможно — это неизбежно ведет к вульгарным упрощениям, выхолащивающим самую ее суть. Но можно попытаться дать о ней хотя бы общее представление. Сам Штейнер писал, что антропософия — это «осознание человеком своей человечности». Он считал, что решающим для поведения человека, его самооценки и мироощущения является способ, каким он определяет себя через свое сознание. Ибо только тогда, когда человек знает кто он, он может правильно формировать себя. А оценивал человека Штейнер очень высоко, ставя его в центре всего мироздания. Вот некоторые из его высказываний: «Человек есть идеал богов и цель богов… они хотели в некоем единстве (человеке) создать то, чем являются они в совокупности…» «Смысл жизни заключается во мне, — так может сказать человек Боги поставили цели. Но им нужна была арена, на которой их цели могут быть достигнуты. Этой ареной является человеческая душа…» «Мир как целое есть загадка, и сам человек, опять-таки как целое, есть ее решение»… «Отражение духовного мира — это физический мир вовне в его единстве. Отражение душевного мира — это душевный мир человека в его многообразии. Весь большой внешний мир становится в каждой человеческой душе особым малым миром, а выступая в мыслях изо всех человеческих душ, он становится вновь большим целым. Так идет путь из Космоса через микрокосм, чтобы из всех микрокосмов выступил новый, более совершенный Космос»… «Весь Космос некоторым образом втягивается душевно-духовно, становится человеком; то, что здесь становится человеком, снова выдыхается душевно-духовно и распространяется в Космос, пока не достигает его периферии, чтобы затем снова вернуться назад и образовать человека. В человеке можно видеть отображение мира, а в мире — тонко растворенное человеческое существо. Так что объемлющее человека и мир познание можно выразить в изречении: «Человек, ты являешься стянутым образом мира. Мир, ты есть вдаль излитое существо человека…»