Первым из церковных дел патриарха стало, разбирательство об исправлении церковных книг, которое начали книжники Троице-Сергиевой лавры под руководством архимандрита Дионисия. Они сочли, что за годы Смуты многие служебные книги стали непригодными, так как в них появились ошибки. Инициатива троицких книжников не понравилась другим представителям духовенства, которое подвергло Дионисия и его сторонников опале, сочтя эти правки еретическими. Для разбирательства Филарет привлек Иерусалимского патриарха Феофана, который решил вопрос в пользу Дионисия и его помощников. Они были оправданы и возвращены на прежние должности, а их противникам пришлось смириться, а некоторые из них были вынуждены отправиться в ссылку.
Патриарх строго следил и за порядком при царском дворе. Молодого царя окружало слишком много родственников, занимающих важные государственные посты и часто злоупотребляющие своей властью. По праву старшего представителя рода Филарет наказывал (вплоть до ссылки) тех, кто допускал серьезные нарушения или неблаговидные деяния, и никакие родственные узы не мешали ему карать провинившихся. При его соправлении в ссылку были отправлены братья Салтыковы, подверглись опале И.В. Голицын и Д.Т. Трубецкой, многие другие были отстранены от высоких должностей. Кстати сказать, после смерти Филарета все опальные и ссыльные были возвращены в Москву.
Принимая участие в решение всех государственных вопросов, главными для себя Филарет считал женитьбу сына и отмщение польскому королю Сигизмунду за причиненные обиды. Первая кандидатура на роль невесты Михаила – Мария Хлопова – получила активные возражения со стороны матери царя инокини Марфы. Тогда Филарет решил поискать жену для сына за пределами России. Но все попытки были неудачными – либо послы были не приняты (правда, по уважительным причинам), либо невеста не желала переходить в православную веру. Супругой царя Михаила, после долгих поисков, стала Евдокия Лукьяновна Стрешнева.
Первая задача была решена, и на очереди стояла подготовка новой русско-польской войны, основной целью которой было возвращения исконно русских земель. Филарет торопил события. Понимая, что Россия не может самостоятельно одолеть такого сильного противника, как Польша, он начинает искать союзников. Основную ставку он делает на Швецию, чьи послы посещают Россию в 1626-м, 1629-м и 1630 годах. Кроме Швеции Филарет пытается втянуть в антипольскую коалицию Данию, Англию и Голландию. Но Дания имеет дружеские контакты с Австрией, которая являлась союзницей Польши. Остальные страны согласны были оказать России только материальную поддержку.
Большая работа проводилась и в самой России – русскому обществу постоянно напоминалось о том, что поляки были главными виновниками Смуты. К этому времени появились сразу несколько сочинений, посвященных Смутному времени, в которых Сигизмунд III обвинялся в приходе самозванца Лжедмитрия, оказывая ему огромную поддержку, в свержении Василия Шуйского, в захвате территорий, считавшихся исконными русскими землями. Для усиления русской армии, еще слабой и хуже организованной, чем армия Польши, созданная по европейскому образцу, в Россию были приглашены зарубежные военные специалисты. В их задачу входил наем солдат в Швеции, Англии, Голландии и Дании, закупка оружия и провианта. Вскоре в русской армии появились иноземные полки, сформированные из наемников, а к началу русско-польской войны за границей было закуплено более тысячи мушкетов, 3 тысячи сабель, 15 тысяч пудов ядер и около 20 тысяч пудов пороха.
С 1622 года все дипломатические контакты с Речью Посполитой были прерваны, а Филарет особое внимание стал уделять приемам иноземных послов. Так к началу 30-х годов XVII века сложилась антипольская коалиция, куда вошли кроме России Швеция, Трансильвания и Турция.
Момент для начала военных действий был удачным: Польша находилась в стадии «безкоролевья» и внутри страны шла борьба за власть. Самым трудным для патриарха был вопрос о выборе главнокомандующего. Выбор пал на М.Б. Шеина. Филарет не сомневался в его преданности и опытности – Шеин в недалеком прошлом мужественно оборонял Смоленск, а затем сам находился в польском плену. Но он был сварлив и неуживчив, не признавал авторитетов и чужого мнения. А это не позволило ему найти контакта с иностранными офицерами, что в дальнейшем плохо сказалось на ходе войны.
В конце лета 1632 года русская армия выступила в поход. Путь лежал на Смоленск. Для русского войска начало войны было успешным – удалось вернуть ряд городов – Дорогобуж, Стародуб, Новгород-Северский и другие. К осени русские полки стояли уже под Смоленском.