Ильин выступал в разных газетах как явный антикоммунист. Вначале немцы были довольны его работой, но вскоре они заметили, что многое, против чего выступал Ильин, также было против и национал-социализма в Германии. Тогда они стали придираться к его писательской деятельности, не разрешая печатать его труды, что очень отразилось на его материальном положении.
В 1938 году гестапо наложило арест на его печатные труды и запретило ему публичные выступления. Лишившись источника к существованию, Иван Александрович решил покинуть Германию и переехать в Швейцарию, где он мог бы продолжать свою работу. И хотя на его выезд был наложен запрет Главным полицейским управлением, несколько счастливых случайностей (в чем Иван Александрович, по свидетельству Квартирова, усматривал промысел Божий) помогли получить визу для него и его жены, и в июле 1938 года они официально «бежали» в Швейцарию.
Там они поселились в пригороде Цюриха Цолликоне. С помощью друзей и знакомых, в частности С. В. Рахманинова, в третий раз стал он заново налаживать свою жизнь. Швейцарские власти, однако, запретили ему заниматься политической деятельностью. Ильин сосредоточивается на творческой работе и выступает с лекциями в протестантских общинах на разные темы, что дает ему небольшой заработок. «Владея прекрасно немецким языком, — вспоминает Е. Климов, — он обладал удивительным ораторским искусством, он привлекал всегда на свои доклады многочисленных слушателей.
Вершиной философско-художественной прозы Ильина является трехтомная серия книг, связанных единым внутренним содержанием и замыслом, на немецком языке: 1. «Я всматриваюсь в жизнь Книга раздумий», 2. «Замирающее сердце. Книга тихих созерцаний». 3. «Взгляд вдаль. Книга размышлений и упований».
В русском варианте «Замирающее сердце» стало «Поющим сердцем». Это знаменательно, ибо «Поющее сердце» для Ильина было не просто названием, он считал, что «человек по существу своему живой, личный дух», и найти начало духовности нужно в самом себе; в его многозначном описании и определении дух понимается «как сила поющего сердца. Теперь будет понятно, как он сам справляется с этой задачей, — от «замирающего», «отзвучавшего», «притихшего» сердца к пробудившемуся, ожившему, поющему сердцу, что подтверждается намерениями (по замечанию католического священника из Бонна Вольфганга Офферманса, исследователя Ильина) автора: «Я, конкретно живущий здесь и теперь человек, должен поразмыслить и усмотреть, благодаря своему жизненному опыту, сущность свою: заново открыть в себе поющее на протяжении столетий сердце — средоточие моих чаяний и дум, в тихом созерцании получить представление о смысле жизни и ощутить задачи и упования свои перед Богом».
В Швейцарии Ильин не переставал думать и писать о России. С 1948 года регулярно направлял, правда, без подписи, листки бюллетеней (всего их было 215) для единомышленников РОВСа (потом они составили двухтомник «Наши задачи»). К 1952 году закончил самое значительное свое произведение «Аксиомы религиозного опыта» — результат 33-летнего труда, изданного в Париже в двух томах в 1953 году.
Не успел он закончить главный труд своей жизни «О монархии», над которым работал 46 лет. Н. Полторацкий издал большую часть подготовленных глав из него в виде книги «О монархии и республике». Подготовил Ильин к изданию и «Путь к очевидности».
На закате дней своих Иван Александрович писал: «Мне 65 лет, я подвожу итоги и пишу книгу за книгой. Часть их я напечатал уже по-немецки, но с тем, чтобы претворить написанное по-русски. Ныне пишу только по-русски. Пишу и откладываю — одну книгу за другой и даю их читать моим друзьям и единомышленникам… И мое единственное утешение вот в чем: если мои книги нужны России, то Господь сбережет их от гибели, а если они не нужны ни Богу, ни России, то они не нужны и мне самому. Ибо я живу только для России».
Частые болезни изнурили его. 21 декабря 1954 года Ивана Александровича Ильина не стало. Его вдова и друзья сделали все, чтобы труды его увидели свет. Госпожа Барейсс поставила на его могиле в Цолликоне памятник с эпитафией:
Все пережито, Так много страданий.
Пред взором любви. Встают прегрешенья.
Постигнуто мало.
Тебе благодарность, вечное благо.
Ильин был религиозным философом и принадлежал к той философской эпохе, которую принято называть русским религиозным ренессансом. Он шел своим собственным путем. Являясь православным философом, он сознательно не вторгался в область богословия, опасаясь впасть в еретический соблазн, всегда согласовывал свои религиозные построения с иерархами Русской православной церкви.