В этой церкви почивают нетленные мощи преподобного Лонгина, вратаря Печерского (стражника при вратах), который за свою особую святость и великое послушание стяжал дар прозорливости. Он видел все помыслы и намерения людей и, сидя при вратах монастырских, пристально наблюдал за входящими в обитель: добрых одобрял и ободрял все их намерения, злых — укорял и обличал, а потом направлял на путь добродетели. Но еще больше преподобный Лонгин следил за входящими в свою душу помыслами и во все дни заботился о том, чтобы вступить в единение с Богом и войти в Царствие Небесное.
Над самым входом в пещеру в XIX веке была построена церковь во имя Зачатия Святой Анны, возведенная на месте обветшавшей, сооруженной еще преподобным Варлаамом. Из Зачатьевской церкви устроен вход в пещеру, которая, спускаясь ступенями с вершины холма, приводит в небольшую каменную башню, служащую преддверием пещеры. Святынями ее являются мощи святых угодников Божьих, мироточивые главы неизвестных по имени святых и три церкви, устроенные в разных местах пещеры. При входе в нее через башню паломники поклоняются нетленно почивающим мощам, среди которых мощи:
Преподобного священномученика Лукиана, в 1243 году пострадавшего от войск хана Батыя, как говорится в надписи на одной древней доске. Больше о преподобном Лукиане ничего не известно.
Преподобного Лаврентия, затворника, который возненавидел суету мирскую и захотел удалиться в темную пещеру, чтобы постом и молитвой сподобиться общения с миром ангельским.
Преподобного Мартирия, диакона, который за свою великую чистоту и постнические подвиги получил от Бога дар чудотворения, так что при жизни многие обращались к нему за помощью в своих делах и нуждах.
Преподобного Илариона, схимника, который, как полагают, и был тем пресвитером из церкви села Берестова, кто первым выкопал на холме пещеру, а потом стал митрополитом Киевским — первым из русских, а до того времени митрополитами были все греки. Это был пастырь благочестивый и просвещенный, а написанное им «Слово о законе и благодати» является первым дошедшим до нас авторским произведением древнерусской литературы. Оно представляет собой праздничную пасхальную проповедь, в которой митрополит Иларион живо, глубоко и с теплотой изъясняет превосходство Нового Завета, как завета всеобъемлющей спасительной благодати, дарованной людям Иисусом Христом; потом с радостным умилением изображает торжество Христовой веры в земле Русской и прославляет великого князя киевского Владимира.
Преподобного Феодора, князя Острожского. После многих трудов и подвигов Федор Данилович оставил прелесть и славу земного мира и принял святое иночество, отличался смирением и безмолвным подвизанием.
Преподобного Феофила, последнего епископа вольного Новгорода. Во время смут он постоянно призывал горожан не изменять православию и не отдаваться под власть литовцев, а также призывал примириться с великим князем московским Иваном III. Марфа Борецкая, жена новгородского посадника, волновала вече и народ, и в 1487 году епископ Феофил был посажен в Чудов монастырь, где он тяжело заболел. По преданию, во сне увидел Святого Нифонта, епископа Новгородского, который сказал ему: «Ты обещал поклониться святым печерским чудотворцам и не исполнил этого. За то Господь сократил годы твоей жизни. Разве ты не знаешь, что не исполнивший обета, данного Богу, не увидит лица Божия!»
Проснувшись, святой Феофан немедленно отправился в Киев, но болезнь продолжала преследовать его в пути. Он уже достиг берегов Днепра и неподалеку от города получил от Господа откровение, что не доберется живым до желанных пещер, и только тело его упокоится здесь. Святое тело усопшего архиепископа приплыло к Печерскому монастырю и было погребено в Дальних пещерах.
В Дальних пещерах покоятся и мощи преподобного Григория, чудотворца, отличавшегося подвигом воздержания и постничества. Пищей ему всю жизнь служило невареное зелье, а питьем — вода. День и ночь он проводил в молитве и своей праведной жизнью сподобился от Бога дара чудотворения: все больные, которые вкушали приготовленное им зелье, тут же исцелялись.
Преподобного Ипатия, целебника, весь день трудившегося на послушании монастырском, а ночью стоявшего на молитве. Вкушал он только хлеб и воду (и то в малых количествах) и очень мало спал. От Господа он получил благодатный дар исцелять возложением рук на больного.