История сохранила и мнение Хрущева об арестованном командарме. Два десятилетия спустя после его гибели Никита Сергеевич высказывался о Якире в восторженных выражениях и винил во всем Сталина. А тогда он говорил нечто совершенно иное о «выродке, намеревавшемся открыть дорогу фашистам».
В то время, когда арестованный командарм в камере на Лубянке ломал голову над тем, как найти выход из безвыходного положения, в Кремле проходило заседание того самого Военного совета, для участия в работе которого и прибыл в Москву Якир.
Присутствовали члены Политбюро и правительства. С докладом выступил Ворошилов. Он сообщил о раскрытии в Красной Армии «контрреволюционной военной фашистской организации». Итоги Военного совета подвел Сталин.
Вскоре появился приказ № 96 наркома обороны К. Е. Ворошилова, в котором отмечалось:
«С 1 по 4 июня с.г. в присутствии членов правительства состоялся Военный совет при народном комиссаре обороны СССР. На заседании Военного совета был заслушан и подвергнут обсуждению мой доклад о раскрытой НКВД предательской контрреволюционной военной фашистской организации, которая, будучи строго законспирированной, долгое время существовала и проводила подлую подрывную, вредительскую и шпионскую работу в Красной Армии».
Следствие было недолгим. Все без исключения арестованные военачальники на следствии признали себя виновными в контрреволюционном заговоре. Некоторые к тому же признались в шпионаже в пользу зарубежных разведок. Так, Тухачевский на допросе показал, что еще в 1925 году передавал секретные сведения сотруднику польской разведывательной службы Домбалю, а в последние годы сотрудничал с военной разведкой Германии.
Уголовное дело о заговоре в РККА рассматривалось в закрытом судебном заседании Специальным присутствием Верховного суда СССР 11 июня 1937 года. Председательствовал армвоенюрист Ульрих. В состав суда входили восемь крупных советских военачальников — маршалы Буденный и Блюхер, командармы Алкснис, Шапошников, Дыбенко, Белов, Каширин, комкор Горячев. На скамье подсудимых были тоже восемь не менее известных в армии лиц — маршал Тухачевский, командармы Уборевич, Якир, Корк, комкоры Эйдеман, Фельдман, Примаков, Путна.
Председательствующий в суде Василий Ульрих предъявил заключенным обвинения в измене родине, организации террористических актов, контрреволюционных выступлений.
На суде обвиняемые отказались от показаний, данных на следствии. Решительно отрицал свою вину и вообще какую-либо осведомленность о контрреволюционном заговоре в РККА командарм Иероним Уборевич.
Отверг обвинение в связях с германской разведкой, которая якобы завербовала его во время официального визита в Берлин советской военной делегации, командарм Иона Якир. (Этот пункт обвинения вообще не выдерживал критики, учитывая, что Якир был евреем.)
Не признал себя виновным и маршал Тухачевский. На суде он заявил: «У меня была горячая любовь к Красной Армии, горячая любовь к Отечеству, которое я с Гражданской войны защищал… Что касается встреч, бесед с представителями немецкого генерального штаба, их военного атташе в СССР, то они были, носили официальный характер, происходили на маневрах, приемах». Но некоторые обвиняемые решили «не рисковать» и продолжали признавать вымышленную вину и изббличать товарищей по несчастью.
В тот же день Ульрих огласил приговор.
Все подсудимые признавались виновными и подлежали высшей мере наказания — расстрелу.
Приводили приговор в исполнение во внутреннем дворе здания НКВД на улице Дзержинского (ныне Малая Лубянка).
По некоторым данным, командовал расстрелом маршал Блюхер. Он был бледен и выглядел растерянным. Привычная для него уверенность в себе исчезла без следа. Взревели моторы мощных грузовиков. Они должны были заглушить звуки выстрелов.
Обреченных выводили по одному. Они умирали молча. И лишь Иона Якир за мгновение до расстрела воскликнул: «Да здравствует партия! Да здравствует Сталин!»
Возможно, это была попытка спасти свою семью, но она оказалась тщетной, после расстрела военачальников начались аресты их родственников.
Примечательно в этой истории то, что ненадолго пережили осужденных и члены суда, вынесшие смертный приговор. В застенках НКВД погибли маршал Блюхер, командармы Алкснис, Белов, Дыбенко. При неясных обстоятельствах вскоре после процесса умерли командарм Каширин и комкор Горячев.