Боливар был назначен полковником и губернатором в Пуэрто-Кабельо. Революция продолжала все более распространяться, как вдруг 26 марта 1812 года произошло сильное землетрясение, которое католическое духовенство, преданное метрополии, постаралось истолковать обезумевшему народу как небесную кару, за которой должны будут последовать новые бедствия. Несмотря на все старания Боливара разубедить народ, огромные его массы вновь признали над собой власть Испании.
Боливар удалился на остров Кюрасао, откуда под влиянием страшных репрессий, предпринятых Монтеверде, отправился в Картахену, где находилось много венесуэльских патриотов. Здесь им был обнародован новый призыв к революции.
За короткий срок Боливар при содействии президента Новой Гранады сформировал новую армию, и 25 мая 1813 года Монтеверде был разбит у Матюрина. Боливар вытеснил испанские войска из долины Кукутты, поднял восстание в Мериде, захватил Трухильо, в июне того же года овладел всей провинцией Бариньес и, преследуя по пятам Монтеверде, разбил его войска при Тиналетто.
Эти блестящие победы устрашили сторонников Испании и заставили Каракас 4 августа 1813 года открыть ворота повстанцам. Войдя с триумфом в столицу, Боливар получил почетное прозвище Освободитель, был избран диктатором и утвержден в этом звании конгрессом союзных провинций.
Испанцы обратились за содействием к полудиким обитателям венесуэльских степей (льянерос). Война приняла самый жестокий характер. Льянерос истребляли патриотов, не щадя ни женщин, ни детей, и Боливар решил ответить тем же, приказав истребить всех пленников.
15 июня 1814 года Боливар был разбит при Ла-Пуэрте и, едва спасшись от плена, бежал в Картахену.
Конгресс Новой Гранады предоставил в его распоряжение небольшое войско, с помощью которого он атаковал Санта-Марту, но был разбит в марте 1815 года подоспевшими войсками генерала Моррильо и должен был бежать вначале на Ямайку, а затем на Гаити.
Со свойственным ему умением находить средства в самые критические минуты и благодаря своему организаторскому таланту Боливар быстро составил новую армию и даже собрал флот под командованием богатого голландского негоцианта Бриона, снабдившего его деньгами и своими кораблями.
2 марта 1816 года Брион разбил испанский флот, а на следующий день Боливар высадился на остров Маргариту.
Национальное собрание провозгласило Венесуэлу республикой «единой и нераздельной» и 7 марта 1816 года избрало Боливара ее президентом. После этого он должен был отправиться на Гаити за новой поддержкой и к концу года добрался до провинции Барселоны.
После неудачной попытки собрать вокруг себя всех предводителей революции, чтобы действовать по общему плану, Боливар при помощи Бриона в мае 1817 года овладел Ангостурой и поднял против Испании всю Гвиану. Затем Боливар приказал арестовать своих бывших сподвижников Пиара и Марино (первый был казнен 16 октября 1817 года).
Такими энергичными действиями Боливару удалось предотвратить дальнейшее распространение анархии. В феврале 1818 году благодаря присылке из Лондона солдат ему удалось сформировать новую армию, которая, однако, вскоре была несколько раз разбита армией Моррильо. Тогда Боливар решил атаковать испанцев на территории Новой Южной Гранады, где у них имелись сильные укрепления. Прежде чем предпринять этот поход, Боливар созвал новый конгресс в Ангостуре, на котором 15 февраля 1819 года он был утвержден президентом республики.
После долгого и изнурительного перехода через Кордильеры 10 июля 1819 года Боливар вошел в Санта-Фе и провозгласил объединение Новой Гранады и Венесуэлы в единое государство под наименованием «Республика единой и нераздельной Колумбии». После этого он возвратился в Ангостуру, где 17 декабря 1819 года добился от конгресса признания союза обоих государств.
Благодаря вспыхнувшей в 1820 году революции в Испании дело освобождения испанских колоний пошло гораздо быстрее. Испанские войска терпели одно поражение за другим. Боливар постепенно овладел Меридой, Трухильо, Санта-Мартой и 24 августа 1821 года нанес решительное поражение испанцам при Карабобо. 22 мая 1822 года Кито вошел в республиканский союз колумбийских провинций, а в ноябре 1823 года испанцы были изгнаны с территории Колумбии.
В то же время Боливар, уполномоченный национальным конгрессом, вступил в Перу и 1 сентября 1823 года овладел Лимой, где был избран диктатором. В 1824 году Боливар разбил испанцев, успевших захватить Лиму, и заставил их капитулировать. Вся страна была объявлена независимой и получила название Боливии в честь своего освободителя. Капитуляция 11 августа 1826 года отняла у испанцев их последнее владение – Кальяо.