При обсуждении вопроса об аресте проповедника и его влиятельных сторонников мессер Гвидантонио Веспуччи предложил: «Монах Джироламо должен быть допрошен умудренными житейским опытом мужами, которые сохранят ответы его в секрете; по окончании же процесса можно будет обнародовать лишь то, что заблагорассудится сиятельным членам Синьории. В Рим посылать монахов не следует, но папа должен быть уверен, что они будут содержаться под крепкой стражей». На том и порешили. Сначала допрос вели флорентийские власти. Позднее, в мае, от папы прибыли генерал Доминиканского ордена Д. Туриано и главный судья Рима Ф. Ромолино для расследования дела Савонаролы. «Мы устроим из него хороший костер», — пообещал Ромолино флорентийским властям, поблагодарив одновременно за любезное предоставление в распоряжение гостя молодого пажа, роль которого с успехом исполняла какая-то бойкая девица.
Чтобы добиться нужных показаний, прибегли к обычному средству — пытке на дыбе, которой Савонарола был подвергнут еще до приезда высоких сановников святого престола. Содержание его показаний было таково, что судьи признали необходимым немедленно скрыть написанные им листы, а впоследствии и совершенно их уничтожить.
Следствие длилось более месяца, и пытки были непрерывны, продолжительны и жестоки. Савонаролу в течение дня 14 раз вздергивали на веревке «от полу до блока».
Он был уже сломлен многократно возобновлявшейся пыткой. Не в силах выдержать дальнейших мучений, монах признавал возводимые на него обвинения, но только для того, чтобы вскоре, собравшись с духом, объявить собственные слова лживыми, сказанными из страха перед новым допросом. И вновь следовали истязания, пока из уст несчастного не исторгался вопль: «Не мучайте меня, я скажу вам правду, истинную, истинную правду…» После этого педантичный Ромолино сразу же задавал вопрос, почему обвиняемый только что отрицал правдивость своих прежних показаний, и добивался «признания»: Савонарола это делал, считая, что его «ложь» останется безнаказанной. «В течение всего процесса, — писал известный итальянский историк П. Вилари, — мы видим Савонаролу таким же, каким знали его и до сего времени. В нем как-то уживались вместе гений и суеверие, возвышенные идеи и самые обычные софизмы, высочайший героизм и временами совершенно неожиданная слабость». После очередного вздергивания на дыбу у подсудимого вырвали «раскаяние» и заявление, что в его намерения входило низложение папы и что эти планы были следствием его гордыни, слепоты и глупости. За этим следовали попытки страдальца объявить, что все его «признания» вызваны безумными мучениями и страхом, потом — очередные истязания и капитуляция…
Получив все нужные показания, посланцы Александра VI передали Савонаролу и двух его последователей — монахов Фра Сильвестра и Фра Доменико, которых не сломили столь же жестокие пытки, в руки светской власти.
На площадке перед Плацио были выстроены подмостки, высотой в рост человека, длиной около четверти всей площади. На конце их был поставлен шест с перекладиной наверху как ни укорачивали последнюю, но все же виселица по форме напоминала крест. На поперечной балке висели три петли и три цепи: первые предназначались для повешения монахов, на вторых должны были висеть их тела, когда пламя будет пожирать их. Служители Синьории насилу сдерживали в отдалении волнующуюся толпу.
Три монаха сходили уже с лестницы Палаццио, когда их встретил доминиканец монастыря Санта Мария Новелла. Он приказал снять с них верхнюю одежду и остаться в одних только шерстяных рубашках, босыми, со связанными руками. Монахи очутились перед епископом Вазона. Началась церемония расстрижения монахов. Их одели в рясы, а потом снова раздели. Епископ до того смутился, что забыл обычную формулу и, вместо того чтобы отлучить Савонаролу только от церкви воинствующей, произнес: «Отлучаю тебя от церкви воинствующей и торжествующей». Но Савонарола, нисколько не смутившись, поправил его «Воинствующей, но не торжествующей, ибо последнее не в твоей власти».
Когда совершился обряд расстрижения, осужденные были отданы в руки светской власти. Апостоличные комиссары объявили им, что они являются схимниками и еретиками. Наконец они очутились перед советом «Восьми». Соблюдая обычай, этот магистрат поставил вопрос о судьбе монахов на голосование все члены его единодушно высказались за. «Члены совета „Восьми“, ознакомившись с судебным следствием по делу трех монахов и с совершенными ими гнусными преступлениями, о которых там говорится, и приняв во внимание суждение, высказанное по этому поводу комиссаром папы, суждение, предающее их святому суду, чтобы они понесли наказание, постановляют все трое должны быть сперва повешены на эшафоте, а затем сожжены, чтобы души их окончательно были разлучены с их телами».