В 1804 году Джефферсона переизбрали президентом, однако в 1808 году он не стал выставлять свою кандидатуру на третий срок, подкрепив тем самым прецедент, созданный Джорджем Вашингтоном. Джефферсон ушел в отставку в 1809 году, и его единственным последующим правительственным действием было участие при основании университета Вирджинии (основан в 1819 году). Таким образом, он стал свидетелем осуществления части своей образовательной программы, которую он предлагал властям Вирджинии сорок три года назад. Джефферсон умер 4 июля 1826 года, в день пятнадцатой годовщины принятия Декларации независимости после восьмидесяти трех лет полной, отлично проведенной жизни.
Помимо своих очевидных политических способностей он обладал и другими талантами: знал пять или шесть иностранных языков, интересовался естественными науками и математикой, был хорошим фермером, вел хозяйство на основе достижений науки. И еще он занимался производством, немного изобретал и проявил себя талантливым архитектором.
Из-за столь выдающихся талантов и личных качеств Джефферсона легко переоценить истинное влияние этого человека на историю. При оценке его реальных заслуг, возможно, нам стоит начать с Декларации независимости, поскольку ее проект обычно считается самым выдающимся достижением Джефферсона. Прежде всего нужно отметить, что Декларация независимости не является частью правительственного закона Соединенных Штатов Америки. Ее основное значение — это утверждение американских идеалов. Более того, выраженные в ней идеи не придуманы Джефферсоном, а большей частью позаимствованы из трудов Джона Локка. Декларация не являлась оригинальной философией и не имела предназначения быть таковой. Скорее, она являлась кратким выражением убеждений, уже существовавших у американцев. И не великолепные выражения в Декларации вызвали в Америке решение объявить независимость. Революционная война на самом деле началась в апреле 1775 года (более чем за год до Декларации независимости) битвами при Лексингтоне и Конкорде. В течение последующих после этих битв месяцев американские колонии оказались перед необходимостью принять критическое решение: стоило ли им требовать окончательной независимости или пойти на компромисс с английским правительством? Весной 1776 года настроение в Конгрессе стало сильно склоняться к старой альтернативе. Не Джефферсон, а, скорее, Ричард Генри Ли из Вирджинии 7 июня предложил колониям объявить свою независимость от Великобритании. Конгресс решил отложить голосование по предложению Ли на несколько недель и создал комитет, возглавляемый Джефферсоном, с целью за время отсрочки подготовить публичное заявление о причинах обьявления независимости. (Остальные члены комитета мудро позволили Джефферсону составить это заявление фактически одному.) Конгресс вновь рассмотрел предложение Ли 1 июля, и на следующий день было решено голосовать закрытым голосованием. Именно голосованием 2 июля было принято важнейшее решение в пользу независимости. Текст проекта Джефферсона стал обсуждаться только после этого голосования и был принят Конгрессом (с некоторыми изменениями) два дня спустя, 4 июля 1776 года.
Даже если бы Декларация независимости была не настолько важной, как думает множество людей, другие достижения Джефферсона разве не ставят его выше в нашем списке? В своей эпитафии он упомянул два других достижения, за которые ему хотелось остаться в памяти народа. Одно из них — его роль в основании университета в Вирджинии. Это, конечно, важно, но не настолько, чтобы сильно повлиять на его позицию в данном списке. Другое достижение — авторство «Устава Вирджинии по религиозной свободе» — действительно довольно значительно. Конечно, основная идея религиозной свободы была выражена несколькими выдающимися философами до Джефферсона, например Джоном Локком и Вольтером. Но его устав пошел гораздо дальше, чем направления, защищаемые Локком. Более того, Джефферсон был активным политиком, чьи планы успешно превращались в законы и влияли на другие штаты, когда там составлялись билли о правах. Здесь возникает другой вопрос: в какой степени Томасу Джефферсону принадлежит заслуга принятия федерального Билля о правах? Определенно, он представлял тех людей, которые желали иметь этот билль. На самом деле он был одним из интеллектуальных лидеров данной группы. Но Джефферсон, покинувший страну с 1784 по 1789 год, не мог вести борьбу за Билль о правах во время решающего периода сразу после Конституционной конвенции, и главную роль в проведении поправок через конгресс сыграл Джеймс Медисон. (Конгресс принял поправки 25 сентября 1789 года, до возвращения Джефферсона в Соединенные Штаты.) Можно сказать, не официальные действия Джефферсона, а, скорее, его позиции наиболее сильно повлияли на США. Однако сомнительно, что передовые идеи Джефферсона были действительно приняты американским народом. Многие из тех, кто прославлял его имя, поддерживали политику его противников. Например, он твердо верил в то, что сегодня мы называем «маленькое правительство». Характерная фраза (взятая из его обращения на инаугурации) звучит как «мудрое и умеренное правительство, которое будет удерживать граждан от того, чтобы вредить друг другу, и которое в то же время предоставит им свободу регулировать свои стремления в промышленности и самосовершенствовании…».