Прозорливый морской офицер оказался прав! Когда в апреле 1904 года у Порт-Артура на минах подорвались броненосцы «Ясима» и «Хацусе», японцы посчитали, что их атаковали субмарины, и вся японская эскадра долго и яростно стреляла в воду. Тут же для пущего психологического давления на противника Витгефт – тогда командующий эскадрой – приказал дать радиограмму о том, что адмирал якобы благодарит экипажи субмарин за удачную операцию. Естественно, японцы перехватили это сообщение и «приняли к сведению». Однако на деле еще до начала войны русские пытались развернуть в Порт-Артуре подводные силы, но это не получилось.
29 января 1904 года во Владивостоке на крейсере «Громобой» состоялось первое в мире совещание по вопросу боевого использования подводных лодок. Председательствовал на нем начальник отряда крейсеров контр-адмирал Карл Иессен. Доклад делал лейтенант Плотто. Совещание приняло два варианта возможного применения субмарин, причем оба носили наступательный характер и предусматривали операции по нарушению японского судоходства в Корейском проливе.
Столь дерзкий замысел, к сожалению, не соответствовал уровню подготовки экипажей и техническому состоянию подлодок того времени. По этим причинам оба плана и оказались нереализованными. К тому же никто тогда еще не представлял, на что способны лодки и как они должны действовать. Об этом свидетельствует отчет командира подводной лодки «Сом» лейтенанта князя Владимира Трубецкого: «…главной причиной бездействия лодок было то, что лодками по существу никто не руководил, а тем командирам, которые хотели что-либо сделать, инициативы не давали». К этому надо добавить, что техническое несовершенство подводных лодок усугублялось их разнотипностью – строили субмарины разные фирмы, отечественные и зарубежные, которые вдобавок не всегда четко выполняли условия договоров.
Тем не менее 1 января 1905 года приказом командира Владивостокского порта из подлодок был сформирован «отдельный отряд миноносцев», входивший во Владивостокский отряд крейсеров. Начальником отряда из 8 субмарин стал командир подлодки «Касатка» лейтенант Плотто. Лодки в июне–июле 1905 года, закончив практическую подготовку личного состава, начали нести дозорную службу у островов Русский и Аскольд, оставаясь там целыми сутками. Так начинались автономные плавания субмарин, которые сегодня исчисляются месяцами. По мере накопления опыта и тренировки экипажей корабли выходили и в более отдаленные районы.
В конце апреля 1905 года русское командование получило агентурные сведения о готовящемся походе японских крейсеров к бухте Преображения. 29 апреля туда срочно направились лодки «Дельфин», «Касатка» и «Сом». Две первые шли вместе, а «Сом» отстал и совершал поход самостоятельно. В 70 милях от Владивостока, у мыса Поворотный, сигнальщик этой лодки заметил два японских миноносца. Командир лодки князь Трубецкой приказал погружаться, на что требовалось около 5 минут.
Неприятельские корабли обнаружили субмарину, открыли огонь и пошли на таран, но лодка ушла на глубину 12 метров и сумела оторваться. Командир начал маневрирование для выхода в атаку. Миноносцы стали отходить к югу. Наблюдая за ними в перископ, «Сом», подвсплыв в позиционное положение и приготовив торпеды, продолжал сближение. Внезапно на море опустился туман, а когда он рассеялся, враги были уже далеко. И хотя боевого столкновения не получилось, этот эпизод имел немаловажные последствия: японцы убедились, что русские подводные лодки выходят далеко в море, а значит, надо держать ухо востро.
В конце Русско-японской войны во Владивостоке находилось 13 подводных лодок, которые часто простаивали на ремонте. Но благодаря усилиям экипажа и командиров как минимум две субмарины всегда были готовы выйти в море. Все приходилось делать впервые, даже придумывать командные слова для управления. Заботы о подводниках не было никакой – только беспричинный адмиральский гнев.
9 февраля 1905 года японский отряд из крейсера и большого числа миноносцев неожиданно показался в районе Владивостока. Комендант крепости приказал всем субмаринам немедленно атаковать неприятеля: «Предлагаю вам выйти в море, а больше никаких объяснений от вас принимать не желаю!» В этом еще раз сказалось непонимание возможностей субмарин того времени.
Немногим раньше, в 1904 году, лейтенант Янович переделал одну из подлодок Джевецкого по своему проекту. Особенность этой лодки, получившей имя «Кета», заключалась в том, что она несла боевую службу в полупогруженном положении, оставляя на поверхности небольшую рубку, но в случае необходимости могла нырнуть на глубину до 3 метров, продолжая движение под водой. Экипаж «Кеты» состоял всего из трех человек, и ее можно считать прототипом современных сверхмалых подводных лодок. В состав флота «Кету» занесли в марте 1905 года в качестве «катера малой видимости». По железной дороге ее довезли до Амура, где Яновичу выделили деревянную баржу, приспособленную под плавбазу. На ней и отправили лодку в устье Амура, где «Кета» получила задачу по защите подступов к Николаевску-на-Амуре. 14 июня командир порта проверил готовность «катера», который через две минуты после приказа отошел от баржи и выполнил все назначенные маневры. 16 июня подлодка с баржей перешла в Татарский пролив для охраны судоходства.