В 1705 году Евгений Савойский был послан в Испанию, где воспрепятствовал успехам Вандома. Однако вершиной его военного искусства в войне за испанское наследство по праву считается кампания 1706 года. В этой кампании Евгений Савойский поставил своей целью завоевание всей Италии.
Первоначально Евгений Савойский был вынужден отступить на восток до озера Гарда и далее в горы, в то время как его союзник герцог Савойский был осажден в Турине. Но вместо того чтобы попытаться с боем прорваться вперед, Евгений Савойский обманул противника хитрым маневром. Вместе со своей 24-тысячной армией он совершил трудный и смелый переход через горы по правому берегу реки По, завершив его разгромом под Турином 80-тысячной армии французов. Евгений Савойский не задумываясь пожертвовал своей базой, однако выиграл сражение за всю Италию, которую не спасли и 33 крепости, занятые французскими гарнизонами.
В 1707 году войска Евгения Савойского вторглись в Прованс, где принц попытался овладеть Тулоном, однако эта попытка не увенчалась успехом. В том же году Евгений Савойский действовал менее энергично, чем в предыдущих кампаниях. Так, он отверг план герцога Мальборо непосредственно прорваться к Парижу путем обхода крепостей, не ввязываясь в затяжные бои с французскими войсками.
С 1708 года Евгений Савойский действовал в Нидерландах, командуя объединенными силами союзников. Здесь он снова действовал с герцогом Мальборо, и опять их совместные усилия привели войска к победе. Союзные войска сумели овладеть Лиллем – крепостью, построенной французским инженером Вобаном и считавшейся неприступной. В 1709 году ими была одержана победа при Мальплаке, которая досталась союзникам слишком дорогой ценой и не принесла ощутимых результатов. Потери войск союзников вдвое превышали потери французов. Эта битва стала последним сражением, которое суждено было вместе провести Евгению и Мальборо.
В 1711 году армия Евгения Савойского по политическим соображениям была отозвана с театра военных действий. В следующую кампанию 1712 года он командовал австрийскими и голландскими войсками и теперь решился предпринять вторжение во Францию. Однако в результате сложного маневра, предпринятого маршалом Вилларом под Дененом, Евгений Савойский потерпел поражение и отступил. Это поражение завершило распад антифранцузской коалиции.
В 1714 году принц Евгений Савойский исполнял обязанности императорского уполномоченного при заключении Раштадтского мира. Император Карл VI вынужден был признать за королем Филиппом V Бурбоном право на испанскую корону, однако смог удержать за собой значительную часть «испанского наследства» – Испанские Нидерланды, Северную Италию с Миланом, Неаполитанское королевство, часть Тосканы и Сардинию.
Первые военные неудачи не сломили Евгения Савойского. Его воинский талант не был растрачен, что вскоре он сумел подтвердить.
Во время новой австро-турецкой войны (1716—1718) армия под командованием Евгения Савойского, разгромив турецкие войска в решающем сражении при Петервардейне, двинулись на Белград. Под Белградом его армия в 50-тысяч человек оказалась зажатой между армией великого визиря (200 тысяч) и сильным белградским гарнизоном (30 тысяч), состоящим из элитных войск – янычар. В ночь на 16 августа под покровом тумана войска Евгения Савойского, выйдя из траншей, атаковали турок и обратили их в бегство. Победа австрийских войск под Белградом привела к подписанию мирного договора, по которому к Австрийской империи отошли значительные территории и австрийским подданным предоставлялось после уплаты крайне низкой пошлины (3%) право свободной торговли по всей территории Османской империи.
Оставшуюся часть жизни Евгений Савойский был доверенным военным советником австрийского императора. До 1724 года он был штатгальтером в Австрийских Нидерландах, одновременно исполняя обязанности председателя Тайного совета при императоре. Несмотря на то что Карл VI относился к принцу не с таким доверием, с каким к нему относились прежние австрийские государи, его влияние сохранялось при решении всех важных государственных вопросов.
Сам принц не стал обычным придворным генералом и интересовался не только военными делами. Несмотря на постоянное участие в войнах, он умел ценить искусство, построив в Вене роскошные дворцы, прежде всего – Бельведер, где были собраны уникальная библиотека и коллекции памятников мирового искусства.