Советская пропаганда так и не смогла внятно разъяснить мировой общественности, кто же именно пригласил наш «ограниченный контингент», численность которого временами достигала 120 тысяч человек. Зато в СССР распускались слухи, будто советские солдаты лишь на несколько часов опередили американский десант, который должен был высадиться в Кабуле (хотя на тысячу миль от Афганистана не было ни войск, ни баз США). В связи с вводом частей Советской Армии в Афганистан в Москве родился анекдот. «Как теперь следует называть татаро-монгольское иго? — Ввод ограниченного контингента татаро-монгольских войск на Русь для защиты от литовской угрозы».
Ограниченный контингент не смог изменить ситуации в стране, хотя уже к началу 1980 года в стране оказалось 50 тысяч советских солдат и офицеров, а во второй половине года контингент достиг своей максимальной численности. Большинство населения воспринимало Кармаля как марионетку, сидящую на советских штыках. Таявшая от дезертирства афганская правительственная армия удерживала при советской поддержке только столицу и провинциальные центры. Повстанцы контролировали сельскую местность, гористую и труднодоступную. Моджахеды получали помощь от пуштунских племен Пакистана, а перекрыть афгано-пакистанскую границу, представлявшую собой условную линию на пересеченной местности со множеством горных троп, было практически невозможно. Спасаясь от войны, в Пакистан и Иран ушло свыше 4 миллионов беженцев. Рейды советских войск против партизан, как правило, не достигали успеха. Моджахеды растворялись в горах. Советская 40-я армия несла потери. Повстанцы обстреливали советские транспорты, нападали на небольшие отряды и гарнизоны. Некоторые группировки, в частности концентрировавшаяся в Панджшерской долине армия таджикского полевого командира Ахмад Шаха Массуда, вела успешные бои и с целыми советскими дивизиями, неоднократно пытавшимися уничтожить «льва Панджшера».
К середине 80-х стала очевидна бесперспективность советского военного присутствия в Афганистане. В 1985 года после прихода Горбачева Кармаль был заменен на бывшего главу службы безопасности д-ра Наджибуллу, имевшего репутацию жестокого, но изворотливого человека, представлявшего более многочисленную фракцию «Хальк». Он пытался найти опору режиму как среди части пуштунских племен, так и среди народностей севера. Здесь, однако, он смог опереться только на узбекскую дивизию генерала Рашида Дустума.
Кабульское правительство полностью зависело от советской военной и продовольственной помощи. США активизировали помощь повстанцам, начав поставку им зенитных ракет «Стингер». Было сбито несколько самолетов и вертолетов и поставлено под сомнение абсолютное советское господство в воздухе. Стало ясно, что из Афганистана надо уходить.
14 апреля 1988 года в Женеве было заключено соглашение между Афганистаном, Пакистаном, СССР и США о политическом урегулировании. Было объявлено, что советские войска покинут страну. 15 февраля 1989 года командующий ограниченным контингентом генерал Борис Громов последним перешел пограничную реку Пяндж. По официальным данным, потери советских войск в Афганистане составили 14 433 военнослужащих и 20 гражданских лиц погибшими, 298 пропавших без вести, 54 тысячи раненых и 416 тысяч больных. Существуют и более высокие оценки советских потерь в 35, 50, 70 и 140 тысяч погибших. Афганские потери, главным образом среди мирного населения, были значительно выше. Многие кишлаки авиацией сравнивались с землей, а жители расстреливались как заложники за действия партизан. Иногда говорят о миллионе погибших афганцев, но точно афганские потери никто не подсчитывал.
После вывода войск советская сторона продолжала оказывать Наджибулле массированную военную помощь. Горбачев говорил: «Важно, чтобы этот режим и все его кадры не были сметены дотла… Нам нельзя предстать перед миром в одних трусиках или даже без них…» После августовского путча и распада СССР наступила развязка.
В марте 92-го против лишившегося советской поддержки Наджибуллы восстал Дустум и занял Кабул. Бывший диктатор укрылся в миссии ООН. В Афганистане началась война различных этнических и политических группировок, ранее объединенных борьбой с просоветским режимом. Она продолжается до сих пор. В 1996 году отряды движения «Талибан», руководимого учащимися медресе и опирающегося на пуштунское население, заняли Кабул. Наджибулла был схвачен в помещении миссии и повешен.