Сен-Жермен действительно принадлежал к знатному роду. По-видимому, у него имелись основания скрывать свое происхождение. Догадок было много. Сен-Жермена принимали за португальского маркиза Ветмара, за испанского иезуита Аймара, за эльзасского еврея Симона Вольфа, за сына савойского сборщика податей, носившего имя Ротондо. Герцог Шуазель, первый министр при Людовике XV, не сомневался, что Сен-Жермен — португальский еврей Этому немало способствовал и сам граф, без акцента говоривший чуть ли не на всех европейских языках и обожавший разъезжать по свету под различными псевдонимами (их известно не менее дюжины), которые звучали то на французский, то на испанский, то на немецкий лад. В Генуе и Ливорно, в частности, он выдавал себя в 1770 году за русского генерала Солтыкова.
Долгое время полагали, что он был внебрачным ребенком испанской королевы Марии, вдовы Карла II. Приобрела популярность трогательная история о том, как надменная королева полюбила простого человека, не дворянина, и родила от него сына (у некоторых не столь сентиментальных рассказчиков этот «простолюдин» превращался, правда, в богатого мадридского банкира). Например, барон Стош упоминал в своих записках о некоем маркизе Монферра. Этот маркиз был незаконным сыном вдовы испанского короля Карла II и одного мадридского банкира; Стош утверждал, что встречал его в Байонне во времена регентства, с 1715 по 1723 год. Романтическая легенда об истории любви мнимых родителей Сен-Жермена нашла отражение в пьесе Виктора Гюго «Рюи Блаз».
Наиболее правдоподобной представляется все же версия, согласно которой Сен-Жермен был старшим сыном знаменитого князя Ференца Ракоци, возглавившего национальное венгерское восстание против австрийской ветви династии Габсбургов. Помимо внешнего сходства с Ференцем Ракоци, а также признаний друзьям и недвусмысленных намеков Сен-Жермена, зафиксированных в воспоминаниях его современников, имеются следующие подтверждения этой версии.
28 мая 1696 года у Ференца Ракоци родился сын, которого назвали Леопольд Георг (Липот Дердь). Через четыре года объявили, что ребенок умер, но есть веские основания полагать, что это было сделано лишь для того, чтобы укрыть его в надежном месте. Ференца Ракоци самого чуть не отравили в детстве, и он решил оградить своего первенца от возможных покушений со стороны подосланных Габсбургами убийц. Как показали дальнейшие события, эта мера предосторожности оказалась своевременной и далеко не лишней, ибо уже в 1701 году князь Ракоци и его жена были арестованы.
После Леопольда Георга у Ференца Ракоци появилось трое детей — дочь и два сына. Но в своем завещании он упомянул еще одного сына, заботы о котором были возложены, по его словам, на герцогов Бурбонского и де Мейн, графов Шарлеруа и Тулузского С этими четырьмя французскими аристократами Сен-Жермен, как установлено, был особенно близок. Заслуживает внимания также и то, что в числе псевдонимов, которыми пользовался Сен-Жермен, имеется и титул графа Цароки, что составляет анаграмму фамилии Ракоци.
Что касается других его псевдонимов, то, по-видимому, он выдавал себя за тех людей, с кем сводила его жизнь, либо просто заимствовал их имена как известные публике. Например, один из Солтыковых долго жил за границей и был известен как один из предводителей масонской ложи. Настоящий граф Сен-Жермен тоже существовал и был в свое время известной личностью — сначала иезуитом, затем служил офицером во Франции, Германии и Австрии, потом был в Дании при Струензэ военным министром и, наконец, во Франции при Людовике XVI — также военным министром; умер он в 1778 году. С авантюристом он не имел ничего общего.
С 1737 по 1742 год мистик пробыл в Персии при дворе Надир-шаха, прославившегося захватнической политикой. Вероятно, там он многое узнал о бриллиантах и других драгоценных камнях, ибо, по его собственным словам, именно в Персии он начал постигать тайны Природы.
Затем мистик появился в Англии во времена Якобинской революции. 9 декабря 1745 года Горацио Уолпол писал сэру Горацио Манну, британскому посланнику во Флоренции: «На другой день был арестован очень странный человек, который назвался графом Сен-Жерменом. Вот уже два года он находится в Англии, однако неизвестно, кто он и откуда, но по собственному его уверению, имя, которым он пользуется, не является настоящим. Он поет и чудесно играет на скрипке, чудаковат и не слишком благоразумен».