Руководителям заговора хотелось, чтобы род Нарышкиных был полностью изведен, и они подсказали стрельцам предъявить царице Наталье Кирилловне новые требования. 18 мая в челобитной на имя Петра они пожелали, чтобы его дед, Кирилл Полиевктович, был пострижен в монахи, а еще через два дня новая «просьба», звучавшая как ультиматум, выслать из Москвы оставшихся в живых Нарышкиных «Просьбы» стрельцов тотчас удовлетворили: всех родственников разослали в дальние края – на Терек и Яик, в Пустозерск держали путь Мартемьян и Лев Кирилловичи.
В итоге майских событий Нарышкины были либо перебиты, либо сосланы. Милославские и Софья стремились теперь закрепить победу юридически. На сцене вновь появляются стрельцы. 23 мая в очередной челобитной они потребовали, чтобы страной управляли оба брата, а 26 мая – чтобы первым царем считался старший из них, Иван Алексеевич. Патриарх совершил в Успенском соборе торжественное молебствие о двух нареченных царях. Бояре и дьяки, державшие сторону Петра, присягнули поневоле второму царю, опасаясь возобновления страшных явлений 15 мая.
Еще через неделю стрельцы объявили через своего начальника, князя Хованского, чтобы царевна Софья Алексеевна взяла на себя управление государством по причине малолетства братьев. Она согласилась, и тотчас во все города полетели известительные грамоты с примером из римской истории, где по кончине императора Феодосия в малолетство сыновей его, Аркадия и Гонория, управляла империей их сестра Пульхерия.
Казалось, Софья достигла желанной цели. Между тем стрельцы вышли из-под влияния Софьи и Милославских. Хозяевами положения в столице стали стрельцы во главе с новым руководителем Стрелецкого приказа Иваном Андреевичем Хованским. Он так умело лавировал, потакая стрельцам и обнадеживая Софью, что летом 1682 года олицетворял власть в Москве.
20 августа 1682 года Софья покинула столицу, прихватив с собой обоих царевичей, и отправилась в сопровождении свиты в Коломенское. Столь решительная мера привела надворную пехоту в смятение, и в Коломенское направилась депутация, цель которой – убедить Софью и ее окружение в ложности слухов, «будто у них, у надворные пехоты, учинилось смятение и на бояр, и на ближних людей злой умысел».
Софья, пока еще не уверенная в своих силах, решила не обострять отношений со стрельцами и дала им уклончивый ответ. В указе, врученном представителям надворной пехоты, сказано: «…им, великим государям, про их умысел, также и про тайные по полку в полк пересылки неведомо», поход в Коломенское предпринят «по своему государскому изволению», аналогичные походы бывали и прежде. Софье надо было выиграть время для мобилизации сил, способных противостоять мятежным стрельцам. Такой силой было дворянское ополчение. От имени царей она и обратилась к дворянам с призывом срочно собираться у стен Троице-Сергиева монастыря.
Сама Софья добиралась к Троице кружным путем, через Звенигород, куда прибыла 6 сентября. В Савво-Сторожевском монастыре ей организовали торжественную встречу. Из Звенигорода царский кортеж повернул в сторону Троицы, с продолжительной остановкой в селе Воздвиженском, откуда Софья и решила нанести стрельцам сокрушительный удар. Ей удалось успешно осуществить коварный план.
Под предлогом торжественной встречи сына украинского гетмана Ивана Самойловича Софья от имени царей предложила боярским чинам, а также стольникам, стряпчим и дворянам московским прибыть в Воздвиженское к 18 сентября. «А которые бояре и окольничие и думные люди в отпуску, и им из деревень своих быть к ним, великим государям, в поход всем к тому же числу». Указ о явке в Воздвиженское получил и Иван Андреевич Хованский, причем подлинная цель вызова князя маскировалась возлагаемой на него обязанностью обеспечить явку бояр и прочих служилых людей, чтобы их «было немалолюдно». Эти грамоты рассылались 14 сентября, а спустя три дня боярину Михаилу Ивановичу Лыкову было велено возглавить отряд стрельцов, стряпчих, жильцов и прочих, чтобы «князя Ивана Хованского и сына ево князя Андрея взять в дороге. и привезти в село Воздвиженское». Боярин Лыков в точности выполнил указ царей: И.А. Хованского изловили под селом Пушкином, а сына его – в собственной деревне.
Приглашением правящей верхушки в Воздвиженское Софья обезглавила стрелецкое движение, лишив его Хованского.
Как только Хованских доставили в Воздвиженское, тут же состоялся суд. В роли судей выступили наличные члены Боярской думы. Они без следствия приговорили отца и сына к смертной казни. Приговор был немедленно приведен в исполнение «в селе Воздвиженском на площади у большой Московской дороги».