Начало творческой деятельности Утзона было связано с его трехлетней работой в Стокгольме (1942—1945). В это время он находился под влиянием работ Э.Г. Асплунда – одного из наиболее ярких представителей шведского функционализма 1930-х годов. В годы Второй мировой войны в Швеции благодаря ее нейтралитету не прекращалось строительство. Поиски национального своеобразия современной архитектуры велись в условиях крайней экономии средств, связанной, в частности, с прекращением импорта цемента и некоторых других строительных материалов. Использовались дешевые местные материалы – неоштукатуренный кирпич и дерево. Рациональная организация пространства сочеталась с лаконизмом форм. Это привело к появлению в шведской архитектуре течений, получивших впоследствии название «неоэмпиризма».
По мнению архитектора Тобиаса Фабера, большое значение для творческого развития Утзона имела его дружба и совместная работа с Арне Корсмо – лидером норвежских последователей Миса ван дер Роэ.
Поездка в США и встреча там с Ф.Л. Райтом, а также работа в мастерской Алвара Аалто в Хельсинки (1946) были дальнейшими этапами творческого развития Утзона, оказавшими, по-видимому, значительное влияние на восприятие им принципов органической архитектуры.
Вскоре Утзон стал работать в собственной мастерской. В 1948 году он встретился в Париже с Фернаном Леже и Ле Корбюзье. Утзон, как и многие архитекторы его поколения, стремился увидеть мир непосредственно в материальном воплощении. В 1948 году он побывал в Марокко, где, в частности, он отметил единство строительного облика деревни и окружающего ландшафта, что объяснялось однородностью материала – глины. Когда Утзон позже строил многоэтажные жилые массивы, например Фреденсборг, они во многом отражали впечатление о единстве примитивных построек в Марокко.
В качестве стипендиата Утзон отправился в 1949 году в Соединенные Штаты, а затем в Южную Америку. Он жил некоторое время вместе с Франком Ллойдом Райтом в Западном и Восточном Тейлизине, общался с Мисом ван дер Роэ. Наибольшее впечатление произвела на него древняя архитектура майя и ацтеков. В их святилищах архитектор нашел отклик тому, что еще дремало в его творческом воображении: мощные горизонтальные плоскости как главное средство архитектурного выражения.
Вернувшись в Данию, архитектор принимает участие в многочисленных конкурсах. Например, в 1946 году он создает проект «Кристалл Паласа» в Лондоне совместно с Тобиасом Фабером и Могенсом Ирмингом.
В 1950-х годах Утзон получает ряд премий на шведских конкурсах, в частности за проект жилого дома в Элинберге. Однако по его проектам строили мало.
Первые осуществленные постройки Утзона относятся к 1950-м годам. В 1952 году он строит собственный дом в Хелебске близ Копенгагена и жилой дом в Холте (1952—1953). Асимметричный план и свободное пространственное решение этих приподнятых на железобетонные опоры протяженных зданий свидетельствуют о влиянии на творчество Утзона принципов органической архитектуры.
Также в 1950-е годы Утзон строит очень простые по планировке и объемно-пространственной композиции кирпичные дома атриумного типа. Так, в Кинго близ Эльсинора по его проектам был сооружен поселок из 631 стоящих друг против друга домов с подчеркнуто тяжеловесными, выходящими на улицу глухими стенами, прорезанными небольшими проемами.
В 1957 году Утзону удалось познакомиться с культурами Китая, Непала, Индии и Японии. Зодчий оценил и понял различие между китайской и японской архитектурой: его поразило, между прочим, что в Японии измерения производят гибким тросом, а не жесткой масштабной линейкой, как в Китае, и он обнаружил, каким образом это отражалось на характере сооружений.
Интересные встречи дали новый импульс его творчеству. В Пекине он познакомился с профессором Лиангом, который перевел с древнекитайского на современный китайский язык семь томов строительных законов, действовавших восемьсот лет назад. Система стандартных строительных деталей была тогда разработана до мельчайших подробностей, но не только в части их размеров, как в наше время, а во всех возможных комбинациях, с учетом их символического значения.
В 1957 году на конкурсе в Сиднее неожиданно для Утзона первой премией был удостоен его проект Оперного театра. Этот успех был во многом заслугой Сааринена, который сразу понял значимость проекта и добился его признания со стороны международного жюри. Для осуществления надзора за сложным строительством Оперного театра Утзон в марте 1963 года выехал в Сидней.