Наполеон считал кампанию выигранной, но тут в дело вмешался английский флот. Командующий Средиземноморской эскадрой адмирал Нельсон 1 августа внезапно атаковал французский флот в Абукирской бухте близ устья Нила, причем часть британских кораблей смогла незаметно встать между неприятельскими судами и берегом, а другая часть атаковала врага со стороны моря. Французские корабли попали под перекрестный огонь и почти все были потоплены или захвачены. Из 13 линейных кораблей спаслись лишь 2, из 4 фрегатов — также 2. В бою погиб и командующий флотом адмирал де Брюэс. Французы потеряли убитыми, ранеными и пленными 6 тысяч, а англичане — только 900 человек.
После Абукира участь французской армии в Египте была уже предрешена, так как, лишенная снабжения из Франции, она не могла ни предпринять успешного похода на Восток, ни просто сколько-нибудь длительное время удержаться в Египте, где мамлюки развернули против французов партизанскую борьбу. Вести борьбу приходилось в пустынной местности, где принцип самоснабжения, исповедовавшийся революционной армией, был неприменим. Наполеон тем не менее отправился в отчаянный поход в Сирию.
14–15 февраля 1799 года его армия взяла Эль-Ариш на Синайском полуострове, а 3–7 марта — Яффу, оборонявшуюся уже турецкими янычарами. Сдавшийся в плен 4-тысячный гарнизон Яффы, которому перед капитуляцией была обещана жизнь, Бонапарт приказал расстрелять. У него не было продовольствия, чтобы кормить пленных, а отпускать их французский командующий не хотел, опасаясь, что янычары усилят гарнизоны других турецких крепостей, как это сделали турки, захваченные в Эль-Арише и вновь взятые в плен Яффе.
17 марта французы осадили старую твердыню крестоносцев Аккру, которую оборонял англо-турецкий отряд во главе с британским морским офицером Уильямом Сиднеем. Осажденные, беспрепятственно получавшие снабжение морем, отбили несколько приступов. К тому времени французское войско имело в строю немногим более 10 тысяч человек — сказались потери в боях и от болезней, да и в Египте пришлось оставить часть сил. Начавшаяся в лагере чума заставила Наполеона прекратить осаду Аккры и 14 июня вернуться в Каир.
15 июля у Абукира высадилось 15-тысячное турецкое войско, базировавшееся на острове Родос. Наполеон, располагая всего лишь 6 тысячами солдат, разбил турок наголову, а 2 августа остатки турецкой экспедиционной армии капитулировали в Абукире.
Вскоре Наполеон узнал о том, что армии Директории терпят поражение от русских и австрийских войск под командованием фельдмаршала Суворова, а потому правительство стремительно теряет популярность в народе. Генерал Бонапарт решил, что пора вернуться во Францию и взять власть в свои руки. 23 августа 1799 года он отплыл из Александрии на 2 фрегатах во главе 500 солдат и 5 генералов — Жана Ланна, Александра Бертье, Иоахима Мюра-та, Александра Андреосси и Огюста Мармона. Ему удалось благополучно миновать встречи с английской эскадрой и 9 октября, после остановки на родной Корсике, достичь французского побережья.
9 ноября (18 брюмера) 1799 года сторонники Бонапарта добились назначения генерала командующим войсками Парижа под предлогом подавления роялистского заговора. На следующий день, когда депутаты нижней палаты парламента, Совета пятисот, усомнились в существовании заговора, Наполеон с помощью верных ему войск разогнал парламент. На защиту Директории не выступил никто. Наполеон был провозглашен Первым консулом и получил практически неограниченную власть.
Бонапарту досталось незавидное наследство. Казна была пуста. Французские войска потерпели тяжелые поражения в Италии и в Египте. В Вандее бушевало роялистское восстание. 25 декабря новый правитель Франции обратился к союзникам с мирными предложениями. К тому времени Россия вышла из антифранцузской коалиции, однако Англия и Австрия рассчитывали, что и без русских войск им удастся добиться победы, и от мирных переговоров отказались.
Оставшуюся в Египте французскую армию возглавил генерал Жан Батист Клебер. Англичане не направляли против нее значительных сил, не без основания рассчитывая, что блокированному с моря неприятелю рано или поздно придется сдаться. Турецкие же и египетские отряды не в состоянии были самостоятельно справиться с закаленными в боях французскими гренадерами и гусарами. 21 января 1800 года Клебер договорился с турками о беспрепятственной эвакуации своей армии из Египта, но англичане воспротивились выполнению соглашения. Тогда 20 марта французы разбили турецкий отряд у Гелиополиса и вновь заняли Каир.