Пространная непосредственно восходила к повествованиям самого Пугачева, который, выступая в роли «третьего императора», объяснял, что после своего «чудесного спасения» путешествовал и за рубежом, и по России, чтобы узнать жизнь народа. Увидев его страдания, «царь» решил объявиться на три года ранее положенного срока «для того, что вас не увижу, как всех растащат». В последующие месяцы этот рассказ, рассчитанный на широкую аудиторию, повторялся не только самим Пугачевым, но и людьми из его ближайшего окружения. Он говорил также, что под именем донского казака Пугачева просидел в казанской тюрьме месяцев восемь. Включение подлинного, хотя и более короткого (пять, а не восемь месяцев) эпизода своей жизни в «царскую» биографию понадобилось Пугачеву, чтобы на случай возможного опознания отделить себя как донского казака от себя же, но в роли Петра III. Для убедительности он прибегал и к более утонченному приему. Например, Пугачев отождествлял себя с Федором Казиным (Богомоловым) — самозванцем, который под именем Петра III действовал в 1772 году на Волге, попал в царицынскую тюрьму, был освобожден восставшими горожанами и все-таки схвачен вторично. Пугачев утверждал, что его арестовали в Царицыне и отправили в сибирскую ссылку, но ему удалось убежать. Тем самым он присваивал себе не только имя, под которым действовал Казин-Богомолов, но также его славу и успех.
17 сентября 1773 года в присутствии нескольких десятков человек — яицких казаков, калмыков и татар — был объявлен первый манифест повстанцев. Манифест был написан Почиталиным, секретарем неграмотного Пугачева.
Естественно, в правительственных актах Емельян был представлен злодеем. Уже в прокламации Оренбургского коменданта И. А. Рейнсдорпа от 30 сен тября 1773 года Пугачев описывался как беглый казак, который «за его злодейства наказан кнутом с поставлением на лице его знаков». Эта фантастическая подробность даже подтверждалась свидетельствами некоего солдата-перебежчика. Неловкая выдумка оказалась на руку повстанцам: ссылаясь на нее, они доказывали «истинность» Петра III — Пугачева. И сам он, согласно протокольной записи допроса в Яицком городке, вспоминал 16 сентября 1774 года: «Говорено было, да и письменно знать дано, что бутто я бит кнутом и рваны ноздри. А как оного не было, то сие не только толпе мрей разврату не причинило, но и еще уверение вселило, ибо у меня ноздри целы, а потому еще больше верили, что я государь».
Казаки решили использовать Пугачева в своих целях, сделав его фактически своим заложником. Он же заверял, что заняв престол, «яицких казаков производить будет в первое достоинство». Именно для того, чтобы создать «казацкое царство» и стать первым сословием в стране, заменив собою дворянство, пошли за Пугачевым яицкие казаки. И по существу это была последняя в истории русского казачества попытка изменить свое положение в политической системе Российского государства.
«Быть вечно казаками» обещал Пугачев и примкнувшим к нему позднее крестьянам — в нем воплотилась их надежда на избавление от крепостного гнета. Впрочем, сам Пугачев относился к крестьянам без особого доверия. Так, например, жалованье в его войске получали лишь яицкие казаки, а остальные довольствовались грабежом.
Пугачев быстро собрал под свои знамена значительные силы, и, когда в октябре 1773 года весть о восстании достигла Петербурга, трехтысячное войско мятежников, вооруженное двумя десятками пушек, уже осаждало Оренбург. Посланный на выручку городу отряд генерала Кара в начале ноября был разбит, а часть его ушла к Пугачеву. Спустя несколько дней еще один отряд регулярной армии потерпел поражение, и 29 ноября, обеспокоенная размахом событий, императрица поручила командование войсками опытному генералу Бибикову. Между тем осада Оренбурга затянулась, и, оставив там часть своего войска, Пугачев отправился на завоевание Яицкого городка. Одновременно его «полковники» Зарубин-Чика, Грязнов и Салават Юлаев осаждали Уфу, Челябинск и Кунгур. К весне в район восстания были стянуты значительные правительственные войска, которые 22 марта 1774 года в сражении под Татищевой крепостью в первый раз одержали верх над пугачевцами. Около двух тысяч мятежников было убито, еще четыре тысячи ранено и взято в плен. Два дня спустя под Чесноковой были разбиты Зарубин-Чика и Юлаев, а под Екатеринбургом — пугачевский «полковник» Белобородов. Сам Пугачев с небольшим отрядом ушел на Урал, где за месяц вновь собрал многотысячную армию.