Локкарт обсудил ситуацию с генералом Лаверни и французским генконсулом Гренаром. Решили принять предложение латышей. Локкарт написал записку на имя Пуля и передал её Шмидхену. Дальнейшую судьбу латышей вручили Сиднею Рейли. При этом Рейли выразил намерение с их помощью поднять восстание после отъезда Локкарта и других дипломатов. Локкарт не поддержал его и больше с Рейли не встречался.
Утром 30 августа 1918 года глава петроградской ЧК Урицкий был убит эсером-террористом Леонидом Каннегисером. Вечером того же дня эсерка Фани Каплан совершила покушение на Ленина.
В ту же ночь Локкарт и его помощник Хикс были арестованы и доставлены в ЧК. Муру, которая ночевала у Локкарта, тоже увезли в ЧК.
После долгого ожидания Локкарта привели на допрос к заместителю председателя ВЧК Петерсу. Тот задал всего три вопроса: «Знаете ли вы эту женщину, Каплан?», «Где Рейли?» и «Это ваше письмо?» — показывая ему его записку Пулю.
Локкарт отвечать отказался. Ему было ясно, что его пытаются связать с покушением на Ленина. Его вернули в камеру. Отпросившись в уборную, он избавился от листков с шифрами, находившимися в записной книжке.
Утром Локкарта и Хикса отпустили. Он направился в голландское посольство, где узнал, что капитан Кроми во время налёта на здание консульства в Петрограде начал перестрелку, убил комиссара, но и сам был застрелен.
Во всех газетах появились кричащие заголовки о «заговоре Локкарта». Союзников обвиняли в попытке свержения правительства путём подкупа латышского гарнизона. Несмотря на это Локкарт оставался на свободе и даже ездил в Наркоминдел ходатайствовать об освобождении Муры. Там ему не помогли, и он отправился к самому Петерсу. Тот сказал, что рассмотрит просьбу Локкарта, но самого его вынужден арестовать.
Заключение Локкарта длилось ровно месяц. Первые шесть дней он содержался на Лубянке, затем его перевели в Кремль, где условия содержания были почти комфортными. Была даже ванная комната, правда, без ванны. Локкарту давали газеты, из которых он узнал, что в Лондоне в ответ на его арест посажен в тюрьму Литвинов. Петерс освободил Муру и даже разрешил ей принести Локкарту передачу.
В эти же дни в «Известиях» было опубликовано письмо члена французской миссии Рене Маршана, он писал о встрече в американском генеральном консульстве, на которой обсуждались такие меры, как взрыв железнодорожных мостов, чтобы отрезать Москву и Петроград от снабжения. К счастью для Локкарта, он на этой встрече не присутствовал.
В конце сентября Локкарта освободили. При этом Петерс предложил ему остаться в Советской России. Локкарт задумался над этим предложением. Ему не хотелось бросать Муру, но не хотелось и стать причиной новых международных осложнений. Не мог он и стать большевиком.
Через два дня после освобождения, 2 октября 1918 года, Локкарт вместе с другими освобождёнными из-под ареста англичанами и французами выехал из Москвы.
Такова версия «заговора Локкарта», изложенная им самим в книге «История изнутри», согласно которой он стал почти невинной жертвой чекистской провокации. Но есть и другая, официальная версия этого же заговора, подтверждённая свидетельскими показаниями, другими доказательствами и приговором суда. «Заговор трёх послов» действительно существовал. В истории он известен как «заговор Локкарта». Сам он, пожалуй, не был в нём главным действующим лицом, скорее «нервным узлом», через который основные заговорщики — послы Англии, Франции и США, находившиеся в Вологде, поддерживали связь со своими коллегами в Петрограде — капитаном Кроми и другими, и пытались установить связь с «мятежными» латышскими стрелками в Москве, с единомышленниками в других городах и с генералом Пулем в Архангельске. Заговорщики ставили своей целью свержение советского правительства, арест и убийство Ленина. Шмидхен и его товарищ Спрогис специально выезжали в Петроград, откуда поступали сведения о существовании там контрреволюционного подполья. Они сумели войти в доверие к его руководителям, а те вывели их на главное действующее лицо, капитана Кроми, который был занят отнюдь не «спасением Балтийского флота», как пишет Локкарт, а заговором по свержению советского правительства. Он действительно дал Шмидхену рекомендательное письмо на имя Локкарта, а тот, в свою очередь, письмо на имя генерала Пуля. Шмидхен (Буйкис) провёл, по его словам, не одну, а несколько встреч с Локкартом, на которых тот его инструктировал: «Ваша главная и самая первая задача арестовать и убить Ленина». По просьбе Локкарта, Шмидхен привёл к нему командира полка латышских стрелков Э.П. Берзиня, который обещал Локкарту открыть ворота Кремля, куда должны были ворваться заговорщики из числа контрреволюционных офицеров. А письмо на имя генерала Пуля «и всех британских военных представителей в России» Локкарт дал Шмидхену по своей инициативе, указав в нём его настоящую фамилию: Я.Я. Буйкис.