Французский судоремонтный завод в Бресте, где распоряжались специалисты, прибывшие из Вильгельмсгафена, сразу принялся за ремонт обоих линейных кораблей. Ремонту мешали постоянные налеты на завод и город английских бомбардировщиков. Во время одного из таких налетов «Гнейзенау» получил попадание, что значительно продлило его нахождение в ремонте. «Шарнхорст» оказался удачливее — он избежал попаданий и к июлю 1941 года снова находился в состоянии полной боеготовности.
За это время англичане сумели потопить «Бисмарк», пытавшийся прорваться в Атлантику. Сопровождавший «Бисмарк» тяжелый крейсер «Принц Ойген» сумел уйти от англичан и также нашел себе убежище в Бресте. «Шарнхорст» же был переведен в Ла Паллис, находившийся южнее Бреста.
Линкор собирался выйти в море на испытание машин и котлов. Он стоял под маскировочными сетями, хорошо закамуфлированный, но все–таки был обнаружен английской воздушной разведкой. В полуденные часы 24 июля линкор был атакован соединением британских бомбардировщиков, идущих на большой высоте. Ни истребители, ни шквальный зенитный огонь не смогли сорвать атаку вражеской авиации. Пять прямых попаданий авиабомб пунктиром прочертили корабль от носа до кормы.
Три тяжелые бронебойные бомбы пробили верхнюю палубу «Шарнхорста», но не взорвались. Две бомбы поменьше взорвались на батарейной палубе, но причинили лишь незначительные повреждения. Еще три тяжелых авиабомбы, взорвавшись вблизи корабля, причинили «Шарнхорсту» подводные пробоины, через которые линкор принял три тысячи тонн воды. Но и тут удача не покинула «Шарнхорст» — каким–то чудом никто из его экипажа не пострадал. Со скоростью двадцать семь узлов «Шарнхорст» ушел в Брест, где, несмотря на частые воздушные налеты и необходимость постоянно менять места стоянок, оба линкора к концу 1941 года были полностью отремонтированы.
Тем временем преимущество американского и английского флотов в Атлантике стало настолько подавляющим, что рисковать двумя линкорами в новых рейдах уже никто не хотел. Единственной возможностью продолжения войны против судоходства стала Арктика, где вдоль северного побережья Норвегии проходили пути конвоев из Англии в Мурманск. В эти критические для Советского Союза месяцы надо было во что бы то ни стало дезорганизовать снабжение Красной Армии оружием, техникой и боеприпасами. Но для начала нужно было провести тяжелые корабли из Бреста обратно в Германию и там подготовить их к операциям за Полярным кругом.
После долгих размышлений командование флотом решило предпринять попытку прорыва кораблей прямо через пролив Ла–Манш в Германию. Без сомнения, это был наиболее опасный путь, но при полном сохранении секретности и элемента внезапности именно этот путь давал кораблям наибольшие шансы на успех.
Немедленно началось детальное планирование операции. Вице–адмирал Цилиакс, принявший командование отрядом, был ответственным за первоначальную стадию подготовительных мероприятий. Еще до окончания ремонта линкоров в пролив были посланы флотилии тральщиков для очистки от мин фарватера, которым предстояло идти. Люфтваффе должны были обеспечить воздушное прикрытие, выделив для этой цели двести пятьдесят машин всех классов, большие резервы горючего. Пришлось даже построить несколько новых посадочных полос. На корабли были командированы офицеры по связи с авиацией. В нужный момент станции радиолокационного противодействия должны были парализовать всю радарную сеть противника на побережье Английского канала. Кроме того, в Бресте предполагалось собрать все эсминцы и торпедные катера, способные к действиям в открытом море, а это означало, что их необходимо провести через пролив в западном направлении.
Все перечисленные мероприятия должны были остаться тайной для англичан или, по меньшей мере, подготовку следовало осуществить таким образом, чтобы не привлекать их внимания. Немецкая разведка распространяла слухи о том, что в самое ближайшее время корабли уйдут для проведения очередного рейда в Атлантику. Генерал, командовавший выделенными силами Люфтваффе, пригласил адмиралов и командиров кораблей поохотиться на кабанов. Пригласительные билеты были специально посланы по почте, чтобы о мероприятии узнали все. Экипажи кораблей готовились к экскурсии в Париж, о чем было объявлено по местному радио.
Точная дата выхода из Бреста главным образом зависела от оптимального сочетания погодных условий: низкой облачности и тумана в проливе наряду с отсутствием луны и попутного приливного течения.