С самого начала правления Агриппина начала убирать бывших и потенциальных противников, обеспечивая безопасность престола. В 54 году был убит Юний Силан, брат бывшего жениха Октавии Л. Юния Силана, убитого в 49 году. Следом за ним погиб Нарцисс. Вмешательство Сенеки и Бурра прекратило убийства, но положение Агриппины было очень прочным. Она стала жрицей Клавдия, иногда женщина тайно присутствовала на заседаниях сената.
Первое столкновение произошло наличной почве, когда Нерон влюбился в вольноотпущенницу Клавдия Акте и даже хотел на ней жениться. Это вызвало недовольство Агриппины и поддержку Сенеки и Бурра. Друг Сенеки Анний Серен предоставил свой дом для встреч Нерона и Акте. Отношения сына и матери ухудшились, императрица была вынуждена изменить тактику, но опала оказалась неизбежной. Принцепс сместил Палланта, после чего Агриппина стала искать союзников в Октавии и Британнике. Наконец, Агриппина сочла нужным напомнить Нерону, что власть он получил из ее рук с помощью преступления, но еще жив 14-летний Британник, законный наследник Клавдия.
В ответ на эти действия Нерон отобрал у Агриппины телохранителей и удалил ее из дворца в дом Антонии. Убедившись в опасности Британника, Нерон решил его отравить и привел решение в исполнение.
Новый конфликт начался в 58 году после встречи Нерона с Поппеей Сабиной, светской львицей и женой друга императора М. Сальвия Отона. Отон был отослан в Лузитанию в качестве наместника, а принцепс начал подготовку к разводу с Октавией и браку с Поппеей, что встретило яростное сопротивление Агриппины.
Борьба между сыном и матерью вступила в решающую стадию.
Первые годы своего принципата Нерон фактически не правил, и его действия показали, что чувственная артистическая натура принцепса, увлеченного играми, зрелищами и театром и при этом участвующего в оргиях, жертвами которых становились даже сенаторы, в перспективе сулила правление, сходное с режимом Калигулы. 59 год стал переломным. Под давлением Поппеи принцепс решает убить Агриппину.
Нерон велел построить корабль, который развалился в открытом море, но Агриппине удалось выплыть. Узнав об этом, принцепс послал солдат во главе с префектом Мизенского флота Аликетом, который расправился с бежавшей на одну из вилл императрицей.
После убийства Нерон заявил, что Агриппина организовала заговор. Сенека от имени принцепса написал послание, в котором обвинил Агриппину в стремлении захватить власть, возмущении сената и народа и, наконец, в покушении на Нерона Формально Нерону удалось добиться поддержки общества. Сенат назначил молебствия, публичные игры в честь Квинкватров и поставил золотую статую Минерве. Принцепсу, вернувшемуся из Байи, была Устроена торжественная встреча с поздравлениями. В Рим вернулись многие жертвы Агриппины, а прах Лоллии Паулины был торжественно перенесен в столицу.
Жуткое и противоестественное преступление не могло не испортить общего отношения к императору. Именно с этого момента человека, сломавшего одну из вечных человеческих ценностей, стали считать способным на все. Но Нерон сделал все возможное, чтобы сделать общество своим соучастником, и из страха все были вынуждены приветствовать убийство.
Нерон испытал сильнейшее психологическое потрясение и уже не мог править по-старому, понимая, что его репутация окончательно подорвана. С другой стороны, общая внешняя пассивность привела его к мысли о вседозволенности и уверенности, что сила принцепса может подавить все. С гибелью Агриппины Нерон почувствовал и известное освобождение от контроля, и именно этот противоречивый комплекс страха, вседозволенности, экзальтации собственной личности и создал жуткий образ Нерона второго периода правления.
После событий марта 59 года император начал попытки реорганизации быта. Скорее всего, в этом не было какой-то конструктивной идеи, и император, увлеченный зрелищами и играми, просто хотел заставить римские верхи сделаться его аудиторией.
Особенно увлекался Нерон пением и игрой на кифаре, хотя голос у него был слабый и сиплый, его неудержимо влекло в театр, на публику. Это был император, для которого лавры актера были желаннее, чем власть. Об успехе у публики он заботился более, чем о сохранении своей власти.
Нерон жаждал выступать перед публикой. Это было поистине неслыханным делом, ибо к театру и к актерам римляне относились с презрением. Впервые Нерон осмелился выступить с пением перед публикой в Неаполе. Именно в это время случилось землетрясение; по одним сообщениям, театр пошатнуло, но Нерона это не остановило, и он допел до конца; по другим сообщениям, театр рухнул после представления, когда зрителей в нем уже не осталось.