Всё это с наибольшей очевидностью выступает в обширной серии гипсовых рельефов Прокофьева, украшающих парадную лестницу Академии художеств (1785–1786), дворец Строгановых, Павловский дворец, а также чугунную лестницу Академии художеств (1819–1820).
В барельефах Академии художеств его композиционный талант проявился в полном блеске, несмотря на всю условность и отвлечённость таких сюжетов, как «Гений и художества», «Муза и гений искусства», «Живопись и скульптура» и пр. Эти барельефы — один из самых интересных декоративных ансамблей раннего русского классицизма.
Замечательны барельефы Прокофьева во дворце графа А. С. Строганова и в Павловском дворце. Здесь фигуры весёлых детей и задумчивых богинь гармонично заполняют полукруглые плоскости наддверий и люнетов. Мастер тонко чувствовал архитектуру своего времени, поэтому силуэты тонко промоделированных фигур дополняют её простые и изящные членения. Барельефы к тому же отличаются игривой радостью жизни и непринуждённой грацией.
Они представляют довольно сложные аллегории, посвящённые в основном изображению различных видов художественного творчества. Тут «Кифаред и три знаменитейших художества», аллегории, посвящённые скульптуре и живописи, и др. Прокофьеву удавались изображения детских фигурок. Порой эти фигурки олицетворяют такие трудные для пластического претворения понятия, как «Математика» или «Физика».
Прокофьев был одним из авторов пластического комплекса петергофских фонтанов. В частности, он в начале XIX века исполнил для Петергофа статую «Алкид», аллегорическую фигуру «Волхов», парную к щедринской «Неве», а также полную движения группу «Тритоны».
Среди замыслов Прокофьева видное место занимал проект петергофских фонтанов, названный «Триумф Нептуна». Он остался в стадии вполне разработанной модели.
«Эта вещь сходна по сюжету с его же „Тритонами“, украшавшими большой каскад, — пишет А. Г. Ромм, — но сюжет претворён в каждом из этих произведений по-разному. Тритоны оживлены резвым движением, группа образует прихотливо изогнутую арабеску. Сросшиеся у основания морские божества изгибаются затем в разные стороны: силуэт группы, подобный вееру, как бы повторяет параболический взлёт водяных струй, а сотни отблесков порывисто и неровно моделированной бронзы — игру солнечных лучей, отражённых в брызгах фонтана. Эта ажурная, живописно трактованная группа как бы растекается в пространстве, растворяется в свете. Движение в группе „Триумф Нептуна“ ещё неудержимее и разнообразнее. Резвость и лёгкая ажурность „Тритонов“ переходят здесь в мощность и массивность.
Прокофьеву удалось в „Триумфе Нептуна“ олицетворить без надуманного аллегоризма грозную силу бурной стихии. Морской ветер мы узнаём в развевающемся плаще Нептуна, движение волн — в резких движениях вздыбленных коней и фантастических водителей. Группа напоена стихийной жизнью, богата контрастами глубоких тёмных углублений и выдвинутых вперёд освещённых частей. В ней несколько противоборствующих сил, так как движения направлены по различным осям. Однако всё это замкнуто в крепкую нерушимую оболочку, сведено к пластическому единству. „Триумф Нептуна“ — наглядная иллюстрация к тому положению, что скульптурная группа не составляется из отдельных кусков, но должна быть заранее задумана как нечто цельное и неделимое».
Для Казанского собора Прокофьев создал в 1806–1807 годах колоссальный рельефный фриз на тему «Медный змий». Этот фриз завершил западный портик собора, в то время как восточный был увенчан барельефом Мартоса на тему «Истечение Моисеем воды в пустыне». «Медный змий» с его мятущимися фигурами, данными в сильном движении, — наиболее драматическое произведение Прокофьева.
А. Г. Ромм отмечает: «Необходимо всё же оценить по достоинству выдающееся мастерство, с каким сгруппированы многочисленные фигуры „Медного змия“, а главное, плодотворную основную идею, на которой зиждятся трактовка сюжета, развитие движений и выбор мотивов. Красной нитью проходят через фриз две психологические темы, два душевных состояния: слабость, изнеможение, отчаяние, близость к смерти, а с другой стороны — надежда на исцеление, напряжённые усилия спастись от близкой гибели или спасти других. Какое разнообразие чувств запечатлено художником в этой толпе, потрясаемой страхом, жгучей болью, состраданием, внезапно вспыхнувшими чаяниями, страстной борьбой за жизнь! Одни лежат в изнеможении, другие простирают руки с мольбой, третьи стараются поднять лежащих, поддерживают или несут ослабевших, чтобы подвести их поближе к источнику исцеления или хотя бы заставить их взглянуть на спасительное изваяние. В борьбе с силами зла, где ярко проявляются благородные помыслы человека, отражены его заботы о немощных и страдающих, человеческая солидарность, любовь и милосердие».