В 1582 году в южных Нидерландах с большой испанско-итальянской армией появился Александр Фарнезе, герцог Пармский. Он брал занятые противниками испанской короны города измором, перекрывая навигацию по близлежащим рекам и терпеливо дожидаясь, когда голод заставит осажденных сдаться. В январе 1583 года Фарнезе осадил Ипр, в мае взял Диет и Сихэм, а 5 июня — замок Вестерлоо. Тем временем испанские войска под командованием Ла Мотта, Монтиньи и Мондрагона изгнали из Дюнкерка союзные голландцам французские войска, которыми командовал герцог Анжуйский, и 16 июля овладели городом. Вильгельм Оранский вместе с Генеральными штатами бежал из Антверпена и укрылся в Голландии.
В марте 1584 года испанцам сдался Брюгге, где за 8 месяцев осады 40 тысяч жителей умерло с голоду, а в апреле его примеру последовал Ипр. В сентябре капитулировал Гент, одна из твердынь кальвинистов. За несколько дней до этого от рук подосланного испанцами убийцы погиб Вильгельм Оранский.
Генеральные штаты предложили нидерландскую корону французскому королю Генриху III, но тот, опасаясь нападения Испании и войск Католической лиги, в марте 1585 года это предложение отверг. Тогда штатгальтером (правителем) Соединенных провинций стал его сын Мориц. Он вновь обратился за помощью к английской королеве Елизавете. В Нидерланды прибыл Союзным флотом командовал Хуан Австрийский, турецким — Али-паша. Генеральное сражение между ними состоялось 7 октября 1571 года у мыса Скрофа при входе в Патрасский залив Ионического моря вблизи от города I Лепанто. Оно обычно именуется Лепантским морским боем. Союзный флот состоял из 250 испанских, генуэзских и венецианских судов, турецкий — из 275. Турецкий флот перед этим 6 месяцев находился в плаванье, совершая набеги на венецианские владения. Он нуждался в пополнении запасов пороха и продовольствия и стремился уклониться от сражения. Поскольку в октябре навигация в Средиземном море заканчивалась и турки могли получить желанную передышку, Хуан Австрийский стремился как можно скорее атаковать неприятеля.
Испанская разведка заметила флот Али-паши раньше, чем турки обнаружили флот союзников. Хуан Австрийский возглавил центр, где он оставил 62 галеры. Правое крыло из 58 галер находилось под началом генуэзца Дориа, а левое из 53 галер — под началом венецианца Барбариго. Резервом из 30 галер командовал испанский маркиз Крус. 6 галеасов союзников, располагавших сильной артиллерией, предполагалось использовать в качестве авангарда. Аналогичный боевой порядок был и у турок. Единственным серьезным отличием было то, что Али-паша сделал гораздо более сильным свой центр, поместив там 91 галеру и 5 галиотов (всего турки имели 65 галиотов).
Бой начался около полудня и вскоре распадся на три самостоятельных баталии. Туркам удалось окружить левое крыло союзников, однако это не принесло им успеха, из-за превосходства противника в артиллерии и абордажном бою. Ведь на каждой турецкой галере было лишь 40 солдат, а на каждой испанской — 150. Кроме того, турецкие солдаты располагали лишь 2,5 тысячи аркебуз, а большинство их было вооружено луками. Испанские же солдаты были вооружены новейшими мушкетами, превосходившими аркебузы в дальности и точности стрельбы. Пуля, выпущенная из мушкета, уверенно поражала неприятеля на дистанции 250–300 м.
В течение четырех часов турецкий флот был разгромлен, а Али-Паша убит. Уйти удалось лишь 48 турецким судам. 20 галер было потоплено, а 207 судов захвачено в качестве трофеев. На этих судах было освобождено 12 тысяч невольников-гребцов. Потери турок убитыми и пленными составили 30 тысяч человек. Союзники потеряли погибшими 7 тысяч солдат и матросов, не считая нескольких сотен гребцов, потонувших на 15 судах.
После битвы при Лепанто турецкий флот навсегда отказался от борьбы за господство в Средиземном море, хотя на следующий год султан построил новую эскадру в 220 галер.
Противоречия между Испанией и Генуэзской и Венецианской республиками, их борьба за средиземноморскую торговлю привели к распаду Священной лиги, и в марте 1573 года Венеция подписала мир с Османской империей, уступив ей Кипр.
В 1678 году в Венгрии подняла восстание против Габсбургов протурецкая партия во главе с князем Имре Текели. Его поддержала протестантская часть населения страны, недовольная ущемлением прав сторонников реформатской церкви. В 1681 году австрийские власти восстановили права венгерских протестантов, однако это не погасило пламя восстания. Текели опирался на поддержку Османской империи. Его просьба о помощи послужила для турецкого султана формальным поводом для объявления войны Австрии в 1683 году.