По возвращении Черчиллю было поручено усмирение восстания герцога Монмауса. Это поручение было исполнено с блестящим успехом и увенчано разгромом мятежников при Седисмуре. Сам Джон Черчилль был произведен в генерал-майоры.
Вскоре карьера Джона Черчилля резко оборвалась. Причиной этого стала его привязанность к протестантству, что навлекло на него немилость короля, покровительствовавшего католикам. Вскоре Черчилль перешел на сторону принца Вильгельма Оранского, занявшего британский престол под именем Вильгельма III. Новый король сделал Джона Черчилля графом Мальборо и произвел в генерал-лейтенанты, назначив командиром войска во Фландрии.
Выиграв главное сражение кампании при Волькуре, Мальборо приобрел европейскую известность.
Следующим назначением Мальборо стала Ирландия, где королевские войска сражались с якобитами. Здесь Мальборо принудил к сдаче гарнизон Корка и Кинселя и оттеснил якобитов в провинцию Ольстер. После своего возвращения в Лондон Мальборо вместе с лордом Годольфином вошел в сношения с Яковом II с целью его возвращения на престол. Это стало известно Вильгельму III, и 5 мая 1692 года по обвинению в государственной измене Мальборо был арестован и заточен в Тауэр. Но суд, составленный из членов палаты лордов, не нашел достаточных оснований для обвинения в государственной измене, и Мальборо был освобожден, а два года спустя произведен в полные генералы.
Незадолго до начала войны за испанское наследство Мальборо был назначен главнокомандующим английскими войсками в Голландии. Одновременно на него было возложено ведение переговоров по созданию коалиции против Людовика XIV, самостоятельно распорядившегося вакантным троном Испании. Это поручение Мальборо выполнил с необычайным дипломатическим искусством. Вильгельм III, окончательно примирившийся с Мальборо, завещал своей наследнице принцессе Анне во всем следовать советам графа Мальборо.
При своем вступлении на престол королева Анна произвела Мальборо в генерал-фельдцейхмейстеры и пожаловала кавалером ордена Подвязки и в будущем всегда оказывала ему свое покровительство.
Война за испанское наследство представляла обширное поле для деятельности Мальборо, однако его первые кампании 1702—1703 годов в Нидерландах были достаточно бесцветны. Стремление Мальборо к нанесению противнику поражения в открытом поле встречало сопротивление со стороны голландского правительства, довольствовавшегося успехами в крепостной войне.
В 1702 году начались решающие сражения во Фландрии, где была сосредоточена крупнейшая французская армия, построившая укрепленную линию Брабант, простиравшуюся почти на 100 километров от Антверпена до крепости Юн на реке Маас для обеспечения своего тыла при переходе в готовившееся наступление.
Опасаясь угрозы вторжения в свою страну, голландцы решили ограничиться обороной, укрывшись в крепостях, но Мальборо мыслил вести войну совершенно иначе. Когда французская армия под командованием Буффлера начала наступление к Рейну, Мальборо, оставив голландские крепости, быстро двинулся к линии Брабант на пути отхода войск Буффлера. Опасаясь окружения, французский главнокомандующий немедленно повернул назад. Мальборо был готов продолжить операцию по окружению противника, однако голландский парламент, удовлетворенный изгнанием из страны противника, выступил против уничтожения французской армии.
В кампании 1703 года Мальборо разработал план захвата Антверпена и дальнейшего прорыва к укрепленному молу. Броском от Маастрихта на запад он надеялся сковать главные силы французской армии под командованием Виллеруа на южном фланге линии Брабант. В это же время голландские войска под командованием Кохорна должны были наступать при поддержке флота на Остенде, в то время как другая голландская группировка под командованием Спаара имела задачей подойти к Антверпену с северо-запада. Все это должно было заставить французского командующего в Антверпене оттянуть часть сил с северного фланга линии Брабант. На втором этапе операции группа Олдама наносила удар по французским войскам с северо-востока. В это же время Мальборо незаметно отрывался от Виллеруа и, совершив форсированный марш на север, соединялся с другими войсками, наступающими на Антверпен по сходящимся направлениям.
Вначале операция развивалась удачно. Мальборо сумел отвлечь армию Виллеруа на юг к реке Маас. Но Кохорн отказался от глубокого обходного наступления на Остенде и во взаимодействии со Спааром совершил менее глубокий маневр вблизи Антверпена. Однако ему не только удалось отвлечь внимание французов, но и достичь взаимодействия с преждевременно выступившим Олдамом.