Через 12 часов после провозглашения развода в Тауэр поступил королевский приказ, обезглавить бывшую королеву на следующий день. Отсрочка на двое суток была явно вызвана только желанием дать архиепископу Кранмеру время расторгнуть брак. В своей предсмертной речи Анна сказала лишь, что теперь нет смысла касаться причин ее смерти, и добавила. «Я не обвиняю никого. Когда я умру, то помните, что я чтила нашего доброго короля, который был очень добр и милостив ко мне. Вы будете счастливы, если Господь даст ему долгую жизнь, так как он одарен многими хорошими качествами: страхом перед богом, любовью к своему народу и другими добродетелями, о которых я не буду упоминать».
Казнь Анны была отмечена одним новшеством. Во Франции было распространено обезглавливание мечом. Генрих решил также внедрить меч взамен обычной секиры и первый опыт провести на собственной жене. Правда, не было достаточно компетентного эксперта — пришлось выписывать нужного человека из Кале. Палач был доставлен вовремя и оказался знающим свое дело. Опыт прошел удачно. Узнав об этом, нетерпеливо ожидавший казни король весело закричал: «Дело сделано! Спускайте собак, будем веселиться!» По какому-то капризу Генрих решил жениться в третий раз — на Джейн Сеймур — прежде, чем остыло тело казненной. Брак был заключен в тот же день.
Джейн Сеймур умерла естественной смертью — во время родов, успев подарить королю наследника, будущего короля Эдуарда.
Место Джейн заняла Анна Клевская, но ненадолго — испуганный ее малопривлекательной внешностью, Генрих дал Клевской щедрые отступные. Екатерина Говард, двоюродная сестра Анны Болейн, стала пятой женой Генриха VIII и второй его женой, лишившейся головы.
Новая королева не очень устраивала Кранмера — дядя Екатерины Говрад, Норфолк, активно выступал против дальнейшего проведения церковных реформ. До поры до времени Кранмер и его друзья предпочитали скрывать свои планы: юная Екатерина приобрела влияние на своего пожилого супруга; кроме того, она могла родить сына, что очень укрепило бы ее положение при дворе. В октябре 1541 года враги королевы нашли долгожданный повод. Один из мелких придворных служащих, Джон Ласселе, на основе свидетельства своей сестры, ранее служившей няней у старой герцогини Норфолк, донес Кранмеру, что Екатерина была долгое время в связи с неким Френсисом Дергемом, а некто Мэнокс знал о родинке на теле королевы. Кранмер, канцлер Одли и герцог Хертфорд поспешили известить ревнивого мужа. Кранмер передал королю записку («не имея мужества устно сообщить ему об этом»). Собрался Государственный совет.
Все «виновные», включая Мэнокса и Дергема, были сразу схвачены и допрошены. О том, что мнимая или действительная неверность королевы до замужества не шла ни в какое сравнение с предшествующей «чистой» жизнью самого Генриха, никто не осмелился и подумать Кранмер навестил совершенно ошеломленную свалившимся на нее несчастьем молодую женщину, которой не исполнилось двадцати лет. Обещанием королевской «милости» Кранмер выудил у Екатерины признание, а тем временем удалось выпытать нужные показания у Дергема и Мэнокса. Генрих был потрясен. Он молча выслушал на заседании совета добытые сведения и потом вдруг начал кричать. Этот вопль ревности и злобы заранее решил участь всех обвиняемых. Норфолк с гневом сообщил французскому послу Марильяку, что его племянница «занималась проституцией, находясь в связи с семью или восемью лицами». Со слезами на глазах старый солдат говорил о горе короля.
Тем временем схватили еще одного «виновного» — Келпепера, за которого Екатерина собиралась выйти замуж, прежде чем на нее обратил внимание Генрих, и которому она, уже став королевой, написала очень благосклонное письмо. Дергем и Келпепер были приговорены, как обычно, к смерти. После вынесения приговора 10 дней продолжались перекрестные допросы — они не выявили ничего нового. Дергем просил о «простом» обезглавливании, но «король счел его не заслуживающим такой милости». Подобное снисхождение было, впрочем, оказано Келпеперу. 10 декабря оба они были казнены.
Потом занялись королевой. Говарды поспешили отвернуться от нее. В письме к Генриху Норфолк причитал, что после «отвратительных деяний двух моих племянниц» (Анны Болейн и Екатерины Говард), наверное, «его величеству будет противно снова услышать что-либо о моем роде». Герцог упоминал далее, что обе «преступницы» не питали к нему особых родственных чувств, и просил о сохранении королевского благорасположения, «без которого я никогда не буду иметь желания жить». Послушный парламент принял специальное постановление, обвинявшее королеву. Ее перевели в Тауэр Казнь состоялась 13 февраля 1542 года. На эшафоте Екатерина призналась, что, до того как она стала королевой, любила Келпепера, хотела быть его женой больше, чем владычицей мира, и скорбит, став причиной его гибели. Однако вначале она упомянула, что «не нанесла вреда королю».