Вместе с тем во взглядах героя повести и древнего мыслителя есть большие расхождения. Самое существенное из них — полное неприятие Рагиным нравственно-этических принципов учения Аврелия, призывающих к «помощи ближнему», к заботе об «общем благе» (см. об этом: А. Скафтымов. О повестях Чехова «Палата № 6» и «Моя жизнь». — В его кн.: Нравственные искания русских писателей. М., 1972, стр. 381–386). Есть в рассуждениях Рагина и прямая полемика с Марком Аврелием.
Одна из любимых идей Аврелия, многажды варьируемая в его «Размышлениях», та, что смерть — не более чем перемена состояния. «Вот вышла лошадь, затем, когда она сгниет, из нее выйдет дерево, а потом человек» (стр. 95). «Только природа человека изменится, а он останется жив» (стр. 126) и т. д. Аврелий призывал «бодро встретить смерть как момент разложения плоти на те самые части, которые входят в состав каждого животного» (стр. 23). Против этих слов на полях книги рукой Чехова написано: «Обмен вещ<еств>». Именно с этих слов начинается в VII главе страстная филиппика Рагина: «Обмен веществ! Но какая трусость утешать себя этим суррогатом бессмертия! <…> Только трус <…> может утешать себя тем, что тело его будет со временем жить в траве, в камне, в жабе…» (см. также варианты, стр. 362, строки 7–8). В сравнении обмена веществ с футляром — также явная полемика с Аврелием, использовавшим этот же образ в обратном смысле (стр. 95). В пылу спора Андрей Ефимыч начинает даже сожалеть «зачем человек не бессмертен», вступая тем самым в противоречие с собственными прежними утверждениями насчет «нормальности» и «законности» смерти. В полемике героя в какой-то степени нашли отражение собственные мысли Чехова об этом предмете. Рассказывая про свой разговор с Л. Толстым о бессмертии, Чехов писал: «Мое я — моя индивидуальность, мое сознание сольются с этой массой, — такое бессмертие мне не нужно, я не понимаю его» (М. О. Меньшикову, 16 апреля 1897 г.).
Аналогичные высказывания Чехова записал в своем дневнике (23 июля 1897 г.) Суворин: «Несколько мыслей Чехова:…Смерть — жестокость, отвратительная казнь. Если после смерти уничтожается индивидуальность, то жизни нет. Я не могу утешиться тем, что сольюсь с вздохами и муками в мировой жизни, которая имеет цель. Я даже цели этой не знаю» (А. С. Суворин. Дневник. М. — Пг., 1923, стр. 167; ср. полемику с Аврелием в письме к Суворину от 11 апреля 1889 г.). Аврелий считал, что все мироздание и человек в нем подчинены высокой цели, все полно глубокого смысла. Рагин полагает «смысл и цель своего существования» неизвестными, а самоё жизнь — «ловушкой».
Высказывалось мнение о близости философии Рагина к Шопенгауэру с его пессимизмом, интеллектуальным гедонизмом и созерцательностью (см. А. Скафтымов, указ. соч., стр. 387–389). Выписку из Шопенгауэра находим в чеховской рукописи «Врачебное дело в России» (см. т. XV Сочинений); шопенгауэровские «Афоризмы и максимы» (пер. Ф. В. Черниговца, т. II, СПб., изд. А. С. Суворина, 1892, цензурное разрешение — 26 июля 1891 г.) вышли как раз накануне начала работы над «Палатой № 6»; книга эта была в библиотеке Чехова (Чехов и его среда, стр. 396). Совпадения действительно есть, хотя и не такие, как с Марком Аврелием. Но схождения с Аврелием есть и у самого Шопенгауэра (удовлетворение внутри своего «я», радость познания и т. п.).
Находили близость философии Рагина и с учением Л. Толстого (А. Дерман, Ю. Соболев). Но это могло быть также вследствие некоторой общности высказываний Шопенгауэра и Толстого. Все это не исключает возможности какого-то косвенного использования положений этих учений при создании образа Рагина. Чехов черпал из многих источников.
Важнейшее значение для создания повести имели сахалинские впечатления. А. Роскин считал, что «о „Палате № 6“ можно говорить как о повести, продиктованной Сахалином <…> Смотрителей Никит, людей за решеткой и многое другое Чехов видел прежде всего на Сахалине» (А. Роскин. А. П. Чехов. Статьи и очерки. М., 1959, стр. 215–216). Гимназический товарищ Чехова писал: «„Палата № 6“ — это таганрогский сумасшедший дом» (Тан <В. Г. Богораз>. На родине Чехова. — «Современный мир», 1910, № 1, стр. 170). Вполне возможно; вместе с тем изображение палаты умалишенных в повести удивительно близко к описаниям сахалинских тюремных лазаретов («Остров Сахалин», гл. XXIII), которые не удовлетворяют элементарным медицинским и гигиеническим требованиям, где отсутствуют самые необходимые инструменты, где, как и в палате № 6, не переводится рожа. (Интересно такое частное совпадение: в Александровском лазарете оказывается только два тупых скальпеля; в «Палате № 6» также «на всю больницу было два скальпеля»).