Через две недели Чехов писал Суворину: «Галкин-Враской жаловался Феоктистову; ноябрьская книжка „Русской мысли“ была задержана дня на три, но все обошлось благополучно» (25 ноября 1893 г.).
Полного спокойствия, впрочем, быть не могло — журнал в конце ноября получил предупреждение за статьи М. М. Ковалевского, В. И. Семевского и В. Л. Гольцева по социологическим вопросам (ГИАМ, ф. 31, оп. 3, ед. хр. 321). В этих условиях тревога не покидала и Чехова, подготавливавшего очередные главы к публикации в «Русской мысли». В декабре 1893 г. он читал корректуру для февральской книжки журнала, в феврале — для мартовской (см. письма к Гольцеву от 28 декабря 1893 г. и к А. А. Попову-Монастырскому от 14 февраля 1894 г.). Автор послал исправленную корректуру и для апрельского номера, но, как извещал его Гольцев, глава в журнал «не попала, зато попало „Опровержение“ общества „Сахалин“ на данную Чеховым характеристику этого общества в VIII главе» (см. примечания к стр. 135–137 * , 137–138 * ).
В июле 1894 г. Чехов читал «последнюю корректуру и для журнала и для книги» (письмо к Суворину от 11 июля 1894 г.). Предполагалось, что сразу же после окончания журнальной публикации «Остров Сахалин» выйдет отдельным изданием (см. письма к Суворину от 26 июня и Попову-Монастырскому от 13 июня и 22 июля 1894 г.). Но главы XX–XXI не были разрешены цензурой. Узнав об этом, Чехов просил Гольцева прислать «оттиск двух последних, цензурою не пропущенных глав», с тем, чтобы «жаловаться в Главное управление», и затем, если из управления придет отказ, в Сенат (письмо от 4 сентября 1894 г.). Гольцев тотчас же послал Чехову гранки и выразил сочувствие его желанию «воевать» за «Сахалин» (сентябрь 1894 г.). Однако жалоба, по-видимому, не была послана (в архивах нет документов) — надо полагать, потому, что Чехов надеялся на выпуск «Сахалина» отдельной книгой и боялся помешать этому. «Мои путевые записки, — писал он через несколько лет, — печатались в „Русской мысли“, все, кроме двух глав, задержанных цензурой, которые в журнал не попали, зато попали в книгу» (С. А. Петрову, 23 мая 1897 г.).
Для отдельного издания книги Чехов в продолжение второй половины 1894 г. и начала 1895 г. подготавливал главы I–XIX, напечатанные ранее в «Русской мысли» (вносил небольшие изменения), и главу XXII, опубликованную в сборнике «Помощь голодающим». Лаврову он сообщал 17 марта 1895 г., что «скопировал» эту главу из сборника. Но это неточно: глава подверглась тщательной обработке. В те же месяцы Чехов исправил корректуру глав XX–XXI и XXIII, не вошедших в журнал (см. письма к Гольцеву от 13 ноября 1894 г. и к Лаврову от 17, 19 марта 1894 г. и 9 апреля 1895 г.).
8 мая 1895 г. было дано цензурное разрешение на выпуск «Острова Сахалина» в издании «Русской мысли». Об этом написал Чехову 9 мая 1895 г. Попов-Монастырский (ГБЛ). 16 июня 1895 г. Чехов известил Суворина, что «Сахалин» пропущен и книга уже поступила в продажу.
Следующий (и последний) этап работы Чехова над «Островом Сахалином» — подготовка его для собрания сочинений. Еще в начале февраля 1899 г., вскоре после подписания договора с А. Ф. Марксом, Чехов писал П. А. Сергеенко, чтоб он «сдал <…> Марксу» «Сахалин», но тут же предупреждал, что редактировать его будет «не иначе как в корректуре» (2 февраля 1899 г.). В мае этого года среди других названных в письме Марксу своих произведений Чехов упомянул «издание „Русской мысли“ 1895 г. „Остров Сахалин“» (12 мая 1899 г.). В разговоре же с Марксом в Петербурге 11 июня 1899 г. он предложил «пока не включать „Сахалин“ в собрание сочинений», так как «это не беллетристика, и книга уже достаточно устарела». В конце года было определено место «Сахалина» — в восьмом томе, после пьес, или же издать отдельно, «как книгу, представляющую самостоятельный интерес» (Ю. О. Грюнбергу, 22 декабря 1899 г.). В следующие годы Чехову еще раз пришлось напомнить, что «Сахалин» должен быть выделен в специальный том. В ответ на письмо Л. Е. Розинера от 3 октября 1901 г., в котором было сказано, что «Сахалин» находится в списке произведений для 10 тома, рядом с рассказами «Человек в футляре», «Крыжовник», «О любви», «У знакомых» (ГБЛ), Чехов отмечал: «„Остров Сахалин“ выйдет особой книгой вне томов, так как это не беллетристика» (8 октября 1901 г.). Через несколько дней Маркс написал Чехову, что «были запросы, в какой из томов войдет „Остров Сахалин“», советовал включить его в собрание сочинений, напоминал, что сам автор хотел напечатать «эти очерки в виде одного из томов сочинений», и высказал свое мнение: «Я считаю „Остров Сахалин“ произведением более беллетристическим, чем этнографическим» (13 декабря 1901 г.).