В 1425 году Якопо начинает работы над порталом церкви Сан-Петронио в Болонье. Первые годы прошли в поисках подходящего материала — истрийского камня и красного мрамора, а затем с 1428 по 1430 год Якопо, как уже писалось, в основном трудился в Сиене. Лишь наездами он бывал в Болонье. С 1433 года у мастера появились новые заказы, и опять сооружение портала почти застопорилось. Так и получилось, что к моменту смерти скульптора были закончены статуи св. Петрония и Мадонны для люнеты, пятнадцать рельефов с библейскими и евангельскими сюжетами и восемнадцать маленьких рельефов с полуфигурами пророков. Десять вертикальных рельефов изображают библейскую легенду от «Создания человека» и до «Жертвоприношения Исаака». Пять горизонтальных рельефов рассказывают историю Христа от «Рождества» до «Бегства в Египет».
В рельефах Сан-Петронио Якопо пришёл к максимально лаконичному языку. Основная тема рельефов — драма человека. Человек и занимает у Якопо делла Кверча господствующее место. Пейзаж еле намечен и служит лишь скромным фоном для действия.
«Сотворение богом первого человека предстаёт в Сан-Петронио не как запредельное чудо, но как творческий акт, — пишет О. Петрочук. — Бог для Якопо — тоже ваятель. Мастер зримо даёт ощутить зарождение сознания в ещё неловком, но первозданно могучем теле Адама. Но этот большой ребёнок превосходит у Кверча ростом самого Создателя — и оттого, утрачивая привычно-рабскую роль, обретает доселе невиданное положение прекрасного ученика, ещё неумело, но с трогательным старанием перенимающего огонь души великого учителя. Умный выпуклый лоб и широкие скулы кверчианского „идеала“ получают в мужском варианте — в чертах Адама изрядную резкость и тяжесть, а с ними и большую откровенность выражения страстей.
В „Сотворении Евы“, в „Грехопадении“, как изначальный контраст между квадратным и круглым, мужественность обретшего своеобразную грацию Адама противопоставлена нежной женственной гибкости Евы. Её впервые со времён античности воспетая нагота, по-крестьянски здоровая и крепкая, не менее целомудренна, чем облачённое в царские одежды достоинство аристократичных созданий воспетого Петраркой Симоне Мартини.
В кульминационной сцене „вкушения запретного плода“ героиня — сама непринуждённость, воплощённая всею влекущей подвижностью по-сиенски непрерывного контура. Пространство вокруг неё как бы скрыто воспламеняется; на вспышки похожи очертания и райского древа, и змия, не говоря уж об адамовых вздыбленных, точно бурей размётанных волосах, осеняющих его потрясённо вопрошающее лицо пробуждённого. Здесь впервые в итальянском искусстве возникает та яростная и прекрасная одержимость — terribilitta, которой впоследствии определяли сущность творчества Микеланджело».
Портал Сан-Петронио не оказался случайным взлётом в творчестве мастера. Об этом говорят и самые последние работы Кверча. Таким произведением, завершённым в 1433 году, стало мраморное надгробие известного юриста Вари — Бентивольо в церкви Сан-Джакомо в Болонье. Очень интересно здесь трактованы рельефы. Сам Вари изображён за кафедрой объясняющим текст ученикам. Слушатели преклоняются перед его знаниями, а юрист спокоен и полон чувства собственного достоинства. Всё это изображено очень живо, позы и жесты не кажутся однообразными. Для композиции надгробия характерен торжественный ритм.
В 1435 году Якопо делла Кверча синьория родного города определяет на почётную должность capomaestro, то есть главного архитектора собора. Но он не торопится с возвращением в Сиену Попечители продолжали умолять скульптора скорее приехать «ради удовлетворения всех граждан, ради блага попечительства и ради вашей чести». Якопо сдаётся, хотя болонцы требуют окончания работ над порталом. Не в первый раз художник переезжает из города в город: из Сиены в Болонью, из Болоньи в Феррару и назад в Сиену.
Неизвестно, как сложились дела Якопо на строительстве Сиенского собора, хотя Вазари и называет его лучшим capomaestro. А вот ещё один замечательный памятник в Сиене скульптор создал в последние годы жизни. Это мраморный рельеф с изображением Мадонны, св. Антония, аббата и коленопреклонённого кардинала Антонио Казини.
Якопо делла Кверча и в могилу ушёл безнадёжным должником, рядом с официальными почестями, провожаемый проклятиями соборного попечительства. Смерть, настигшая вечно спешившего мастера 20 октября 1438 года в Сиене, не дала ему досказать до конца историю Спасителя в Сан-Петронио.