По замыслу Штосса, ничто не должно мешать восприятию действия, представляемого в центре алтаря, поэтому внешняя сторона наружных створок осталась без росписей. Будничная сторона состоит из двенадцати низких рельефов, в основном с эпизодами «болестей» Марии. В полностью открытом «праздничном» виде предстаёт сцена Успения Марии. На боковых створках — горельефы, изображающие «Радости Богоматери». Таким образом, проводится чёткая программа триумфа Марии. На будничной стороне — скорбный рассказ о событиях, так или иначе причинивших страдания Богоматери. В центре праздничной стороны — смерть Марии и принятие её в небеса. В надстройке — «Коронование Богоматери». Аккомпанементом служат изображения «Радостей Марии» на боковых створках.
Это самостоятельное и своеобразное произведение алтарного искусства, знаменующее высший расцвет сооружений этого типа севернее Альп. Штосс решительно порвал со старым и в первом самостоятельном своём произведении занял основную часть короба сценой, насыщенной драматическим действием.
При внимательном рассмотрении обнаруживается чёткая композиционная система центральной части алтаря. Средняя ось определяется группами вверху короба и в надстройке. Сцена Успения также подчинена законам симметрии: Мария, держащий её апостол и апостол со сцепленными пальцами находятся на средней оси. По бокам этой группы расположились по две фигуры на первом плане, а ещё двое взирают на Марию через плечи апостола в центре. На заднем же плане привлекают внимание две профильные фигуры. Таким образом, скульптору удаётся сохранить достаточно определённую симметрию в расположении фигур главной группы.
«Штосс, — отмечает М. Я. Либман, — стоял перед сложной задачей — разместить тринадцать действующих лиц в довольно плоском коробе алтаря. К тому же фигуры трактованы в полном объёме, а не в виде рельефов. Нельзя было углубить короб, ибо фигуры заднего плана потонули бы в мраке. И скульптор нашёл простой, хотя и необычный, выход из положения. Полностью оказались вырезаны фигуры Марии и пяти апостолов на переднем плане. Остальные, поскольку они всё равно частично закрыты фигурами, стоящими впереди, вырезаны в той части, которая видна зрителю. Этот приём дал Штоссу возможность расставить максимальное количество действующих лиц на минимальном пространстве.
Как и в других развитых створчатых алтарях, композиция в коробе господствует над остальными элементами. Но если в алтаре св. Вольфганга мы отмечали независимость живописных створок от резного центра, то здесь и короб и створки украшены скульптурой. Поэтому в Краковском алтаре не чувствуется разрыва между статуями в центре и рельефами на створках. Их связывают также единая цветовая гамма и сходные резные „пологи“. К тому же рельефы праздничной стороны высокие и приближаются по степени выпуклости к круглым скульптурам в коробе.
Героическая мощь фигур в центральной части умело приглушена, а местами и переведена в иное, лирическое русло в композициях на крыльях. Юный и женственный архангел приближается к столь же юной Марии. Сцена Благовещения изобилует натюрмортными деталями. Старательно вырезана и выписана мебель, посуда. Предметы на первом плане — скамья, пюпитр, книги, кувшин и таз — вырезаны в низком рельефе. Предметы на фоне написаны красками. К этому приёму Штосс прибегает неоднократно в рельефах алтаря. Таким путём художник ускоряет работу, ведь процесс работы красками и кистью более быстр, чем вырезание долотом и ножом с последующей окраской».
Но была и другая причина, из-за чего Штосс прибегает к заполнению фонов живописью. Штосс принадлежал к немногим универсальным мастерам, знавшим секреты как скульптуры, так и живописи. Он также был и умелым гравёром на меди. И нет ничего удивительного в том, что границы между этими видами искусств в его творчестве временами стирались.
Рельефы Штосса превращаются в своего рода «выпуклые картины», чрезвычайно красочные, богатые оттенками. Цвет помогает мастеру в создании единства разных по составу, наполненности и даже качеству композиций. Ведь вместе со Штоссом над алтарём трудились также подмастерья и помощники. В 1489 году алтарь церкви Марии был торжественно освящён.
После смерти короля Польши Казимира IV в 1492 году Штоссу заказали надгробие властелина. Скульптор уже имел опыт работы в камне. Около 1491 года он исполнил большое, более чем в натуру, «Распятие» в церкви Марии, высеченное из песчаника.