В глубине первого двора находились вторые ворота, более массивные — Орта капы (Средние), которые еще называют «Воротами приветствия». Над ними возведены две небольшие башни, которые придают всему сооружению вид средневековой европейской постройки. Это были двойные ворота, и запирались они как со стороны первого, так и со стороны второго двора.
В первом большом дворе возвышался печально знаменитый придворными мятежами «платан янычар», вокруг которого собиралась с требованием головы какого-нибудь ненавистного ей паши армия. И янычары не уступали до тех пор, пока не исполнялось их желание и ненавистная им голова не появлялась на острие пики.
Между обоими воротами образовывалось довольно большое пространство, на котором было построено особое помещение для палачей. Сановники, впавшие в немилость, часто здесь же лишались своей головы. И не один паша, визирь или государственный министр почувствовал, как медленно и туго стягивается вокруг его шеи упругая веревка.
Второй двор Топкапы, окруженный низкой галереей с мраморными колоннами, раньше назывался дипломатическим. В этом дворе находился священный камень, у которого раньше все (вплоть до послов и пашей) должны были сходить с коня, чтобы дальнейшийпуть продолжать пешком.
Закрытый со всех сторон квадрат второго двора, кроме колонн, украшали еще и башни. В этом дворе послам иностранных государств приходилось ждать, сидя на долго сохранявшейся и потом деревянной скамье. Это были очень неприятные и тревожные часы ожидания, так как на этой же скамье сидели и предательски захватывались неугодные визири. Не имея возможности избегнуть приготовленной им засады, они тут же попадали в руки поджидавшихих палачей.
В левой стороне второго двора находится здание бывшего «дивана» (Зала заседаний), построенного в византийском стиле, с квадратной башней. Стены зала облицованы расписным фаянсом, а потолок украшен золотыми арабесками. При желании султан мог присутствовать на заседаниях «дивана» невидимо и незаметно для всех.
Только сверкание бриллиантового пера на его чалме могло выдать присутствие невидимого в полутемной отгороженной ложе, но грозного для всех повелителя.
В настоящее время рядом с «диваном» расположилась Оружейная палата, в которой собрана богатейшая коллекция турецкого оружия, начиная с луков и стрел. Здесь, в частности, выставлено и массивное золотое ружье — подарок султану от английской королевы.
Из второго двора ворота Баб Саадет («Ворота Благополучия») вели в третий двор, украшенный цветами и фонтанами. Над этими воротами, которые располагались в конце кипарисовой аллеи, устроена островерхая кровля, покоящаяся на мраморных колоннах. Раньше «Ворота Благополучия» охранялись евнухами или белыми и черными рабами.
На третий двор, вокруг которого шли крытые свинцом галереи, нога иностранца не ступала никогда. Прямо от ворот вход вел в резиденцию султана. Внутренние стены и потолок Тронного зала были расписаны фресками и украшены затейливым орнаментом, а трон султана выполнен в виде дивана с балдахином. Султанский трон возвышался на колонках, которые раньше были осыпаны драгоценными камнями.
Рядом с Тронным залом располагалась библиотека султана, в которой насчитывалось 24 000 книг, манускриптов и редчайших пергаментных свитков. По стенам библиотеки развешаны портреты султанов.
Напротив Тронного зала, через двор, находились султанские покои и сокровищница, а сейчас здесь расположилось хранилище бывших ценностей султана. В нескольких залах собраны и выставлены неисчислимые сокровища, и среди них трон иранского шаха Исмаила, захваченный в 1541 году султаном Селимом I во время его похода в Иран. Трон этот, сделанный из кованого золота, выложен рубинами, изумрудами и жемчугом, которые создают своим сиянием причудливый мозаичный узор.
В сокровищнице султанов хранится и трон Селима III, изготовленный из эбенового и сандалового дерева и инкрустированный золотом, серебром и перламутром. Над троном массивная золотая цепь поддерживает укрепленный в золотую оправу неправильной формы изумруд длиной 10 и шириной 4 сантиметра. Здесь же выставлены украшенный бриллиантами меч и кольчуга, принадлежавшие Мураду IV, а также расшитая настоящим жемчугом (величиной с горошину) конская попона.
В отдельном зале экспонируется коллекция парадной одежды султанов из тонко расшитой парчи, тюрбаны с султанами из драгоценных камней, а также представляющая большой интерес коллекция орденов и медалей почти всех стран мира, которыми награждались турецкие монархи. Напротив разместились реликвии Оттоманской империи: черный камлотовый плащ, знамя, жезл и лук Пророка Мухаммеда, мечи халифов и тысячи других бесценных предметов, среди которых можно отметить серебряный ковчежец с мощами святых.