Когда встал вопрос о нейтрализации Миллера, было решено привлечь к этой операции и генерала Скоблина. Для похищения Миллера была сформирована оперативная группа, которую возглавил заместитель начальника ИНО С. Шпигельглас. В нее вошли Георгий Косенко, Вениамин Гражуль и Михаил Григорьев. Шпигельглас был опытным разведчиком, неоднократно выполнявшим за рубежом ответственные задания ИНО ОГПУ. Он сумел организовать мероприятие, которое должно было пройти «без сучка и задоринки». Но помешала «излишняя» предусмотрительность и болезненная мнительность Миллера.
Обстоятельства сложились так, что Миллер через своего представителя в Берлине установил тесные контакты с фашистским режимом Германии. Генерал Скоблин был одним из звеньев, через которые они осуществлялись.
20 сентября 1937 года Скоблин пригласил Миллера на встречу с сотрудниками германской разведслужбы, ранее назначенную на 22 сентября. Миллер явился в штаб РОВС в 10.30 и занимался делами у себя кабинете. В начале первого сказал начальнику канцелярии РОВС, генералу Кусонскому, что у него назначено на 12.30 свидание, после чего он намерен вернуться на службу. Оставил Кусонскому запечатанный конверт и попросил вскрыть его, если с ним что-нибудь случится. Как только стало ясно, что Миллер пропал, Кусонский вскрыл конверт, где находилась записка:
«У меня сегодня в 12.30 дня встреча с генералом Скоблиным на углу улиц Жасмен и Раффе, и он должен везти меня на свидание с немецким офицером, военным агентом в Прибалтийских странах — полковником Штроманом и с г-ном Вернером, состоящим здесь при посольстве. Оба хорошо говорят по-русски. Свидание устроено по инициативе Скоблина. Может быть, это ловушка, на всякий случай оставляю эту записку. Генерал Е. Миллер. 22 сентября 1937 года».
Надо заметить, что Миллер постоянно оставлял такие записки, уходя на свидания, но Скоблин этого не знал. Кусонский послал за Скоблиным. Тот, не подозревая о записке Миллера, спокойно явился в штаб. Он отрицал, что назначил встречу с Миллером. Когда же его ознакомили с запиской, Скоблин «на минутку» вышел из комнаты, и больше его не видели. Он поднялся в квартиру Третьякова, откуда позже, когда паника прошла, выбрался. Советская разведка нелегально переправила его на специально зафрахтованном самолете в Испанию, и дальнейшая его судьба неизвестна. По некоторым данным, он погиб при бомбежке Барселоны.
С Миллером же произошло следующее. Встретившись со Скоблиным, он вместе с ним направился на виллу в Сен-Клу под Парижем, где было «назначено свидание» с немцами. На самом деле его поджидала оперативная группа. Он был захвачен, усыплен и в большом ящике доставлен в Гавр, где стоял советский пароход «Мария Ульянова», выгружавший груз кож, доставленных из Ленинграда. В тот же день судно вышло из Гавра и 29 сентября прибыло в Ленинград. На следующий день Миллера привезли в Москву. На суде ему предъявили обвинения в преступлениях против народа: его признали ответственным за массовые убийства, зверства, грабежи белогвардейских войск на севере России, а также в организации диверсионных и террористических актов в 20—30-е годы. Приговор — расстрел.
Исчезновение Миллера потрясло эмиграцию, во французской и мировой прессе поднялся невероятный шум.
Жена Скоблина Плевицкая была арестована в своем доме как соучастница похищения Миллера. Ее осудили на 20 лет каторжных работ. Скончалась она 5 октября 1940 года в Центральной тюрьме города Ренн.
Как сложилась судьба остальных лиц, причастных к операции?
С.Н. Третьяков продолжал сотрудничать с советской разведкой. В 1940 году был арестован немцами и в 1944 году казнен как резидент советской разведки в Париже.
Шпигельглас, Косенко и Григорьев в 1938—1939 годах были арестованы, в 1940 году расстреляны, а в 1956 году реабилитированы.
Гражуль продолжал службу, стал автором интереснейшего труда по истории российской разведки. Умер в 1956 году.
После похищения Миллера на его пост временно заступил адмирал Кедров, но, узнав, что в кассе РОВС почти нет денег, отказался от должности. Его сменил генерал Абрамов, а через год генерал Шатилов. Им не удалось сохранить РОВС как боеспособную и активную организацию. Она прекратила свое существование с началом Второй мировой войны. Таким образом, операции советской разведки против РОВС позволили не допустить использования фашистской Германией 20 тысяч ее членов в качестве организованной силы против СССР.