Но по Вене в начале ноября 1805 года пошли слухи, разоблачавшие Шульмейстера. Был даже отдан приказ о его аресте. Вместе с ним под стражу был заключён и его верный помощник Рипманн.
Если бы австрийской армии удалось удержать Вену, Шульмейстер, наверное, был бы предан суду, осуждён и казнён. Но французские войска стремительно наступали. Император Франц II покинул свою столицу, там царило страшное смятение. Вена открыла свои ворота, даже не пытаясь сопротивляться. Шульмейстер и Рипманн были освобождены из тюрьмы.
Кстати, это было не первое заключение Шульмейстера. Ещё весной 1805 года, как явствует из австрийских архивов, его вместе с Рипманном арестовали по обвинению в сношениях с врагом. Но тогда они были освобождены безо всяких последствий, видимо, благодаря крупной взятке.
Война продолжалась. Впереди был триумф Бонапарта под Аустерлицем, но использовать Шульмейстера в качестве разведчика против Австрии уже было нельзя.
Шульмейстер получил в награду небольшое состояние от Наполеона. Он хвастался, что столько же получил от австрийцев за свои услуги.
Но надобно признать, что Наполеон недостаточно высоко ценил заслуги своего разведчика. Своих генералов и разного рода авантюристов, принёсших значительно меньше пользы, он награждал более щедро — титулами, поместьями, привилегиями.
Приятель Шульмейстера, генерал Лассаль, пытался уговорить Наполеона пожаловать разведчику орден Почётного легиона. Вернувшись после беседы с императором, Лассаль рассказал Шульмейстеру, что Наполеон наотрез отказал в этом, заявив, что золото — единственная подходящая награда для шпиона.
Чувствуя неприязнь императора к «шпионам», Шульмейстер стремился проявить себя на военном поприще.
Он был поистине энергичным и смелым воином. Всего с тринадцатью гусарами он атаковал и захватил германский город Висмар. В битве у Ландсгута Шульмейстер командовал отрядом, который штурмовал мост через Изар и помешал неприятелю поджечь его.
По заданию Савари, ставшего министром полиции, Шульмейстер направился в Страсбург, где вспыхнули волнения среди гражданского населения. Вскоре волнения переросли в мятеж. Шульмейстер на глазах у беснующейся и небезоружной толпы одним-единственным выстрелом уложил вожака восстания, тем самым усмирив мятежников.
Он был несколько раз ранен в сражениях, в частности, под Фридландом он получил серьёзное пулевое ранение.
27 сентября 1808 года открылся Эрфуртский конгресс — встреча Наполеона с Александром, в присутствии нескольких германских королей. Наполеон поставил своей задачей заинтересовать, поразить, ослепить русского царя. Он привёз с собой всё, что было у него наиболее замечательного, в том числе весь женский персонал Французской комедии, гвардейские команды, придворный штат.
Шульмейстер по представлению Савари был назначен руководителем французской секретной службы. В числе его заслуг — предотвращение покушения на Наполеона, которое пытался совершить немецкий студент. Агенты Шульмейстера, не желая поднимать шум по этому поводу, сумели сделать так, что студент сам отказался от своего намерения.
Но главной задачей Шульмейстера была другая. Как он сам писал Савари, император каждое утро задавал ему первым делом два вопроса: с кем виделся накануне Гёте (Наполеон очень ревниво относился к великому поэту, пытаясь завоевать его дружбу и доверие) и с кем провёл эту ночь царь? Оказалось, что каждая из очаровательных спутниц Александра (в основном из числа актрис Французской комедии) являлась агентом начальника французской секретной службы Шульмейстера и сообщала ему о настроении и высказываниях Александра I. Судя по всему, Шульмейстер угодил своему императору.
Тогда же Шульмейстеру пришлось выполнять ещё одно сомнительное поручение Наполеона. Он должен был организовать слежку за королевой Луизой Амалией Прусской и собирать «компромат» на неё. Дело в том, что Луиза Амалия, патриотка своей страны, страдала от её унижения и требовала объявления войны Франции. В 1806 году она заставила мужа сделать это, но Пруссия была тут же раздавлена французами.
Русский царь восхищался этой красивой и смелой женщиной и был дружественно настроен к ней. Наполеону хотелось очернить её в глазах царя. Но ни у Шульмейстера, ни у его высокого хозяина ничего не получилось. Супруга прусского короля осталась вне подозрений.