Все свои основные сооружения архитектор возвел в Риме, именно римский период в жизни Д. Браманте создал ему славу величайшего архитектора своего времени. К 1503 году, когда на папский престол взошел Юлий II, Д. Браманте был уже самым крупным и авторитетным архитектором в Риме. Естественно, что его пригласили к работам по расширению Ватикана, и ватиканские сооружения стали высшим достижением творчества этого зодчего.
На Донато Браманте папе Юлию II указал великий Рафаэль, и архитектору поручили составить проект реконструкции Ватикана, который до того времени представлял собой ряд разрозненных сооружений, не скрепленных общим замыслом и единством архитектурного стиля. Дж. Вазари в своих «Жизнеописаниях» сообщает, что папа Юлий II задумал благоустроить участок между Бельведером и дворцом так, «чтобы он принял форму прямоугольного театра… между старым папским дворцом и каменным зданием, которое воздвиг для проживания пап Иннокентий VIII. Предполагалось также, чтобы по двум коридорам с лоджиями, которые окаймляли бы лощину, можно было пройти из Бельведера во дворец и из дворца в Бельведер и чтобы из лощины по разнообразно расположенным лестницам можно было бы подняться на площадку Бельведера».
По существу архитектору предстояло создать совершенно новое, колоссальных размеров сооружение, умело введя в него уже существующие здания. Донато Браманте предложил папе проект целостного ансамбля, задуманный очень широко, так как он хотел виллу Бельведер соединить не только с папским дворцом, но и с базиликой Святого Петра. Кроме того, архитектор намеревался разбить сад и создать двор для развлечений и празднеств.
Увлекшись грандиозностью поставленной задачи, архитектор еще больше расширяет ее рамки и создает необычайный архитектурный ансамбль. По замыслу Д. Браманте, огромный и сильно вытянутый с севера на юг двор должен был располагаться на террасах в трех разных уровнях. Коридоры по обеим сторонам двора должны были связывать Бельведер и папский дворец, а лестницы, соединявшие террасы двора, превращали Бельведер и папский дворец в единую композицию, замкнутую с севера поперечной стеной.
По словам современников, полет фантазии Д. Браманте «не имел пределов», его замыслы были признаны столь прекрасными, что казалось, Рим с древнейших времен не видывал ничего лучшего. Для их практического осуществления даже потребовалось срыть несколько кварталов, за что многочисленные враги зодчего называли его разрушителем.
Но задача осложнялась еще и тем, что рельеф местности от виллы Бельведер к папскому дворцу сильно «падал». Кроме того, архитектура подлежащих объединению зданий была очень различна. Большинство сооружений, с которыми должен был считаться Д. Браманте, относились ко второй половине XV века. Именно тогда были построены «апартаменты Борджиа», а при папе Сиксте IV архитектор Дж. де Дольчи возвел Сикстинскую капеллу.
Нельзя было забывать и о защищенности Ватикана с востока, так как существовавшие с этой стороны укрепления по проекту Д. Браманте должны были быть снесены для возведения нового двора. Помимо всего этого, при вилле Бельведер зодчий должен возвести и двор для размещения античных статуй.
«Сначала, — как пишет Дж. Вазари, — Браманте спланировал в самом низу прекрасную двухъярусную лоджию и целиком выложил ее из травертина; над ней вторую — состоявшую из встроенного ионического ордера с колоннами, так что комнаты второго этажа папского дворца и Бельведера оказались на одном уровне».
В Бельведере Д. Браманте построил много лестничных спусков высоких и низких в зависимости от своего местоположения. Выстроил он и винтовую лестницу, по которой можно было подняться даже сидя верхом на лошади.
Предполагалось, что нижняя, самая большая терраса Бельведера (75-140 метров) будет служить театральной сценой. Ее можно обозревать и из окон папских апартаментов, и с балконов, тянувшихся по фасаду дворца. А также и со зрительских мест, которые амфитеатром поднимались перед дворцом, и по откосу средней террасы двора — справа и слева от центральной лестницы.
Все ватиканские сооружения архитектора были исполнены с величайшим изяществом. Открытые пространства, наполненные солнцем и воздухом, величественные арки, монументальные здания все подчеркивало славу и могущество римского папы.
Например, фриз наружного фасада в Бельведере Д. Брамантезадумал украсить письменами вроде древних иероглифов, чтобы поместить в них два имени — папы Юлия II и свое. Начал он так: Julio II Pont. Maximo, изобразив в профиль голову Юлия Цезаря и двухарочный мост, что и обозначалось как Julio II Pont.