В октябре 1944 года «Адмирал Шеер» был включен в оперативную боевую группу Балтийского моря, которой командовал бывший командир «Атлантиса» Рогге, ставший к этому времени уже вице–адмиралом с флагом на тяжелом крейсере «Принц Ойген».
18 ноября 1944 года «Адмирал Шеер» подошел к острову Сворбе (Моонзундский архипелаг), чтобы огнем своих тяжелых орудий приостановить наступление Красной Армии и содействовать эвакуации гарнизонов островов.
Как только «Адмирал Шеер» появился у острова, его сразу с трех направлений атаковали более тридцати советских торпедоносцев и бомбардировщиков. По словам одного очевидца, ««Адмирал Шеер» начал бой, как огромный дикий кабан, отбивающийся от своры охотничьих собак. Начался невероятный, потрясающий танец. Торпеды, хорошо различимые по следу, каждый раз проходили мимо корабля, описывавшего циркуляции на большой скорости, а вокруг рвались бомбы…»
До 24 ноября «Шеер» прикрывал огнем эвакуацию Сворбе, отбиваясь от налетов советской авиации. Расстреляв практически весь боезапас, «Шеер» был сменен «Лютцовым» и отошел для погрузки снарядов.
В декабре 1944 года «Адмирал Шеер» и «Лютцов» огнем орудий главного калибра прикрывали эвакуацию гарнизона Мемеля.
Залпы тяжелых орудий карманных линкоров, разумеется, уже не могли повлиять на исход войны, но, сильно замедляя наступление советских войск, обеспечивали эвакуацию беженцев, раненых и безнадежно окруженных войск с обороняемых плацдармов. Благодаря им, морем было перевезено свыше двух миллионов человек, что является примером наиболее успешной эвакуации морем в современной истории…
В январе 1945 года «Шеер» действовал у Пиллау, где скопилось огромное количество войск и беженцев, надеявшихся эвакуироваться морем на спасительный запад. Маленький приморский город не мог вместить всех собравшихся в нем людей. Ужасные сцены разыгрывались на городских улицах и причалах. Советские войска окружили Пиллау с трех сторон, перерезав сухопутную связь с Кенигсбергом. «Адмирал Шеер» и «Лютцов» обрушивали на советские позиции тонны 280–миллиметровых снарядов.
9 и 10 февраля 1945 года «Адмирал Шеер» своим огнем заставил отступить с занимаемых позиций части тридцать девятой советской армии. В результате была восстановлена сухопутная связь с Кенигсбергом, куда устремились вырвавшиеся из окружения войска и сотни тысяч беженцев.
С мостика «Шеера» через дальномеры были видны бесконечные толпы людей, домашнего скота и вереницы повозок, бредущие по льду бухты, отделяющей Пиллау от Кенигсберга. Русская артиллерия вела по ним спорадический огонь, не желая обнаруживать свои позиции. На «Шеере» начались проблемы с пополнением боеприпасов и горючего, но когда их удавалось пополнить, орудия «Шеера» снова обрушивали огонь на советские батареи и скопления танков, отбрасывая их от города.
В течение февраля 1945 года «Адмирал Шеер» разрушал советские «мешки» под Эльбингом, Толькемитом и Фрауебургом, давая возможность окруженным гарнизонам отходить все дальше на запад.
Орудия «Шеера», чтобы достать до русских позиций, должны были стрелять на расстояние около двадцати двух миль, что составляло предел дальности их огня. В результате стволы орудий оказались настолько изношенными, что нуждались в срочной замене. Корабль был направлен в Киль для смены артиллерии.
По пути «Адмирал Шеер» прибыл в Готтенгафен, откуда ушел 8 марта в сопровождении двух эсминцев, взяв на борт восемьсот беженцев и двести раненых. На пути в Киль с «Шеера» между Кольбергом и Дивеновым увидели большое скопление беженцев, пытавшихся пройти по прибрежному льду под огнем советской артиллерии. Несмотря на большое количество пассажиров на борту, «Шеер» открыл огонь и тремя залпами заставил замолчать артиллерию противника.
Прибыв в Киль, корабль встал к стенке завода «Германия» для смены орудий. Работы шли медленно, поскольку город и военно–морскую базу днем и ночью бомбила англоамериканская авиация. Но «Шеер», оправдывая свое прозвище «счастливого корабля», оставался целым и невредимым в течение целого месяца.
Так продолжалось до 9 апреля 1945 года. В этот роковой день, в 21:33 над Килем появилась первая волна английских бомбардировщиков. Имея разведданные о нахождении на заводе «Шеера», англичане в течение двадцати минут поливали бомбами завод и его акваторию. Казалось, что удача бесконечно будет сопутствовать «Шееру» — он не получил ни одного прямого попадания.