Денег на организацию этой экспедиции не хватало, поэтому для столь сложного путешествия пришлось использовать суда, которые в то время оказались на ходу. Перед отплытием капитан Шомарей получил специальную инструкцию министра дю Бушажа, предупреждавшую о том, что надо успеть доплыть до Сенегала до наступления сезона ураганов и дождей. На пути корабли должны были пройти мыс Блан (Белый), но мыса с характерной белой скалой не было. Капитан Шомарей не придал этому никакого значения, но на следующий день ему пришлось отвечать перед экипажем и он сказал, что накануне они вроде проплыли что-то похожее на мыс Блан. Впоследствии он все свои рассуждения и объяснения строил на том, что он действительно видел этот мыс. На самом деле «Медузу» ночью отнесло к югу, курс был выправлен только к утру, так что фрегат никак не мог пройти этот мыс. Каравелла «Эхо», не отклоняясь от курса, утром обогнала «Медузу».
В роковую ночь с 1 на 2 июля Шомарей ни разу не поинтересовался, как идет корабль, лишь к утру был слегка удивлен исчезновением «Эхо». Он даже не попытался выяснить причины ее исчезновения. Другие корабли, сопровождавшие фрегат, отстали еще несколько дней назад.
А каравелла «Эхо» продолжала следовать правильным курсом, «Медуза» двигалась в том же направлении, но ближе к берегу. Шомарей приказал измерять глубину морского дна и, не нащупав его, решил, что может беспрепятственно вести корабль к берегу. Несмотря на многочисленные предостережения членов экипажа о том, что корабль находится в районе Аргуинской отмели, капитан «Медузы» продолжал вести фрегат к берегу. А на то, что это было место опасное, указывал и окружающий пейзаж, и изменившийся цвет моря.
Когда еще раз измерили глубину моря, она оказалась всего 18 локтей вместо предполагавшихся восьмидесяти. В этой ситуации фрегат могла спасти лишь быстрота реакции капитана, но Шомарей будто впал в какое-то оцепенение и не повернул корабль. И вскоре «Медуза» села на мель – между Канарскими островами и Зеленым мысом.
Спасательные работы начались неорганизованно и беспорядочно, и целый день был потрачен без толку. Все попытки снять фрегат с отмели оказались тщетными. В корпусе судна открылась течь, и пятого июля было принято решение покинуть тонущий корабль. По всем морским правилам и законам Шомарей, как капитан, должен был покинуть судно последним, но он не сделал этого. Капитан Шомарей, губернатор со свитой и высший офицерский состав разместились в шлюпках. Сто пятьдесят матросов и женщин перешли на плот, построенный под руководством инженера Корреара корабельным плотником. Командовал плотом выпускник мореходного училища Куден, с трудом передвигавшийся из-за травмы ноги.
Сначала шлюпки буксировали плот к берегу, который был сравнительно близко. Но, испугавшись наступления бури, командиры шлюпок решили покинуть плот и предательски перерубили буксирные канаты. Люди были оставлены на волю волн на маленьком, заливаемом водой плоту, которым почти невозможно было управлять.
Когда шлюпки начали исчезать из вида, на плоту раздались крики отчаяния и ярости. Затем они сменились жалобами, а потом ужас охватил обреченных на гибель. Стояла страшная жара, но от жажды людей спасало то, что плот был сильно погружен в воду. Вскоре было обнаружено, что в спешке эвакуации с фрегата погрузили ничтожно малое количество пресной воды и продовольствия. Незащищенные от непогоды и солнца, без провианта, исчерпав все запасы воды, люди ожесточились и восстали друг против друга.
К ночи плот стал погружаться в воду, и на нем в первый раз вспыхнула кровавая резня за последние капли воды и наиболее безопасные места около мачты. После второй резни в живых осталось только 28 человек. Израненные, обессиленные, мучимые жаждой и голодом люди впали в состояние апатии и полной безнадежности. Многие сходили с ума.
Среди тех, кто уцелел, некоторые были столь голодны, что накинулись на останки одного из своих товарищей по несчастью. Они расчленили труп и начали свою ужасную трапезу. Один из выживших матросов, потом вспоминал: «В первый момент многие из нас не притронулись к этой пище. Но через некоторое время к этой мере вынуждены были прибегнуть и все остальные». Так началось каннибальство.
Двенадцать дней носился плот по морским волнам. Рано утром семнадцатого июля на горизонте показался было корабль, но вскоре он исчез из виду. В полдень он появился снова и на это раз приблизился к плоту. Это «Аргус» обнаружил полузатонувший плот и взял на борт пятнадцать исхудавших, полубезумных людей (пять из них впоследствии скончались). Взорам матросов с «Аргуса» предстало ужасающее и леденящее душу зрелище: трупы истощенных до последней крайности людей, а живые мало чем отличались от мертвых… А рядом куски человеческого мяса, которые несчастные вялили на солнце и ели.