Кроме «мусульманского» батальона, в Афганистан были переброшены специальные группы КГБ СССР, подчинявшиеся внешней разведке, и отряд ГРУ Генерального штаба. По просьбе Амина в Афганистан намечался ввод «ограниченного контингента» советских войск. В афганской армии уже имелись советские военные советники. Лечился Амин исключительно у советских врачей. Все это придавало особый характер мероприятию по его свержению и устранению.
Система охраны дворца Тадж-Бек была – с помощью наших советников – организована тщательно и продуманно, с учетом всех его инженерных особенностей и характера окружающей местности, что делало его труднодоступным для нападающих. Внутри дворца службу несла охрана Х. Амина, состоявшая из его родственников и особо доверенных людей. В свободное от службы во дворце время они жили в непосредственной близости от дворца, в глинобитном доме, и постоянно находились в боевой готовности. Вторую линию составляли семь постов, на каждом из которых находились по четыре часовых, вооруженных пулеметом, гранатометом и автоматами. Внешнее кольцо охраны обеспечивали три мотострелковых и танковых батальона бригады охраны. На одной из господствующих высот были вкопаны два танка Т-54, которые могли прямой наводкой простреливать местность, прилегающую ко дворцу. В бригаде охраны было две с половиной тысячи человек. Помимо этого, неподалеку разместились зенитный и строительный полки.
Сама операция по устранению Амина получила кодовое название «Шторм-333». Сценарий переворота выглядел следующим образом: в день «X» бойцы «мусульманского» батальона, пользуясь тем, что внешне они неотличимы от афганских военных, захватывают генеральный штаб, министерство внутренних дел, тюрьму Пули-Чархи, где содержались тысячи противников Амина, радиостанцию и телефонные узлы, некоторые другие объекты. В это же время штурмовая группа в количестве 50 человек, укомплектованная офицерами спецназа внешней разведки КГБ (группы «Гром» и «Зенит»), врывается во дворец Амина и ликвидирует последнего. В это же время на аэродроме Баграм, являющемся главной базой афганских ВВС, высаживаются две дивизии ВДВ (103-я и 104-я), которые полностью берут под контроль базу и посылают несколько батальонов в Кабул на помощь «мусульманскому» батальону. Одновременно танки и БТР Советской армии начинают вторжение в Афганистан через государственную границу.
Подготовку к боевым действиям по захвату дворца возглавили В.В. Колесник, Э.Г. Козлов, О.Л. Швец, Ю.М. Дроздов. Дело усложняло отсутствие плана дворца, который наши советники не удосужились составить. Кроме того, ослабить его оборону они не могли по соображениям конспирации, но 26 декабря сумели провести во дворец разведчиков-диверсантов, которые все внимательно осмотрели и составили его поэтажный план. Офицеры отрядов спецназа провели разведку огневых точек на ближайших высотах. Разведчики вели круглосуточное наблюдение за дворцом Тадж-Бек.
Кстати, пока разрабатывался детальный план штурма дворца, части советской 40-й армии перешли государственную границу Демократической Республики Афганистан. Это произошло в 15.00 25 декабря 1979 года.
Не захватив вкопанные танки, державшие под прицелом все подходы ко дворцу, начинать штурм было нельзя. Для их захвата выделили 15 человек и двух снайперов из КГБ.
Чтобы раньше времени не вызвать подозрения, «мусульманский» батальон начал проводить отвлекающие действия: стрельбу, выход по тревоге и занятие установленных участков обороны, развертывание и т. д. В ночное время пускали осветительные ракеты. Из-за сильного мороза прогревали моторы бронетранспортеров и боевых машин чтобы их можно было завести сразу по сигналу. Сначала это вызвало беспокойство командования бригады охраны дворца. Но их успокоили, разъяснив, что идет обычная учеба, а ракеты пускают, чтобы исключить возможность внезапного нападения моджахедов на дворец. «Учения» продолжались 25-го, 26-го и первую половину дня 27 декабря.
26 декабря для установления более тесных отношений в «мусульманском» батальоне устроили прием для командования афганской бригады. Ели и пили много, провозглашались тосты за боевое содружество, за советско-афганскую дружбу…
Непосредственно перед штурмом дворца спецгруппой КГБ был взорван так называемый «колодец» – центральный узел секретной связи дворца с важнейшими военными и гражданскими объектами Афганистана.
Находившиеся в афганских частях советники получили разные задания: некоторые должны были остаться в частях на ночь, организовать ужин для командиров (для этого им выдали спиртное и продукты) и ни в коем случае не допустить выступления афганских войск против советских. Другим, наоборот, было приказано долго в подразделениях не задерживаться. Остались только специально проинструктированные люди.