Отрицательное отношение к Аристотелю и к ученому сословию тогдашнего времени создало всюду для Бруно враждебную атмосферу. Когда в мае 1580 года Генрих Наваррский занял город и его окрестности, Бруно простился с университетом и отправился в Париж. А далее — Оксфорд, Лондон и снова Париж, потом Цюрих — Бруно не мог долго оставаться в одном городе — непримиримость к учению Аристотеля и Птолемея создавала ему врагов. Он писал и издавал книги, читал лекции. Чтобы понять причину ненависти к Бруно, необходимо воспроизвести тогдашнее представление об устройстве Вселенной. Сущность Аристотеле-Птолемеевской системы заключалась в учении о Земле, как центре Вселенной, вокруг которой вращались Луна, Солнце и звезды. Земля помещалась в центре небесного свода, представляемого огромным шаром, который в свою очередь состоял из десяти твердых, шарообразных поверхностей, вставленных одна в другую и прозрачных как кристалл. Самая крайняя из этих так называемых сфер, с неподвижными звездами, совершала движение с востока на запад, как бы вокруг оси, проведенной через центр Земли. Второе движение, происходившее внутри вращения первой сферы, имело обратное направление и соответствовало движению Солнца, Луны и семи планет, причем каждое из этих тел двигалось по своей собственной сфере. Наконец, за пределами всех этих сфер с прикрепленными на них небесными телами средневековая мысль поместила Эмпирей — вечное царство золотого эфира, где праведники созерцают Вседержителя и где незыблемо покоится престол апостола Петра.
Сам Коперник, утверждая, что Земля и планеты вращаются вокруг Солнца, думал, что за отдаленной планетой — Сатурном — находится кристаллическая сфера неподвижных звезд. Бруно предвосхитил современную космологию.
Он утверждал:
1. Земля имеет лишь приблизительно шарообразную форму: у полюсов она сплющена.
2. Солнце вращается вокруг своей оси.
3. Вокруг звезд вращаются бесчисленные планеты, для нас невидимые, вследствие большого расстояния.
4. Мир и системы их постоянно изменяются, и как таковые они имеют начало и конец, вечной пребудет лишь лежащая в основе их творческая энергия.
После пятнадцати лет скитаний Бруно возвратился на родину, в Венецию. Риск, которому подвергал себя Бруно, был велик еще и потому, что прежний процесс не считался законченным.
23 мая 1592 года Бруно был арестован и препровожден в тюрьму инквизиции. В это самое время Галилей начинал читать курс математики, и все шесть лет, в продолжение которых Галилей занимал кафедру математики, Бруно провел в заточении.
Копии допросов Бруно были направлены в Рим, оттуда 17 сентября последовало решение: требовать от Венеции выдачи Бруно для суда над ним в Риме. Общественное влияние обвиняемого, число и характер ересей, в которых он подозревался, были так велики, что венецианская инквизиция не отважилась сама окончить этот процесс.
Римское инквизиционное судилище (конгрегация) состояло из нескольких кардиналов под личным руководством папы.
Великим инквизитором на процессе Бруно был кардинал Мадручи; следующее за ним по влиянию место занимал кардинал Сан-Северино, который называл Варфоломеевскую ночь «днем великим и радостным для всех католиков». Экспертом в деле Бруно был кардинал Белармин.
27 февраля Бруно был перевезен в Рим. В Римских тюрьмах он провел шесть лет, не соглашаясь признать свои научные и религиозные убеждения ошибкой. 14 января 1599 года Бенжамин представил восемь еретических положений, извлеченных из сочинений Бруно. Три недели спустя папа приказал предъявить эти тезисы как еретические, «если признает он их такими — хорошо; не признает — дать ему на размышление 40 дней».
Но срок этот истек без результата. 21 декабря, при общем обходе заключенных, Бруно опять спрашивали, желает ли он отречься от своих заблуждений. Великий узник твердо заявил, «что он не может и не хочет отречься, что ему не от чего отрекаться, что он не знает, в чем его обвиняют». Это заявление лишь ускоряло развязку. Тщетно посылала конгрегация для переговоров с Бруно генерала ордена Ипполита Марию и его викария Павла Мирандолу. Бруно отказался признать представленные ему тезисы за еретические и с негодованием прибавил: «Я не говорил ничего еретического, и учение мое неверно передано служителями инквизиции».
20 января 1600 года состоялось последнее, заключительное заседание по делу Бруно. Его святейшество одобрил решение конгрегации и постановил о передаче брата Джордано в руки светской власти. 9 февраля Бруно был отправлен во дворец великого инквизитора кардинала Мадручи и там, в присутствии кардинала и самых знаменитых теологов, его принудили преклонить колено и выслушать приговор. Он был лишен священнического сана и отлучен от церкви. После того его сдали на руки светским властям, поручая им подвергнуть его «самому милосердному наказанию и без пролития крови». Такова была лицемерная формула, означавшая требование сжечь живым.