За столь преступное сочинение суд приговорил А.Н. Радищева к смертной казни, но Екатерина II смягчила приговор, и писатель был сослан в далекую Сибирь.
В октябре 1820 года в Петропавловскую крепость доставили роту Семеновского полка — 167 человек, а на следующий день туда были препровождены и остальные семеновцы, возмутившиеся против полкового командира Шварца. Это было первое массовое заключение, предшествовавшее заключению в крепость декабристов.
Для наиболее «злонамеренных декабристов» Алексеевский равелин открыл свои казематы в 1825 году. Гуляя по садику, они видели небольшую могилку, в которой по преданию и была похоронена таинственная княжна Тараканова. Со времен декабристов Алексеевский равелин и приобрел свою мрачную и страшную славу. Врач Петропавловской крепости Вильяме как-то сказал одному из заключенных: «Я старик и голова моя поседела тут на службе, а не помню, чтобы отсюда куда-нибудь увозили иначе, как на кладбище или в сумасшедший дом».
Каменная тюрьма в Алексеевском равелине была возведена в 1797 году на месте старой деревянной пристройки Декабрист Д. И. Завалишин так описывал ее:
«Небольшой мостик соединял равелин с крепостью: со стороны равелина на нем дежурили два инвалида, а со стороны крепости — два гвардейских часовых из сменявшегося ежедневно гвардейского караула. Заключенные в равелине были известны уже не под своим именем, а под номером комнаты, в которой содержались. Когда требовали кого-нибудь в Следственный комитет, то посылался плацадъютант крепости с бумагой о присылке номера такого-то. Посланный останавливался на мостике, передавал бумагу начальнику инвалидной команды, выходившему всегда навстречу. Это бывало всегда поздним вечером или ночью. Арестанту надевали на голову черный мешок и так вели в Следственный комитет».
В 1849 году в Алексеевском равелине сидели 13 петрашевцев; арестованный 7 июля 1862 года Н.Г. Чернышевский пробыл здесь 678 дней. В это время режим содержания заключенных был сравнительно мягким, они могли получать книги, писать и даже печататься. Но «мягкость» эта была относительной двери всех камер выходили во внутренний коридор, а в каждой двери находилось небольшое окошечко, прикрытое со стороны коридора зеленой шерстяной занавеской. По коридору ходили два часовых с обнаженными саблями.
После упразднения Алексеевскою равелина местом заключения политических становится Трубецкой бастион, внутри которого в 1870–1871 годы возвели новое здание тюрьмы. Это была так называемая «секретная тюрьма», в которую через год заточили многих народников.
Следует помнить, что политические узники, месяцы и годы томившиеся в казематах Трубецкого бастиона, не были судимы. Они не принадлежали к приговоренным преступникам, которые несли наказание за свои проступки по закону. Политические на неопределенно долгое время лишались защиты и самозащиты, но подвергались наказанию, будто вина их уже была доказана. Если даже политический преступник и признавался судом виновным и приговаривался к каторге, то его не отсылали в Сибирь, как это делали с уголовниками. Его заключали в непроницаемый каземат, в так называемое «каторжное отделение Петропавловской крепости» или в одну из маленьких клетушек «Центральной тюрьмы», и держали там два-три и даже пять лет.
Сырость в казематах Петропавловской крепости доходила до того, что, как писал народоволец М. Фроленко, «весь пол к утру оказывался покрытым будто каким-то серебряным налетом. За ночь грибки успевали вырастать настолько, что получалась сплошная беловатая корка». К этой ужасающей сырости прибавлялся еще и холод, так как заключенным не давали теплой одежды, а заставляли ходить в особом шутовском костюме. Он состоял из серых штанов с вырезами для продевания кандалов (в эти вырезы всегда проникал холодный воздух) и короткой серой куртки с черными рукавами и тузом на спине.
К XX веку Трубецкой бастион из тюрьмы для отбывания наказания превратился в место предварительного заключения, поэтому длительные сроки заточения в него стали редким исключением. Однако и при сравнительно небольших сроках (не более полугода) заключенные претерпевали много физических и нравственных страданий. Безвестные колодники и родовитые дворяне, ниспровергатели существовавшего строя и их гонители… Кто только не становился за два века узником Петропавловской крепости! Посетивший в XIX веке Петербург французский писатель А. Дюма-отец писал: