В это время в Вавилоне престол захватил халдей Мушезиб-Мардук. Опираясь на «беглых арамейцев, бунтовщиков, кровожадных убийц и разбойников», как сообщается в ассирийских анналах, он организовал оборону столицы. Новый эламский царь двинулся к нему на помощь.
В 691 году войска Вавилона, халдеев и Элама соединились и смело пошли навстречу ассирийцам, чтобы дать бой. В кровопролитном, ожесточенном сражении при Халуле, на Тигре (к северу от Вавилона), Синаххериб разгромил и этот союз. Но от похода на Вавилон временно пришлось отказаться. Мушезиб-Мардук еще год оставался царем Вавилона.
В это время на западной границе Ассирии начались новые волнения. Иудейский царь Езекия и северо-арабские царьки снова попали под влияние египетского фараона эфиопской династии Тахарки.
Синаххериб же, в свою очередь, не отказался от своего плана покорения Египта. В 690 году он снова у стен Иерусалима. Однако эта осада не дала желаемых результатов. Взять город на этот раз помешали события, разыгравшиеся в самой Ассирии. Царь Элама, воспользовавшись тем, что Синаххериб находится далеко на юге, напал на Вавилон и захватил в плен его царя, сына Синаххериба. Ассирийский царь решил отомстить. Он вторгся в Элам и разгромил его города.
В одной из своих надписей Синаххериб сообщал о том, как он подкупил эламского полководца Хумбан-Ундаша, который сообщил Синаххерибу о военных планах своего господина. Воспользовавшись этим предательством, ассирийский царь легко одержал победу над войсками эламитов и халдейских мятежников и пленил более 150 000 человек. В числе пленников оказался и сын вавилонского царя Мардук-апла-иддина, который присоединился к мятежным войскам.
Опустошив наименее защищенные города Элама, Синаххериб вернулся обратно в Ниневию, твердо решив на этот раз навсегда покончить с Вавилоном. Этот город был одним из наиболее чтимых (в том числе и самими ассирийцами) культовых центров Месопотамии, а его Бог-покровитель Мардук (Вел) почитался наравне с Богом Ашшуром. Но Синаххериб не слишком благоговел перед городами и храмами, даже ассирийскими.
В 689 году он подошел к городу во главе своих полчищ и потребовал его немедленной сдачи. Вавилоняне отказались. Тогда ассирийский царь силой взял Вавилон. Город был отдан войскам на разграбление. Население его частью переселили, частью отдали в рабство.
Синаххериб торжественно перевез в Ниневию в качестве трофея своей победы статую бога Мардука, а также царскую печать. Как только сокровища города были перевезены в Ассирию, Синаххериб приказал снести жилые дома Вавилона, улицы, кварталы, храмы богов с высокими, «до неба», башнями. Во всех уголках большого города бушевало пламя пожарищ, за десятки километров было видно красное зарево огня, пожирающего один из величайших центров древнего Востока, в котором завоеватель видел лишь источник «крамол».
Так ассирийский царь стер прославленный древний город Вавилон с лица земли.
После этого мощные воды Евфрата были пущены по разрушенному городу, чтобы Вавилон, который не желал повиноваться Синаххерибу, более никогда не встал из развалин. Местность превратилась в болото. Желая раз и навсегда покончить с вавилонским царством, царь отмечал в своих надписях: «…дабы в грядущие времена никто не мог найти даже место этого города, я залил его водой. Город и дома в нем, с основания до верхних покоев, я срыл, разрушил, сжег огнем». Но и всего этого Синаххерибу было мало. Уничтожив город физически, он пожелал проделать это же символически. По его приказу на корабли была погружена вавилонская земля, затем ее отвезли в Дильмун и там развеяли по воздуху.
Эта кощунственная жестокость ужаснула всю Переднюю Азию и вызвала серьезное недовольство даже в самой Ассирии. Синаххериб был вынужден сделать некоторые шаги, направленные на примирение с жрецами. Так, было объявлено, что великие боги сами прогневались на Вавилон за грехи его обитателей и решили его покинуть. Своим варварским поступком Синаххериб не добился, однако, спокойствия и мира.
Порядок в государстве не был восстановлен, смуты и недовольство продолжались. В пику Ашшуру — резиденции своего отца, Синаххериб сделал Ниневию столицей государства, включавшего в свои границы все Двуречье: на западе вплоть до Сирии и Палестины, а на востоке — до владений диких горных народов, которые не удавалось покорить хоть на сколько-нибудь продолжительный срок. Своим именем город обязан Нин — великой богине Двуречья.