На этот раз Алкивиад бежал к персам. С их помощью он намеревался вернуться в Афины победителем. Он уговаривает Тиссаферна, которому стал близким другом, прекратить помощь Спарте в борьбе с Афинами. Располагая персидскими деньгами, Алкивиад устанавливает связь с афинской аристократией и помогает ей свергнуть демократическую партию. Но аристократы не спешили призвать Алкивиада обратно в Афины. Тогда он вступает в переговоры с руководителями афинского флота, стоящего у острова Самос. Он обещает флоту свою поддержку в борьбе с флотом Спарты при условии, что флот поддержит его при возвращении в Афины. Он хорошо рассчитал ситуацию, сложившуюся в то время в Афинах. Побежденные демократы пригласили его встать во главе флота. В октябре 411 года до н э. произошло сражение при Абидосе между афинским флотом и пелопоннесской эскадрой под командованием Миндара, которая значительно превосходила афинян по количеству кораблей. Когда же военная удача покинула афинян, с юга появился Алкивиад с восемнадцатью кораблями. Его появление и решило исход сражения в пользу Афин.
За эти три года Алкивиад участвовал в десятке битв, потопил или захватил 200 кораблей и огромную добычу и теперь мог вернуться в Афины победителем. Город встречал его как героя. Конфискованное по суду имущество Алкивиада было возвращено ему за счет казны, а жрецам было приказано снять с него проклятие. Но Алкивиад не доверял пылкой любви сограждан, понимая, что весь его авторитет держится только на военной славе, и достаточно малейшей неудачи, чтобы от него отвернулись.
Осенью 408 года до н э. он снаряжает новый поход – 100 триер, 1, 5 тысячи гоплитов и 150 всадников. Высадившись на острове Андросе, он наносит поражение отряду андросцев и их союзникам спартанцам. Но положение дел к тому времени изменилось не в пользу афинян. Противники еще копили силы и избегали решительных действий. Алкивиад также не стремился к решающему сражению и ограничивался небольшими стычками. Он держался очень осторожно, что вызывало недовольство в афинском обществе, ждущем от него громких побед. Ему часто приходилось покидать флот, чтобы добыть необходимые средства на его содержание. Во время одной из таких поездок, вопреки строжайшему запрету Алкивиада не вступать в боевые действия против Лисандра, афинский военачальник Антиох все-таки вступил в бой со спартанским флотом. Это произошло при Нотии, и Антиох попал в ловушку, расставленную Лисандром, и потерпел поражение, потеряв 15 кораблей. Узнав об этом, Алкивиад сразу же вернулся на Самос и пытался вызвать Лисандра на продолжение битвы, но спартанец от боя уклонился. Хотя поражение при Нотии никак не повлияло на ход военной кампании, оно дало повод противникам Алкивиада обвинить его в измене, настроив против него народное собрание.
Алкивиаду пришлось удалиться в добровольное изгнание во Фракию, где у него были построены три небольшие крепости. Однажды, когда афинский флот оказался в этих краях, Алкивиад, видя, как беспечно ведут себя на кораблях афиняне – отлучаются подолгу на берег, рассредоточивают корабли и так далее, – он решил предупредить их о последствиях такой беспечности, зная, что спартанский флот находится где-то рядом. Выслушав его, стратег Тидей велел ему убираться, сказав, что теперь он здесь не начальник. Но, к несчастью, произошло то, что предсказывал Алкивиад. Лисандр воспользовался беспечностью афинян и захватил афинский флот, а затем и Афины.
Алкивиаду снова пришлось покинуть свое убежище. Он направился к своему бывшему противнику, персидскому сатрапу Фарнабазу, «услуживая ему и вместе с тем пользуясь его уважением». Затем он решил ехать дальше, к персидскому царю Артаксерксу II, и предупредить его о заговоре, который готовили против него спартанцы и брат царя Кир. Он рассчитывал привлечь персидского царя на сторону Афин и с его помощью разгромить спартанцев и освободить город, где Лисандр установил власть «Тридцати тиранов».
Одним из этих «Тридцати» был афинский тиран Критий, который убедил Лисандра, что если Алкивиад останется в живых, то власть в Афинах спартанцы могут быстро потерять. К Фарнабазу был послан гонец, с требованием выдать Алкивиада живым или мертвым. Но и самому Фарнабазу Алкивиад был опасен, так как Фарнабаз был участником заговора Кира против царя персов. Он послал своего брата и дядю с приказанием захватить или убить Алкивиада. Ночью отряд персов окружил дом, где жил Алкивиад, и, боясь ворваться в него, персы обложили его хворостом и подожгли. Алкивиаду удалось вырваться из горящего дома с мечом в руке. Персы испугались вступить с ним в бой и забросали его копьями и стрелами. Тело Алкивиада забрала гетера Тимандра и похоронила его.