Избавленный от необходимости преподавать, он посвящает свободное время упражнениям в магии и размышлениям над ее тайнами. Во время продолжительного отпуска в 1810 году, проведенного им в Штутгарте, Шеллинг развивает в частных лекциях учение о личном бессмертии. На сдвиг в мировоззрении мыслителя указывает его (последняя из изданных им самим) работа «О самофракийских божествах» (1815), появившаяся в качестве приложения к более значительной, но так и не опубликованной им работе о мировых эпохах.
Шеллинг занят теперь проблемами божественной истории, которая переживается человеком как самооткровение Бога сначала в мифологических воззрениях древних, а затем в христианской религии, соответственно чему новая система его так называемой позитивной философии подразделяется на философию мифологии и философию откровения. После ухода из жизни Каролины Шеллинг уверовал в бессмертие и при этом сохранил свою оппозицию идеализму. Как совместить противоположные позиции?
В Германии в XVIII веке существовало целое философское направление, сочетавшее естественнонаучный материализм с учением о личном бессмертии душа состоит из материальных атомов и именно поэтому вечна и нетленна, Шеллинг был убежден в нерасторжимости духа и материи. Помимо литературной работы, помимо чтений, он находит успокоение в переписке с Паулиной Готтер, дочерью близкой подруги Каролины. Она называла его жену второй матерью. Довольно долго они переписывались, прежде чем Шеллинг назначает ей свидание. Девушка производит на него приятное впечатление. 11 июня 1812 года она выходит за него замуж». Я нашел то, что мне было нужно», — сказал он в первый же год своей новой супружеской жизни и от этих слов никогда не отрекался.
Что касается Паулины, то она была без ума от своего мужа «Я счастлива без меры, — признается она своей доверенной подруге, — Шеллинг самый дорогой, самый лучший человек на свете, у нас взаимная сердечная склонность, наши желания и стремления едины, мы живем каждый в другом и только для другого». Паулина подарила ему шестерых детей — троих сыновей и троих дочерей.
В Баварии, где Шеллингу покровительствовал сначала король Максимилиан-Иосиф, а затем вступивший на престол наследный принц Людвиг, философ нашел наиболее благоприятные условия для беспрепятственной проповеди своих новых, созревших в тиши взглядов, взращенных под влиянием учения герлицкого мистика XVII века Якова Беме о порождении Бога в Боге, а также под воздействием мифологическо-христианских представлении гностиков и александрийских неоплатоников о познании как откровении человеку глубочайших тайн божественной сущности.
В мае 1827 года его назначают генеральным хранителем научных коллекций государства с окладом 4500 флоринов. В августе — президентом Академии наук, это дает надбавку еще 500 флоринов. Но дело даже не в надбавке он возведен на высший пост в стране. Однако Шеллинг оказался в стороне от главного направления философского развития, инициативой в котором решительно завладел Гегель.
Между первоначальными идеями Шеллинга и гегелевской системой явно прослеживается преемственность и настоящий прогресс, тогда как позднейшее учение Шеллинга означает скорее расхождение его с прежними своими убеждениями и с гегелевскими взглядами. «Позитивная философия», разрабатывавшаяся приблизительно с 1815 года, была изложена Шеллингом в 90 лекциях, представлявших собой содержание позднейшего учения, которого он придерживался до конца своих дней.
Решающим испытанием этих новых взглядов стало чтение им лекций в 1841–1842 годах в Берлинском университете, куда он был приглашен королем, чтобы «разделаться» с учением покойного уже Гегеля и с беспокойными его учениками. Курс философии откровения слушали одновременно А. Гумбольдт, С. Кьеркегор, М. Бакунин и Ф. Энгельс, который проходил в Берлине срочную службу в качестве королевского бомбардира. В своей критической статье «Шеллинг — философ во Христе» Энгельс характеризовал этот курс следующим образом: «Первое, что сделал Шеллинг здесь на кафедре, было то, что он прямо и откровенно напал на философию и вырвал из-под ее ног почву — разум».
Недовольны были и другие гегельянцы, когда лектор потревожил тень их учителя. Шеллинг старался быть сдержанным, он не ругал, он хвалил Гегеля, но как «Только Гегель спас для будущего времени основную мысль моей философии и сохранил ее в чистоте». Однако возложенную на него прусским правительством миссию Шеллинг не выполнил. Он прекратил читать лекции в 1846 году. Потом перед началом каждого семестра к нему приходили студенческие депутации с просьбой начать курс, но он отказывался, ссылаясь на то, что в Пруссии нельзя отстоять свое авторское право. Он был недоволен правительством и общегерманской политической ситуацией.