Завершив 9 сентября испытания и доукомплектовав экипаж, составлявший по штату 322 человека, 21 сентября «Кенигсберг» появился на рейде столицы Восточной Пруссии, приветствовав артиллерийским салютом город, название которого корабль имел честь нести на борту. Расцветившись флагами, белоснежный корабль оставался на рейде древней столицы прусских королей до 23 сентября, принимая на борту многочисленные депутации властей и граждан Кенигсберга.
Панно серебряной чеканки с изображениями разных видов города украсили переборки офицерской кают-компании корабля, а массивная золоченая корона городского герба была передана на крейсер в качестве носового украшения.
По возвращении в Киль «Кенигсберг» был включен в состав разведывательных сил флота вместо выведенного из строя легкого крейсера «Медуза»; но, видимо, новый крейсер так понравился кайзеру Вильгельму, что уже 5 ноября 1907 г. последовал приказ откомандировать «Кенигсберг» в распоряжение императорской яхты «Гогенцоллерн». На этот раз императорская чета собиралась в Англию, и для того, чтобы произвести на своего дядю Эдуарда должное впечатление, кайзер приказал включить в сопровождение своей яхты броненосный крейсер «Шарнхорст», легкий крейсер «Кенигсберг» и посыльное судно «Слайпер».
Яхта «Гогенцоллерн» в сопровождении всего, чем мог похвастать германский флот, прибыла в Портсмут, откуда проследовала в Порт Виктория, что в устье Темзы.
Ни «Шарнхорст», ни «Кенигсберг», как и следовало ожидать, не произвели на англичан, уже построивших первые дредноуты, ни малейшего впечатления, и расстроенный Вильгельм II на обратном пути привел свою эскадру в Роттердам не для того, чтобы произвести на голландцев впечатление своей морской мощью, а чтобы послушать игру на скрипке королевы Нидерландов.
15 декабря 1907 г. «Кенигсберг» получил приказ вернуться в состав разведывательных сил флота, но уже 17 декабря командующий флотом адмирал принц Генрих Прусский поднял на крейсере свой флаг и направился в Швецию, чтобы участвовать в церемонии по случаю похорон шведского короля Оскара II.
20 декабря крейсер вернулся в Киль, где, так и не приступив к несению боевой службы, стал в ремонт. Служба в море началась в феврале и продолжалась до декабря 1908 года многочисленными учениями в Балтийском и Северном морях, а также и в Атлантическом океане. В октябре 1908 года на крейсер пришел новый командир — капитан 2 ранга Клебе. Пройдя ремонт зимой 1908-09 годов, с февраля 1909 года «Кенигсберг» в составе разведывательных сил участвовал во всех маневрах и учениях флота, продолжавшихся до 27 ноября, когда крейсер пошел в ремонт; там его принял новый командир капитан 2 ранга фон Трота, в будущем — известный адмирал.
Кампания 1910 года началась для «Кенигсберга» столкновением 16 февраля в Кильской бухте с легким крейсером «Дрезден», что вынудило оба корабля вернуться на завод для исправления повреждений. В марте «Кенигсберг» в течение четырех суток (с 9 по 13) сопровождал императорскую яхту во время плавания по Гельголандской бухте.
С 8 по 27 мая 1910 года «Кенигсберг», снова находясь в кильватере кайзеровской яхты «Гогенцоллерн», опять прибыл в Англию, где Вильгельму II пришлось присутствовать на похоронах английского короля Эдуарда VII.
В ходе учений 1910 года «Кенигсберг» выиграл кайзеровский приз на стрельбах легких крейсеров. С 8 марта по 22 мая 1911 года «Кенигсберг» под командованием капитана 3 ранга Хенриха сопровождал кайзеровскую яхту «Гогенцоллерн» сначала в ее плавании по Средиземному морю, а затем — при первом государственном визите императорской четы к новому английскому королю Георгу V.
10 июня 1911 года «Кенигсберг» был сменен в строю флота легким крейсером «Кольберг», а 14 июня был выведен в резерв в Данциге. «Кенигсберг» вернулся в строй лишь 2 января 1913 года, сменив легкий крейсер «Майнц», которому требовался продолжительный ремонт. Под командованием капитана 2 ранга Рецмана «Кенигсберг» оставался в строю до 19 июня 1913 года, когда снова был выведен в резерв в Киле. Весной 1914 года последовало распоряжение Главного Морского штаба подготовить «Кенигсберг» к несению службы стационера в водах восточного побережья Африки, а находившуюся там канонерскую лодку «Гайер» направить в южную часть Тихого океана. На «Кенигсберге» установили дополнительно еще десять 52-мм орудий. Котлы и машины крейсера были капитально отремонтированы.
1 апреля 1914 года командование крейсером принял сорокалетний капитан 2 ранга. Макс Лооф. Ему предстояло вести корабль в африканские воды. После яркой «придворной» службы в Германии, конвоирования императорских, королевских и царских яхт, приема на борту высочайших особ, блеска золота, мишуры и драгоценных камней «Кенигсбергу» предстояла служба в забытом Богом и людьми месте, в климате, где одинаково быстро ветшают корабли и люди, а если и возвращаются на родину, то только для того, чтобы идти на слом и в запас по инвалидности.