Битва при Фарсале началась раньше времени для Цезаря, силы которого были и так невелики (27 тысяч, из них 2 тысячи всадников против 6 тысяч всадников Помпея). Несмотря на численное превосходство противника, Цезарю удалось одержать победу, выйдя во фланг и тыл главных сил Помпея.
Помпей бежал, бросив свои войска. Цезарь преследовал его, пройдя через Дарданеллы, Малую Азию и Средиземное море до Александрии, где по приказу царя Птолемея XIII Помпей был убит. Цезарь был избавлен от значительных затруднений, однако он вскоре лишился достигнутого преимущества, вмешавшись в борьбу за египетский престол между Птолемеем и его сестрой Клеопатрой и потеряв на это восемь месяцев.
Сторонники Птолемея добились, чтобы население Александрии восстало против римлян. Небольшое войско Цезаря вместе со сторонниками Клеопатры было окружено в приморском дворце египетских царей. Всю зиму 48/47 годов до н э. армия Цезаря выдерживала осаду и только весной следующего года после получения подкреплений Цезарю удалось нанести поражение армии египетского царя на берегах Нила.
Как только Цезарь выиграл битву на Ниле, он узнал, что сын покойного царя Понта Митридата VI Евпатора Фарнак переправился через Понт Эвксинский и, разбив небольшие римские отряды, овладел не только территорией бывшего Понтийского царства, но и Вифинией, создав при этом угрозу для римской провинции Азия. Совершив поход в северную часть Малой Азии, Цезарь близ города Залы наголову разгромил войска Фарнака, который погиб во время бегства. Сообщая об этой победе, Цезарь писал, что он «пришел, увидел, победил» (veni, vidi, vici).
Цезарь вернулся в Рим и успокоил волнение среди легионеров, выплатив им задержанное жалованье. Чтобы собрать необходимые средства, он конфисковал, частично продал и частично раздал ветеранам земельные владения своих бывших противников. Теперь он, наконец, решил покончить с остатками войск своих противников, которые оставались в Северной Африке и Испании.
Цезарь начал свою Африканскую кампанию 46 года до н э. с недоукомплектованным войском. Его противник обладал численным превосходством и едва не заманил войска Цезаря в ловушку. Однако Цезарю удалось выйти из нее и укрепиться в лагере близ Руспена в ожидании остальных легионов. В течение нескольких месяцев он просидел в лагере даже после прибытия подкреплений. Непрестанно маневрируя, Цезарь наносил небольшие, но молниеносные удары, которые сказывались прежде всего на моральном состоянии противника, из армии которого все более увеличивался поток дезертиров.
Наконец после выхода к базе противника у городка Тапса Цезарь создал благоприятную обстановку для победы над противником. Его войско стремительно бросилось в атаку и выиграло сражение. После взятия главной базы большинство городов капитулировало.
После окончания войны в Африке Цезарь отпраздновал в Риме четыре роскошных триумфа (галльский, египетский, азиатский, африканский).
Однако оставалась еще Испания, в которой сыновья Помпея собрали большую армию. В кампании 45 года до н э. Цезарь, стремясь избежать больших потерь, беспрестанно маневрировал, вынуждая противников занять невыгодную позицию. Благодаря этой тактике Цезарю удалось добиться победы на юге Испании у местечка Мунд. Победа обошлась Цезарю дорогой ценой; сообщая о ней сенату, Цезарь писал, что если в других боях он сражался за победу, то в битве при Мунде он сражался за жизнь.
Если подвести итоги военным кампаниям Цезаря, то следует признать, что многим его действиям не хватало размаха и внезапности. В каждой из своих кампаний он ослаблял моральный дух противника, но не подрывал его окончательно. И все же в результате напряженной политической борьбы и гражданской войны (46–45 годы до н э.) были уничтожены вооруженные силы противников. Цезарю удалось захватить верховную власть и сделаться полновластным правителем всей Римской державы.
Одержав победу над своими противниками из римского нобилитета, Цезарь отказался от демагогической политики и пошел на некоторые шаги, отвечающие политическим воззрениям оптиматов, и даже стал выдвигать их на государственные должности. Однако среди нобилитета продолжали преобладать настроения, враждебные политике Цезаря. Чтобы стабилизировать внутреннее положение, Цезарь стал готовиться к походу на Восток против Парфянского царства.
В Риме на три года вперед были назначены магистраты и стала комплектоваться большая армия. В публичных местах Цезарь стал появляться в пурпурной тоге триумфатора, сидя на золотом кресле. Один из наиболее активных сторонников Цезаря Марк Антоний попытался возложить на него царскую диадему. Это вызвало возмущение нобилитета, прежде всего сенатского, а затем привело к организации заговора, направленного против Цезаря. Заговорщики планировали после убийства Цезаря восстановить прежний республиканский строй.