В 1563–1574 годы Фробишер занимался и пиратством, и приватирством. В сообществе с Хоукинсами и Киллигрю он захватил в море много призов. Когда ему не удавалось достать каперскую грамоту, он действовал на свой страх и риск.
В 1563 году некий купец снарядил три корабля для каперства, одним из них командовал Фробишер. В мае он привел в гавань Плимута пять захваченных французских кораблей, в 1564 году захватил в Ла-Манше корабль «Кэтрин», который вез в Испанию гобелены для самого короля Филиппа II. По возвращении в Англию Фробишера посадили в тюрьму, но длилось заключение недолго. Уже в 1565 году он оказался на свободе и на корабле «Мэри флауэр» вновь вышел на промысел. В последующие годы он грабил на «законных» основаниях. Так, располагая лицензиями, полученными от вождей французских гугенотов принца Конде и кардинала де Шатильона, он в 1566 году захватывал суда французских католиков. В 1569 году Фробишер получил патент на приватирство от принца Вильгельма Оранского. В эти годы его неоднократно арестовывали, и английское правительство отправляло неукротимого разбойника в тюрьму, однако до судебного разбирательства дело ни разу не доходило. Знание и опыт молодого моряка, несомненно, делали его услуги необходимыми правительству, и оно закрывало глаза на его «проступки». В августе 1569 года его арестовали за пиратство. Он почти год провел в лондонской тюрьме. Освободили его благодаря ходатайству леди Элизабет Клинтон, жены адмирала Англии и фаворитки королевы Елизаветы.
В 1570 году Мартин Фробишер был уже на службе у королевы. Однако это не мешает ему нападать на корабли для личных целей. Однажды, плывя в Ирландию по поручению королевы, он захватил немецкое и несколько французских судов.
Имя Фробишера было известно и за пределами Англии Филипп II в 1573 году интересовался возможностью приема моряка на испанскую службу, но точные обстоятельства, при которых это происходило, неизвестны. Во всяком случае, авантюрист был замешан в различные заговоры в Англии и в Ирландии в 1572–1575 годах и, возможно, приложил руку к их раскрытию.
Третий этап жизни Фробишера знаменателен тем, что удалой пират и приватир превратился в пионера покорения Арктики и поневоле стал одним из знаменитейших мистификаторов эпохи XVII век жил надеждой открыть северо-западный проход в Китай, Японию и Индию. Фробишер, знакомый с географическими данными того времени, полученными им от португальских мореплавателей и английских ученых, решил отыскать неизвестные пути в восточные страны.
В 1574 году власти санкционировали его экспедицию. К ней присоединился Майкл Лок, как и Фробишер, стремившийся отыскать этот путь. Деньги на экспедицию поступали медленно частично из-за того, что еще не были забыты пиратские подвиги Фробишера.
Наконец в июне 1576 года он отправился в плавание. Два корабля «Габриэль» и «Михаэль» и пинасса вышли в июле из Дептфорда, прошли Северное море, обогнули Шотландские и Фарерские острова и добрались до южной оконечности острова Гренландия. Не выдержав трудностей перехода, одно из судов, «Михаэль», вернулось в Бристоль; пинасса погибла в пути. Фробишер на «Габриэле» с командой из восемнадцати человек отважно пробивался во льдах, пока не вышел в залив, названный впоследствии его именем. Отсюда корабль Фробишера повернул обратно и вернулся в Харвич 2 октября. Его возвращение произвело сенсацию в Англии. Дело в том, что на пустынном берегу новооткрытого залива были найдены черные камни с прожилками, очень похожими на золото. Немедленно была организована компания с участием королевы, важных государственных сановников и магнатов лондонского Сити.
Цели следующей, второй экспедиции определялись не столько поисками северо-западного прохода, сколько освоением открытой «Золотой земли», названной королевой «Мета Инкогнита» («Неведомая цель»), оттуда намеревались вывезти как можно больше руды. Трудностей с финансированием не возникло. Елизавета «пожертвовала» 500 фунтов стерлингов и предоставила военный корабль. Экспедиция вышла в море в мае 1577 года и вернулась в сентябре. Было привезено около 200 тонн неизвестной черной породы с «золотыми» блестками, прихватили также троих местных аборигенов-эскимосов — мужчину, женщину и ребенка. Судьба несчастных северных туземцев была печальна, и они вскоре умерли. А шумиха вокруг руды не утихала еще долго. Известный немецкий ученый Бурхард Кренич исследовал новую породу и дал оптимистический прогноз по поводу возможного содержания в ней золота. Все наперебой помещали деньги в сказочно богатое предприятие. Королева вложила в дело 1350 фунтов, а граф Оксфорд — 2 тысячи фунтов. Было решено отправить в следующем году пятнадцать судов с горняками, каменщиками, золотодобытчиками, привезти 2 тысячи тонн камня, на месте находки заложить форт и организовать масштабную добычу руды.