Однако первое знакомство с островом произвело на рыцарей и оаннитов самое удручающее впечатление. Остров, почти лишенный растительности, явно проигрывал Родосу, который они называли «островом роз». Поэтому долгое время рыцари смотрели на Мальту как на место своего временного пристанища.
Один из главных эпизодов в бурной истории Мальты — Великая осада, когда рыцари-иоанниты остановили османское вторжение в Средиземноморье. Собственно, после этой осады рыцари и принялись по-настоящему осваивать остров: им предстояло быстро и в соответствии с требованиями военной науки выстроить новую столицу.
Идеальным местом рыцари посчитали пустынный мыс Скиберрас, который, как оплывший дельфин, лежал между двух глубоких естественных гаваней и позволял наблюдать за ними. В 1566 году, уже через полгода после изгнания турок, вновь загремели пушки Ордена и зазвонили колокола, возвещая о закладке первого камня.
Римский папа Пий IV одобрил намерение гасконца Жана Паризо дела Валлетта, Великого Магистра Ордена, и направил на Мальту военного инженера-архитектора Ф.Лапарелли, ученика великого Микеланджело. Итальянский инженер вместе с архитекторами Ордена разработал детальный план фортификационных укреплений будущего города и расчертил его улицы.
Камень в основание будущего города был заложен 28 марта 1566 года. Местная знать, духовенство и состоятельные люди начали наперебой застраивать возводимый город. Все дома, как один, строились из известняка. Этот камень, как только добудут его из каменоломен, бывает сероватого цвета и очень податлив. На солнце же он начинает желтеть, становится цвета топленого молока и твердеет, как гранит. На дверях многих домов в Валлетте до сих пор остались медные ручки в виде дельфинов, очень хитро устроенные: тронет ночью вор такую ручку и угодит в капкан.
До 80 000 сицилийцев и пленных рабов работали на строительстве, престарелый магистр ла Валлетт сам ежедневно бывал на месте возводимой столицы, однако завершенными увидел только небольшую часовню и несколько бастионов.
Пьетро дель Монте, следующий Великий Магистр, с огромной энергией продолжил дело своего предшественника, и за пять лет стены будущей столицы Валлетты и ее укрепления были завершены. 15 марта 1571 года Великий Магистр дель Монте в сопровождении рыцарей-иоаннитов вступил в новый город. Была отслужена торжественная месса, а на следующий день магистр дель Монте выбрал место для собственного дворца. По старинному преданию, этот участок земли был подарен Ордену одной благородной мальтийской семьей в вечное пользование за символическую плату — 5 зерен пшеницы и стакан воды из колодца.
Проект дворца Великих Магистров исполнил архитектор Ордена Джероломо Кассар. Все заседания проходили за столом с орденской символикой — белым мальтийским крестом на красном фоне.
Сейчас во Дворце Великих Магистров работает президент республики, здесь же находится зал заседаний парламента, здесь же разместился и музей, в котором собрана одна из самых богатых и полных коллекций средневекового оружия.
Еще в 1555 году Великий Магистр де ля Сенгл приказал рыцарям хранить оружие в одном месте, чтобы в час опасности его можно было быстро раздать. Со временем скопился целый арсенал, и сегодня в экспозиции Дворца Великих Магистров выставлено 5721 ружейный экспонат. Здесь собраны все виды рыцарского оружия, начиная от осадных пушек и кончая кинжалами всевозможных размеров и форм, а также мечи, шпаги, алебарды самых затейливых конструкций, копья, боевые топоры, аркебузы, щиты, кольчуги.
Вот в центре одного из дворцовых залов замерла рота испанских аркебузиров. Восковые фигуры, выполненные в человеческий рост, представлены в подлинных костюмах XVI века — в вороненых шлемах и с алебардой в восковых руках. Так и представляется, что эти солдаты шагают в пышной свите Великого Магистра дель Монте, вступающего в новую столицу Ордена.
А вот доспехи самого ла Валлетта, в которых он руководил обороной Мальты в 1565 году. К сожалению, меч и кинжал ВеликогоМагистра, которые были подарены ему испанским королем Филиппом II, в Музее можно увидеть только на фотографии. Вместе с другими сокровищами они были вывезены Наполеоном и теперь находятся в Лувре. Одной из лучших в Европе считалась и библиотека Мальтийского ордена, которая насчитывала более 900 000 редких рукописей икниг. Она тоже была вывезена Наполеоном, но погибла вместе с кораблем, на котором находилась.