Палуаль, бывший начальник Абтея, прибыл в Северную Африку с полковниками Риветом и Дюкрестом. Перед ними стояла задача разобраться в ситуации, сложившейся на французских подмандатных территориях — Сирии и Ливане, где перед французами встала серьёзная проблема арабского национализма.
Союзники имели теперь сильные позиции на Среднем Востоке, но это не повлияло на арабов, мечтавших о национальной независимости. Агенты Гитлера и Муссолини всячески старались использовать настроения арабов в своих интересах — создать «второй фронт» для английской армии в Египте.
В январе 1943 года Рузвельт и Черчилль встретились в Касабланке для обсуждения вопроса об открытии второго фронта в Европе. Жозефина была искренне тронута, получив приглашение в американское консульство, где происходила встреча. Но она вынуждена была отказаться, так как уже имела указание отправиться в Бейрут и встретиться там с французским посланником.
Задание на этот раз было иного рода, чем те, которые она выполняла раньше. Ей надо было теперь работать не против нацистских или итальянских шпионов, а против арабских националистов и революционеров. Амин, муфтий Иерусалима, бежал в Германию. Но его сторонники серьёзно подрывали французское и британское господство. В Ираке и Сирии восстание Рашида Али, которое, как считали западные разведки, инспирировано и профинансировано Германией, было подавлено в 1941 году. Но его последователи снова подняли голову. Это были члены Арабской лиги Ибрагима Ваззани, в которую были внедрены и нацистские агенты.
В конце 1943 года, уже после полного поражения Роммеля в Северной Африке, снова начало разгораться пламя вражды арабов к Франции и Британии. У английской разведки имелись данные, что большую роль в этом играют эмиссары, засланные немцами через Турцию. Жозефину попросили выяснить детали всего этого дела.
Через Ливию и Египет она направилась в Багдад и Бейрут, где комендант Бруссе из французской секретной службы вывел её на связь с британской разведывательной службой на Ближнем Востоке. Она теперь выдавала себя за арабку и, сопровождаемая марокканским принцем Си Менхеби, помогла выявить ряд нацистских агентов в этом районе, в том числе двух женщин-агентов гестапо, Аглаю Нойбахер и Паулу Кок.
Западные авторы, описывая эту миссию Жозефины Бейкер, безусловно лукавят, приписывая мощный подъём национально-освободительного движения арабских народов действиям германских агентов и эмиссаров. Это был закономерный процесс. И то, что Жозефина помогла разоблачить нескольких агентов, не особенно повлияло на ход освободительной борьбы против колониальных режимов Англии и Франции. Тем не менее её искусству разведчицы надо отдать должное.
Выполнив задание, Жозефина вернулась в Алжир, по пути она дала несколько концертов для солдат, отдыхавших после трудно достигнутых побед над войсками Роммеля. Её восторженно приветствовали в Каире, Александрии, Мисурате, Тобруке, Бенгази, Триполи. В Алжире её принял сам генерал де Голль.
Италия капитулировала, и на Западе полагали, что война идёт к концу, благо почти все германские войска были сосредоточены на восточном фронте.
25 августа 1944 года Вторая французская бронетанковая дивизия вошла в освобождённый Париж. Жозефина вернулась в свою любимую Францию, но не в свой замок в Дордони. Она следовала за наступавшей армией, поддерживая солдат своим искусством. Пела в Страсбурге, Меце, Кольмаре через несколько часов после их освобождения.
После капитуляции Германии Жозефина как «специальный агент» ушла в отставку, но как любимая певица продолжала выступать перед французскими, английскими и американскими войсками в оккупационных зонах Германии. В Париже генерал де Голль вручил ей Крест Лотарингии и Медаль Сопротивления. Он также прислал ей письмо, в котором благодарил за «великолепную работу и службу в самые тяжёлые для Франции времена».
Замок в Дордони отреставрировали, но его прежних обитателей там уже не было. Одни из них умерли в застенках гестапо, другие от голода.
Достигнув зрелого возраста, Жозефина Бейкер посвятила себя воспитанию своих девяти приёмных детей. Среди них были француз, араб, негр, испанка. Дети сопровождали её во всех поездках.
С годами её взгляды изменились. Если в 1940-е годы она выступала как противница движения за национальное освобождение арабов, правда, видя в этом «руку Берлина», то в 1960–70-е годы стала ярой сторонницей борьбы негров за свои права. Приехав в США, участвовала в демонстрациях в защиту прав негров, хотя в то время в негритянском движении многие видели «руку Москвы».