Пока, укрываясь в доме некоего аптекаря, ученый работал над «Книгой исцеления», тайна его сношений с исфаханским правителем была раскрыта, недруги выдали место, где он укрывался, Ибн Сина был схвачен и заточен в крепость.
За четыре месяца, проведенных в заключении, Абу-Али написал три работы, в том числе «Трактат о Хайе, сыне Якзана» Ибн Сина находился еще в неволе, когда Хамадан был взят войсками Аля ад-Даулы, а потерпевший поражение эмир очутился в той же крепости, куда в качестве узника препроводил недавно бывшего визиря.
После того как Аля ад-Даула оставил город, хамаданский правитель покинул крепость вместе с Ибн Синой и обратился к нему с щедрыми посулами, предлагая остаться при нем, но уговоры оказались напрасными. При первом же удобном случае Абу-Али, переодевшись дервишем выскользнул из города и направился в Исфахан.
При дворе Аля ад-Даулы ему был оказан радушный прием. Эмир повелел, чтобы каждую пятницу в его присутствии устраивались собрания ученых, и по заверению аль-Джузджани, его учитель не был превзойден никем ни в одной из затрагивавшихся там отраслей знания.
Проведенные им в Исфахане последние годы жизни (1024–1037) были для Ибн Сины самыми плодотворными. Этому в немалой степени способствовало то участливое внимание, которое он встречал в своих научных устремлениях у эмира (историограф Ибн аль-Асир характеризует последнего как «дурно верующего» и обвиняет в том что как раз из-за его тлетворного влияния Ибн Сина впал в «ересь» и восстал против богооткровенной религии).
Именно здесь он завершил свою энциклопедическую «Книгу исцеления» (последние разделы дописывались в походе, в котором Абу-Али сопровождал эмира) и создал другие важные философские произведения «Книгу спасения», «Книгу знания», «Книгу указаний и примечаний», «Восточную философию» и «Книгу справедливого разбирательства».
Рукопись последнего из перечисленных трудов, насчитывавшая двадцать томов, вскоре исчезла во время вражеского нашествия газневидов. Пути Абу-Али и султана Махмуда (а с 1031 года его преемника Масуда) никогда не пересекались потому, что этого не хотел дороживший своей независимостью свободомыслящий философ. Но именно данное обстоятельство во многом определило всю его скитальческую жизнь, и оно же в конечном счете приблизило его смерть. По словам аль-Джузджани, роковая болезнь (колики) у него началась во время неудачных для Аля ад-Даулы военных действий, которые тот предпринял против одного из газневидских полководцев, прославившихся своими расправами над жителями Рея и Персидского Ирака.
«Опасаясь, что эмира вынудят к отходу и что отступать со всеми ему не удастся из-за болезни, Учитель хотел излечиться во что бы то ни стало и промывал себе кишечник по восемь раз в день. В итоге у него воспалилась одна из кишок, на ней образовались язвы. Вместе с Аля ад-Даулой ему пришлось спешно двигаться в направлении Изаджа, и там у него начались припадки которыми иногда сопровождаются приступы колик. В таком состоянии Учитель был доставлен в Исфахан, где он занялся собой сдавший настолько, что был не в силах стоять на ногах, он не переставал лечить себя до тех пор, пока смог ходить и бывать при дворе Аля ад-Даулы.
Затем, когда Аля ад-Даула направился в Хамадан и его сопровождал Учитель, болезнь в пути возобновилась и не отпускала его до самого Хамадана. Он знал, что силы его пришли в упадок и их уже слишком мало, чтоб отогнать болезнь, а посему течением своим пренебрегал и говорил: «Управитель, что ведал доселе моим телом, управлять отныне не способен, во врачевании теперь уж проку нет».
Абу-Али умер, когда ему было 56 лет и 10 месяцев. С тех времен, как начались его скитания, аш-Шейх ар-Раис так и не познал радостей семейной жизни. Его одиночество в какой-то мере скрашивалось общением с любимыми учениками, среди которых выделяется, конечно, сопровождавший его последние двадцать пять лет жизни аль-Друзджани.
Ибн Сина был ученый, одержимый исследовательским духом и стремлением к энциклопедическому охвату всех современных ему отраслей знаний. Когда некий языковед, признав достоинства Абу-Али как философа и врача высказал сомнение относительно его компетентности в филологии, Ибн Сина освоил в кратчайший срок тонкости этой науки настолько, что смог разыграть языковеда-профессионала тремя трактатами, написанными им в стиле трех известных филологов, а затем создать и фундаментальный труд по арабскому языку.