За эти дерзкие и бесстрашные слова Иеремия был схвачен и в оковах препровожден в темницу. Однако прошло совсем немного времени, и пророчество его свершилось, царь вавилонский Навуходоносор (Набукудурриуцур II) в 603 г. до Р.Х. захватил Иерусалим, взял в плен Иоакима и вместе с юношами из царского и знатных княжеских родов отправил в Вавилон. Самому Иоакиму на этот раз удалось сохранить престол — признав себя данником вавилонян, он возвратился в Иерусалим.
Царь не терял надежды освободиться от зависимости и вынашивал планы восстания.
Иеремия пытался предостеречь его от этого пагубного шага — послал во дворец свиток со своими писаниями, но Иоаким сжег его, а пророка повелел схватить и казнить. Иеремия, предвидя это, успел скрыться.
Последующие события показали, что царь напрасно не слушался советов пророка. В 597 г. до Р.Х. Навуходоносор, узнав о тайных сношениях иудейского царя с Египтом, второй раз подступил к Иерусалиму и без боя овладел им. Многие жители были перебиты, а Иоакима Навуходоносор велел казнить. Царем стал его сын Иехония. Но он правил всего сто дней. Затем Иерусалим был в третий раз взят вавилонянами. Царь, вся знать и 10 тысяч человек отборного населения были переселены в Вавилон. Престол перешел к сыну Иосии Седекии (Цидкии). Судьба старшего брата Иоакима ничему его не научила, и он думал только о том, как освободиться от власти вавилонян. В это время было слово Господнее к Иеремии.
Господь сказал ему: «Сделай себе узы и ярмо и возложи их себе на шею, пойди к Седекии и скажи от Моего имени: «Я сотворил землю, человека и животных, которые на лице земли, великим могуществом Моим и простертою мышцею Моею, и отдал ее, кому Мне благоугодно было. И ныне Я отдаю все эти земли в руку Навуходоносора, царя вавилонского, раба Моего, и даже зверей полевых отдаю ему на служение. И все народы будут служить ему и сыну его и сыну сына его, доколе не придет время и его земле и ему самому; и будут служить ему народы и цари великие. И если какой народ и царство не захочет служить ему, Навуходоносору, царю вавилонскому, и не поклонит шеи своей под ярмо царя вавилонского, — этот народ я накажу мечом, голодом и моровою язвою…» В то же время Иеремия отправил письмо в Вавилон к плененным иудеям, которые жили в ожидании скорого возвращения на родину. Пророк старался излечить их от этих беспочвенных ожиданий и предупреждал их, что пленение будет долгим. Он писал: «Стройте домы и живите в них, и разводите сады и ешьте плоды их; берите жен и рождайте сыновей и дочерей; и сыновьям своим берите жен и дочерей своих отдавайте в замужество, чтобы они рождали дочерей и сыновей, и размножайтесь там, а не умаляйтесь… Ибо так говорит Господь Савоаф, Бог Израилев: «Да не обольщают вас пророки ваши, которые среди вас, и гадатели ваши; и не слушайте снов ваших, которые вам снятся; ложно пророчествуют они вам именем Моим…» Ибо так говорит Господь: «Когда исполнится в Вавилоне семьдесят лет, тогда я посещу вас и исполню доброе слово Мое о вас, чтобы возвратить вас на родину…»
В течение восьми лет Седекия хранил верность вавилонянам, но потом соединился с египтянами в надежде, что те помогут ему разгромить Навуходоносора. Однако вавилонский царь напал на Иудею раньше, чем его противники успели объединиться.
Разорив всю страну, он подступил к Иерусалиму и начал его осаду. Египтяне пытались помочь Седекии, но были разбиты. Больше иудеям не на кого было рассчитывать. В течение восемнадцати месяцев они мужественно выдерживали упорную осаду и штурмы вавилонян. Осаждавшие подвели к стенам крепости насыпи и соорудили высокие башни, с которых обстреливали защитников города. Иудеи терпели жестокий голод, множество их пало от рук врагов и болезней. В этот критический момент Иеремия призвал народ покинуть обреченный город. Он обратился к осажденным с такими словами: «Так говорит Господь. «Кто останется в этом городе, умрет от меча, голода и моровой язвы; а кто выйдет к халдеям, будет жив, и душа его будет ему вместо добычи, и он останется жив». Так говорит Господь: «Непременно передан будет город сей в руки войска царя вавилонского, и он возьмет его». Разгневанный царь велел схватить пророка и бросить его в глубокую яму во дворе тюрьмы. Позже он был освобожден, но содержался под стражей.
В 587 г. до Р.Х., когда силы иудеев оказались окончательно подорваны, вавилоняне ворвались внутрь укреплений. Узнав об этом, Седекия пытался бежать, но был захвачен в плен. Навуходоносор приказал перебить всех сыновей царя, выколоть ему глаза и в оковах отослать в Вавилон. Вавилоняне разграбили Иерусалим, а затем разрушили его до основания. Разрушен был и Храм Господень, а его сокровища расхищены. Всех оставшихся в живых иудеев угнали в Вавилонию. Иудейское царство перестало существовать.