Аменхотеп взошел на престол в 1364 г. до Р.Х. пятнадцатилетним юношей.
Блистательная египетская империя находилась в это время в зените своего могущества. Предки молодого царя, происходившие из Фив и основавшие за двести лет до его рождения XVIII династию, имели в глазах египтян огромные заслуги. Они освободили Египет от владычества завоевателей-гиксосов, объединили страну, подчинили египтянам Нубию и Сирию. При них Египет превратился в огромное многонациональное государство и сделался на несколько столетий самым сильным государством Передней Азии. Царская столица — Фивы была тогда одним из самых многолюдных и богатых городов Востока. Как это всегда бывало раньше в египетской истории, с возвышением нового города возросло значение его бога-покровителя — фиванского бога Амона. Еще в эпоху Среднего царства этот местный бог, олицетворявший тайную силу, поддерживающую существование Вселенной, был отождествлен жрецами с богом солнца Ра. Фараоны XVIII династии щедро одаривали его храмы; во славу Амона были воздвигнуты исполинские колоннады святилищ Карнака и Луксора. Они наглядно демонстрировали могущество фиванского бога.
Торжественные процессии со статуей Амона превратились в национальные праздники.
Господство культа этого бога, с которым связывали все успехи страны, казалось незыблемым. Жизнь всей страны, каждого человека, от фараона до последнего крестьянина или раба, была проникнута его духом. И никто не мог ожидать, что мятеж против бога-триумфатора поднимется в самом царском дворце, в доме «возлюбленного сына Амона».
Подробности религиозных преобразований Аменхотепа нам не известны, но мы можем судить о них по многочисленным изображениям той эпохи. Уже с первых лет царствования Аменхотепа ощущается пристрастие молодого фараона к культу солнца, причем не в древних его формах поклонения солнечным богам Амону и Ра, а в горячем почитании третьестепенного и до той поры почти неизвестного бога «видимого солнца» Атона. На первых порах фараон пошел по пути, проложенному жрецами, отождествив Атона со старыми солнечными богами. На памятниках того времени мы читаем: «Да живет Pa-Гор небосклона, ликующий на небосклоне в имени своем как Шу, который есть Атон». Таким образом, Атон оказывается тождественным древнему Ра, и царскому богу Гору, и божеству воздушного сияния Шу. Впрочем, никаких признаков отрицания старых богов в это время еще не было заметно. Никто не возбранял придворным изображать и призывать в гробницах любые древние божества и даже представлять фараона и его мать, почитающими их. Однако Аменхотеп значительно умерил свои пожертвования храмам других богов, в то время как жречество Атона получало неисчислимые подношения.
Следующий шаг к религиозной реформе был сделан около 1360 г. до Р.Х., когда Аменхотеп провозгласил Атона-Ра «царствующим фараоном». В повседневную жизнь двора были включены многочисленные религиозные церемонии в честь Атона, в добровольного жреца и пророка которого превратился сам фараон. Вслед за «воцарением» солнца резко изменилось его изображение. Прежний образ человека с головой сокола, увенчанной солнечным кругом, заменился новым: это был круг с солнечной или царской змеей спереди и множеством устремленных вниз лучей с кистями человеческих рук на концах. Такой способ изображения солнца при полном отказе от его очеловечивания наглядно свидетельствовал, что за своим божеством фараон признавал только один облик — зримого солнца. Около 1358 г. до Р.Х., в шестой год своего правления, Аменхотеп объявил о намерении построить новую столицу. Одновременно он убрал из царской титулатуры все, что напоминало о прежней столице и ее боге, а взамен ввел наименования в честь солнца и нового города. Вместо прежнего личного имени «Аменхотеп» (то есть «Амон доволен») фараон принял имя Эхнатона (то есть «Полезный Атону»). Место для новой столицы было выбрано в Среднем Египте, на правом берегу Нила, где горы, отступая полукругом от реки, образовывали просторную равнину (ныне это место известно под названием Эль-Амарна). Город получил название Ахетатон (что значит «Небосклон солнца»). Его центром стал грандиозный храм Атона — величайшее сооружение древности, длиной около 800 м, а шириной — 300 м.
В последующие годы заметны первые проявления неприятия старого фиванского бога Амона. Чиновники и сподвижники Эхнатона вслед за ним переиначивают свои имена, удаляя из них имя Амона. А потом следуют еще более радикальные меры. Имя отверженного Амона начинают уничтожать везде: на стенах храмов, на вершинах колонн, в гробницах, на изваяниях, на погребальных плитах, на предметах дворцового обихода и даже на клинописных посланиях иноземных властителей.