Известно о поездке Пахера в Италию, что было несложно для него как уроженца Тироля, соединяющего германские и североитальянские земли. Вместе с тем это противоречило традиции, предписывающей молодому подмастерью посетить Нидерланды. Документально подтверждено его пребывание в Падуе в 1453 году. Велика вероятность того, что после 1475 года Пахер вновь посетил Италию.
Неизгладимое впечатление на Пахера произвели в Падуе фрески Мантеньи в капелле Эремитани и рельефы алтаря Санто работы Донателло. Перспективное построение пространства, монументальность фигур, естественность движений поразили воображение тирольца. Влияние этих работ ощутимо в дальнейшем его творчестве.
Следующий большой заказ Пахер выполнял для местечка Грис близ Боцена (Больцано). Сохранился договор от 27 мая 1471 года с точным описанием будущего алтаря. Из него удалось узнать о требовании заказчиков следовать в изображении фигур в коробе определённому образцу — «Коронованию Марии» в алтаре приходской церкви в Боцене Ганса из Юденбурга. По договору Пахеру предстояло завершить работы в 1475 году. Мастер создал большой алтарь, где размер короба — 3,7x3 метра, с двумя створками, изнутри покрытыми рельефами в два ряда.
Как пишет М. Я. Либман: «Михаэль Пахер не только объединил здесь элементы мульчеровского и герхартовского типов алтарей, но и внёс важные новшества. О герхартовском типе можно говорить лишь в связи с тем, что на внутренних сторонах створок помещены рельефы, а не картины. Быть может, если предположить путешествие молодого Пахера на запад, он видел алтарь в констанцском соборе. Значительно обильнее использованы мульчеровские элементы. Причём очевидно воздействие находившегося не так далеко алтаря в Штерцинге. Как и там, Пахер делит короб на три неравные части — широкую среднюю и узкие боковые (он будет придерживаться этого разделения и позднее — в алтаре в Санкт-Вольфганге). Как и там, статуи вставлены в своего рода капеллу со скошенными боковыми стенками. За главными фигурами изображены ангелы, поддерживающие плат. Правда, здесь они написаны красками, и плат также не рельефен, а плоский, пунцованный…
…Михаэль Пахер создал симметрическую, но не однообразную композицию. Под масверковым пологом, где, пожалуй, впервые появляются мотивы переплетённых веток (Rankenwerk, по тогдашней терминологии), помещены в середине Бог Отец, Христос и Мария, а также ангелы, поддерживающие плащ Марии, а в боковых капеллах — архангел Михаил и св. Эразм. На столбах, отделяющих центральную группу от боковых фигур, изображены музицирующие ангелочки. Строгая симметрия расположения фигур смягчена вариацией поз и движений. Сама Мария помещена ниже равнозначных и поэтому равновысоких Саваофа и Христа. Она выдвинута чуть вперёд из глубины алтаря и по диагонали. Этим приёмом Пахер, во-первых, достигает большей пространственности композиции и, во-вторых, вносит элемент асимметрии — Мария повёрнута в три четверти. Несимметричны также позы ассистирующих фигур, хотя их размеры почти одинаковы. Архангел изображён в сильном движении, поражающим дьявола; св. Эразм стоит в спокойной и свободной позе. В полихромии выделяется обилие золота (новая раскраска середины XIX века сильно изменила красочное звучание в деталях). Оно придаёт алтарю приподнято праздничный характер».
Алтарь отцов церкви для монастыря в Нойштифте, созданный между 1475–1479 годами, полностью живописный, без скульптурных частей. Хотя об опыте Пахера-скульптора говорит объёмная моделировка фигур.
Этот алтарь был последней ступенью перед шедевром мастера — алтарём для паломнической церкви св. Вольфганга в Абернзее, который был заказан Пахеру в том же 1471 году, что и Грисский. Как говорит надпись на нижней раме внешних створок, время его завершения 1481 год. В работе над этим грандиозным сооружением, с общей высотой алтаря более одиннадцати метров, принимали участие многочисленные подмастерья. При этом, несомненно, основной замысел и выполнение самых важных частей принадлежат мастеру.
Согласно договору, мастер не только обязан был самолично доставить готовые части алтаря на место, но и поправить испорченное по дороге, проследить за выполнением столярных работ и смонтировать алтарь в соответствии со своим замыслом. Этот алтарь — один из немногих сохранившихся в своём первозданном виде на том месте, где его установил сам Пахер.
Алтарь церкви Св. Вольфганга посвящён Марии, патроны алтаря — святой Вольфганг, покровитель местности, и святой Бенедикт, так как заказчиком алтаря был аббат Бенедикт Эк-Мондзееский. С этим связана и иконографическая программа, выполненная Пахером.