За время продолжительного пребывания Гесса в английской тюрьме лондонские газеты не раз критиковали правительство за то, что оно продолжает сохранять атмосферу «смехотворной таинственности» вокруг несчастного заместителя фюрера. В газетах появлялись небылицы о том, как Гесс живет, что он ест, как слушает радио, ссорится со стражей…
Первые несколько месяцев Гесса не оставляли на одном месте дольше трех-четырех дней.
Английские агенты, находившиеся в Германии, не замедлили предупредить английскую Секретную службу о том, что генерал Закс намеревается предпринять в отношении Гесса решительные действия. Поэтому было решено всеми средствами спасти жизнь заключенного хотя бы для того, чтобы в дальнейшем он понес за свои преступления заслуженное наказание.
Из Дангивена Гесса перебросили в Мэрихилл Бэррекс в Глазго, где ему залечивали раны, которые он получил, вывалившись из «Мессершмитта». Затем он очутился в Драймене близ Лок-Ломонда. Вскоре решили сократить пребывание Гесса в Шотландии. Он под конвоем пересек всю Англию и остановился в Лондоне. Там он несколько дней провел в лондонском Тауэре. Несколько месяцев Гесса под большим секретом перевозили с места на место, пока Секретная служба не пришла к выводу, что опасность для его жизни со стороны германских агентов уменьшилась. Тогда Гесса интернировали в тюремном госпитале в Уэльсе, где он оставался до перевода в Нюрнберг.
Два немецких агента, Ваэлти и Дрюкке, направленные в Англию с заданием отыскать и убить Гесса, были захвачены и 6 августа 1941 года повешены в Виндсвордской тюрьме.
На Нюрнбергском процессе над главными немецкими преступниками Гесс среди главарей Третьего рейха сидел на скамье подсудимых и демонстрировал полную амнезию. Он был признан виновным по двум пунктам обвинения: «совместный план или сговор» по развязыванию войны и «преступления против мира», приговорен к пожизненному тюремному заключению и отбывал его в тюрьме Шпандау в Западном Берлине.
Двенадцать нацистских военных преступников были приговорены в Нюрнберге к смертной казни через повешение, а семеро — к различным срокам заключения, в том числе Гесс, Функ и Редер — к пожизненному. Было решено, что все узники Шпандау лишаются права называться по имени; им присвоили номера по порядку их выхода из автобуса. Так, Ширах стал № 1, Дениц — № 2, Нейрат — № 3, Редер — № 4, Шпеер — № 5, Функ — № 6, Гесс — № 7. Впоследствии Нейрат, Редер и Функ были освобождены по состоянию здоровья, у Деница, Шираха и Шпеера кончился срок заключения. Узник № 7 остался в тюрьме в полном одиночестве.
Полвека он провел в одиночной камере, первое время часто по ночам выл как волк, раздражая стражу и пугая других заключенных. С женой и сыном долго не хотел, а с внуками и вовсе отказался встречаться, не желая травмировать их.
Службу по его охране несли поочередно караулы, представлявшие главные державы-победительницы. У заключенного отбирали все вещи, которыми он мог нанести себе вред. Он почти никогда ни с кем не говорил о своем деле, но вот интересная деталь: своему адвокату он как-то сказал, что Гамильтона лично не знал, видел его только один раз при подготовке олимпиады в Берлине.
12 августа 1987 года перед выходом на прогулку (службу тогда нес американский караул, но сопровождал его английский охранник, с которым у Гесса существовала взаимная неприязнь, и заключенный № 7 не раз просил, чтобы его заменили) Гесса нашли повесившимся. Или повешенным? Некоторые журналисты, а также сын Гесса Вольф Рюдигер (крестник Гитлера) допускают и такую версию. Ведь узник № 7 был в здравом уме и твердой памяти и мог рассказать о чем-то, о чем следовало бы молчать. В пользу этой версии говорят и некоторые обстоятельства, связанные с последним днем жизни Гесса: с утра он был в хорошем настроении, написал заявку на необходимые ему предметы туалета и т.д. В домике, где нашли Гесса, был полный беспорядок: стул и другие предметы валялись на полу или были разбросаны по комнате. Узник № 7 лежал на полу, вокруг шеи были закручены провода.
Гесс умер не сразу. Его доставили в военный госпиталь, пытались реанимировать, но тщетно и в 16 часов 10 минут зафиксировали смерть.
Предсмертное письмо Гесса адресовано его родным. Оно гласит: «Написано за несколько минут до моей смерти. Я благодарю вас всех, мои дорогие, за все хорошее, что вы мне сделали…» Далее он просил извинения у бывшей служанки, которую «не узнал» в Нюрнберге: «Я мог сделать ничего другого, иначе все попытки выйти на свободу оказались бы безуспешными».