Несмотря на показанный Распутиным пригласительный билет и на то, что он опустился на колени и начал молиться — дело все-таки происходило в храме, — Родзянко «толкнул его в бок» и сказал: «Если ты сейчас же не уберешься отсюда, то я своим приставам прикажу тебя вынести на руках». С глубоким вздохом и со словами: «О Господи, прости его грех» — Распутин вышел. «Барин» из-за места выгнал «мужика» из храма Божьего — чем хвастал Родзянко перед смертью?
Илиодор в своем монастырском уединении горько сожалел, что Родионов отдал письма «батюшке-царю» вместо того, чтобы повести «серьезную кампанию против старца». Но болезненнее всех была реакция самой царицы, гордой, замкнутой, уверенной в своем превосходстве — и вдруг выставленной на глаза ее подданных в самом сокровенном. Она потребовала объяснений. «Миленькая мама! Фу, собака Илиодор. Вот вор. Письма воруют, — писал Распутин. — Какая гадость! Украл из сундука, или еще как. Да. Вот вам и священник. Бесам служит. Это знай. Остры у него зубы, у вора. Да! Григорий».
Слухи, что Распутин сожительствует с царицей, пущенные Гермогеном и подхваченные Гучковым, показав царю, какой грязью могут облить и его жену, и «старца», — скорее усилили его недоверие ко всему дурному, что он слышал о Распутине. Но то, что его семейная жизнь оказалась в центре всероссийского скандала, а письма жены и детей попали в чужие руки, заставило его заколебаться и как будто дать «карт бланш» министру внутренних дел Макарову. Выехав после разговора с Коковцовым в феврале в Покровское, в июне Распутин, ускользнув в дороге от агентов, снова появился в Петербурге — но через несколько дней был выслан приказом министра. Казалось, влиянию «старца» на царскую семью приходит конец — но Бог судил иначе.
В Ливадии наследник подвернул ногу, нога долго болела, затем прошла, и семья переехала в Беловежье — царь был страстным охотником и даже в разгар революции не забывал перечислить в дневнике, сколько уток убил. В начале сентября наследник, прыгая в лодку, оступился, и на той же ноге появилась небольшая опухоль. Через несколько дней ему стало лучше, семья переехала в Спалу — но здесь наследник упал снова, и 2 октября 1912 года началось внутреннее кровоизлияние «в левую подвздошную область и всю поясничную с той же стороны». В первый же день температура поднялась до 39,4 °C, пульс до 144, в помощь Боткину и Федорову были вызваны лейб-хирург С. Острогорский и лейб-педиатр К. Рауфхус.
С 10 октября стали публиковаться бюллетени о состоянии здоровья наследника. По словам Витте, «в царской семье есть какой-то странный — не то обычай, не то чувство — не признаваться в своей болезни», гемофилия наследника скрывалась даже от придворных, и распубликованию бюллетеней можно дать одно объяснение — страну начали готовить к его смерти. «Страна жила под страхом катастрофы, — вспоминает Коковцов. — Я не решался беспокоить государя никакими делами». Повсюду проходили молебны, царь отвечал благодарственными телеграммами — не берусь писать, каково было ему, а особенно матери.
Восьмилетний Алексей очень страдал от болей и сам не верил в выздоровление. «Когда я умру, поставьте мне во дворе маленький памятник», — сказал он родителям. 10 октября его причастили. «Вошли их величества в полном отчаянии, — вспоминает Вырубова. — Государыня повторяла, что ей не верится, что Господь их оставил. Они приказали мне послать телеграмму Распутину».
На следующее утро, вспоминает Мосолов, они с бароном Фредериксом «узнали, что в апартаментах императрицы и наследника царит большое волнение. Государыня получила телеграмму от Распутина, сообщавшего, что здоровье цесаревича исправится и что он вскоре освободится от страданий… В два часа врачи пришли опять ко мне, и первое, что они сказали, было, что кровотечение у цесаревича остановилось. По словам императрицы, это было уже не в первый раз, когда старец спасал жизнь наследника».
Телеграмма не сохранилась, но общий смысл был тот, что наследник не умрет, болезнь не так страшна, пусть только доктора его не слишком беспокоят. Мэсси пишет, что с медицинской точки зрения это был разумный совет, хлопоты вокруг наследника и истерия самой Александры Федоровны создавали напряжение, уже само по себе губительное. Вызванное телеграммой успокоение царицы передалось и мальчику.
21 октября Николай II послал успокоительное письмо матери, 24-го возобновил охоту на оленей. 2 ноября был напечатан последний бюллетень, а 5-го семья вернулась в Царское Село. Если на время царица и усомнилась в Распутине, то отныне уже никто и никогда не мог поколебать ее веры в святость и могущество «старца».